Из-за тайных церемоний манихеев подозревали во всевозможных нравственных извращениях и в черной магии. Уже в 297 г. Диоклетиан опубликовал строжайший запрет на деятельность секты с самыми жесткими мерами против ее последователей. Валентиниан I издал указ о конфискации их имущества, а Феодосий вновь ввел самые суровые меры, вынудившие манихейские общины уйти в глубокое подполье. Не везде указы исполнялись с одинаковой тщательностью: например, блж. Августин в молодости, будучи манихейским Внемлющим, мог довольно спокойно существовать в Африке. Единственное, что от него требовалось, – это не слишком афишировать свою принадлежность к секте. Однако когда в 383 г. он переехал в Рим, то обнаружил, что тамошняя манихейская община вела строго конспиративную жизнь. Лишь в середине V в. в Риме была раскрыта тайная манихейская секта, члены которой занимали самые высокие посты в местной церкви.
Вот одна характерная история. Около 380 г. в Испании высокопоставленный мирянин Присциллиан был обвинен в манихействе. Тем не менее в 381 г. его влиятельные друзья сулили поставить его епископом Авильским. Через 4 года после этого враги Присциллиана добились его осуждения на соборе в Бордо. Когда Присциллиан подал апелляцию императору, ряд епископов выдвинул против него обвинения в колдовстве, и он, несмотря на протесты св. Мартина, епископа Турского, был казнен. Факт обвинения одного епископа другим в деле, влекущем высшую меру наказания, вызвал всеобщее возмущение. Амвросий Медиоланский и папа римский Сириций (преемник Дамаса) отлучили обвинителей от Церкви.
Относительно иудеев законы Феодосия были некоторым послаблением после первой довольно жесткой реакции на их сотрудничество с императором-отступником, которое проповедники-христиане сравнивали с поклонением золотому тельцу. Можно сказать, что в общем законы христианских императоров относительно иудаизма были достаточно благосклонными. Иудаизм был признан законной религией, и иудейский патриарх носил титул "Светлейший" (до 429 г., когда эта должность была отменена), а его решения относительно внутрииудейских законов исполнялись при помощи государства. Синагоги были защищены законом. Когда в 388 г. в Риме была сожжена синагога, виновных обязали выстроить новую на свои средства. Если бы не вмешательство Амвросия Медиоланского, то же самое произошло бы после сожжения синагоги в месопотамском городе Каллинике. Конечно, иудейский прозелитизм был запрещен. Иудеям также запрещалось держать рабов-христиан и брать христианок в жены. Церковь еще долгое время чувствовала опасность, исходившую от миссионерского иудаизма. Те проповеди св. Иоанна Златоуста, за которые его обвиняют в антисемитизме, были произнесены с целью убедить антиохийских христиан не соблюдать иудейские законы и обычаи, к чему они были весьма склонны.
В Александрии в 414 г. и на острове Менорка в 418 г. прошли весьма неприятные еврейские погромы. Но оба погрома были вызваны какими-то местными причинами, и они явились чрезвычайными происшествиями, осужденными всеми здравыми людьми в Империи. В годины испытаний и экономических трудностей каждое общество склонно находить козлов отпущения среди групп чужаков. Но, за исключением отдельных инцидентов, иудеи могли жить и торговать довольно спокойно.
В конце VI в. было отмечено несколько случаев насильственного крещения иудеев, против чего резко выступил св. Григорий, Папа римский, хотя он и не возражал против использования материальных поощрений для того, чтобы привести людей ко Христу. Самое большое гонение на иудеев произошло в VII в. в визиготской Испании, где иудейское население издавна было весьма многочисленным. Св. Исидор Севильский отметил по этому поводу, что неофитский пыл новообращенных визиготских королей намного превосходил их знания и мудрость.
В юридическом кодексе Юстиниана содержатся запреты для иудеев занимать ряд высоких государственных должностей. Однако, на удивление, много законов носило протекционистский по отношению к иудеям характер. Иными словами, нельзя сказать, что положение иудеев в христианской Империи постоянно и целенаправленно ухудшалось. Известны истории о близкой дружбе между христианами и иудеями. И хотя иудаизм по-прежнему оставался довольно замкнутой социальной системой, ничего подобного средневековым городским гетто еще очень долго не существовало.
По законам Феодосия, все языческие храмы были закрыты и жертвоприношения запрещены. Однако прошло еще довольно много времени, прежде чем начались серьезные преследования язычников. Даже сам Феодосий поручил языческому оратору Гемисту образование своего сына Аркадия, а затем назначил его префектом города Константинополя. В Александрии после разрушения храма Сераписа атмосфера была заметно менее терпимой. Во многом положение в городе определяли хорошо организованные отряды монахов, игравшие роль своего рода "полиции нравов". Известна история знаменитой красавицы Ипатии, профессора языческой философии в Александрийском университете, которая в 415 г. была убита на улице разъяренной толпой. Ее убийство привело в ужас христиан в Константинополе.
Благосостояние Египта целиком зависело от ежегодного разлива Нила. В год, когда был разрушен храм Сераписа, разлив был настолько мощным, что практически все крестьянское население Египта сразу же обратилось в христианство. Таким образом, интеллектуальная аристократия, оставшаяся верной язычеству, оказалась небольшой изолированной группой. Долгое время оплотом язычества в стране оставался город Панополис в Верхнем Египте. Профессура Александрийского университета оставалась неоплатонистской и критически настроенной по отношению к христианству до 517 г., когда ректором университета был избран Иоанн Филопон – специалист по Аристотелю и монофизитский богослов. Афинский языческий университет просуществовал до 529 г., когда его закрыл Юстиниан за приверженность языческой профессуры резко антихристианским традициям неоплатоника Прокла.
До Юстиниана многие язычники продолжали занимать высокие государственные должности. Например, в 462 г. личный врач императора Льва I был язычником.
В V в. немало видных язычников греческого Востока обратилось в христианство; многие из них пришли в Церковь необычными путями. Например, в 441 г. префектом Константинополя был языческий поэт египетского происхождения Кир. Он был весьма популярен в городе, чем вызвал зависть временщика евнуха Хрисанфия, который путем интриг добился его ареста. Кир спас себя, объявив о желании принять христианство, и был крещен, после чего Хрисанфий настоял на его епископской хиротонии и отправке его в дикий фригийский город, известный тем, что его неуправляемое население линчевало четырех епископов подряд. Проповеди Кира были настолько короткими (на его первое Рождество в своем городе проповедь состояла всего из одного предложения), что он завоевал сердца своей грозной паствы. Странным образом, но все пережитое привело его к настоящей вере. В 451 г., после падения Хрисанфия, Кир сложил с себя епископский сан и вернулся в Константинополь, где вновь стал префектом. Там он прославился своим необычайным милосердием к бедным и своей дружбой со знаменитым столпником св. Даниилом, который стал его духовным отцом.
Другие выдающиеся лица, обратившиеся в христианство из язычества в то время, – Гелиодор, автор романа "Эфиопика", сделавшийся епископом Трикки в Фессалии, и Нонн, автор "Диониссиаки", посвятивший после обращения свой талант переложению Евангелия от Иоанна на греческий гекзаметр. Но оба они остались в памяти потомства как писатели, внесшие вклад в классическую традицию, а не в христианскую литературу. Как правило, в Империи не существовало запретов на выражение языческой мысли и на распространение языческой литературы. Весь V в. поэзия и секулярная историческая проза в основном оставались в руках язычников. В начале VI в. уроженец бывшей оплотом язычества Газы Зосима написал историю Империи от Константина до взятия Рима Аларихом в 410 г., доказывая, что все несчастья обрушились на Империю из-за отказа от древней религии.
