Потери продовольственных грузов способствовали распространению болезней среди войск. Рост заболеваний объяснялся также антисанитарным состоянием окопов, особенно окопов, занимаемых итальянцами. Еще в июльском сражении грязь и вонь вынуждали англичан оставлять захваченные итальянские траншеи, причем в ряде таких случаев англичане попадали под огонь немецких танков на открытом месте, прежде чем успевали отрыть новые траншеи. Пренебрежение санитарными нормами в конце концов обернулось бумерангом: дизентерия и инфекционная желтуха распространились как среди итальянских войск, так и среди немецких. Заболели даже несколько руководящих офицеров танковых соединений Роммеля.
Среди больных оказался и сам Роммель. Он слег в августе, накануне наступления на Алам-Хальфу. К сражению он немного поправился, однако требования врачей в конце концов взяли верх, и в сентябре его отправили в Европу для лечения и отдыха. Роммеля временно замещал генерал Штумме. Вакантную должность командира Африканского корпуса занял генерал фон Тома. И Штумме и фон Тома прибыли с русского фронта. Отсутствие Роммеля и неопытность этих командиров в ведении войны в пустыне стали дополнительным тормозом при планировании и подготовке мер по отражению наступления англичан. В день начала наступления по дороге на фронт Штумме попал под сильный обстрел, выпал из автомобиля и умер от сердечного приступа. В тот же вечер отдых Роммеля в Австрии был прерван телефонным звонком Гитлера. На следующий день, 25 октября, Роммель прибыл в район Эль-Аламейна, чтобы вновь взять на себя командование. К тому времени англичане глубоко вклинились в оборону, а немецкие войска потеряли почти половину своих танков в бесплодных контратаках.
Первоначально план Монтгомери предусматривал нанести одновременные удары справа и слева (силами 30-го корпуса Лиса на севере и силами 13-го корпуса Хоррокса на юге), а затем ввести в прорыв массу танков, сосредоточенных под командованием Ламсдена в 10-м корпусе, с задачей перерезать пути снабжения противника. Однако в начале октября Монтгомери пришел к выводу, что это слишком смелый план, если учесть недостатки в уровне подготовки армий, и заменил его более ограниченным планом. Согласно новому плану главный удар в операции «Лайтфут» наносился па севере, около побережья, в полосе шириной до четырех миль между кряжами Белль-эль-Эйса и Митейрия. 13-й корпус действовал на второстепенном направлении с целью отвлечь силы противника, пока не будет взломана оборона. Этот осторожный план вел к затяжной и дорогостоящей борьбе, которой, учитывая огромное превосходство 8-й армии в силах, можно было бы избежать, действуя по более смелому первоначальному плану. Сражение вылилось в тяжелые, упорные бои, лишенные маневра, и одно время казалось, что усилия англичан находятся на грани провала. Однако неравенство в силах сторон было так велико, что темп истощения сил действовал в пользу Монтгомери, который добивался своей цели с непреклонной решимостью, характерной для всего, что он предпринимал. В рамках избранного им плана Монтгомери проявил замечательную способность менять направления ударов и разрабатывать такие тактические приемы, которые выбивали противника из колеи.
23 октября в 22.00 после пятнадцатиминутной ураганной артиллерийской подготовки с участием более 1000 орудий пехота перешла в наступление. Оно началось успешно, поскольку противник испытывал нехватку в снарядах. Штумме даже воздержался от артиллерийского обстрела исходных позиций англичан. Однако глубокие и плотные минные поля оказались более серьезным препятствием и потребовали больше времени для расчистки, чем предполагалось. Когда наступил рассвет, английские танки все еще находились в проходах или задержались непосредственно за минным полем. И только на следующее утро, после новых ночных атак пехоты, четырем танковым бригадам удалось развернуться за минным полем, в шести милях от первоначального рубежа, причем при прохождении через узкие проходы они понесли большие потери. Вспомогательный удар 13-го корпуса на юге встретил такие же трудности, и 25 октября продвижение войск было остановлено.
Угрожающий клин, вбитый в оборону на северном участке, вынудил немецкое командование в течение дня бросать в бой танки мелкими группами, чтобы помешать расширению клина. Эти действия отвечали расчетам Монтгомери и позволили его танкам, закрепившимся теперь на выгодных позициях, наносить тяжелые потери контратаковавшему противнику. К вечеру в 15-й танковой дивизии осталось только четверть танков, пригодных к бою, а 21-я дивизия все еще находилась на южном участке.
На следующий день, 26 октября, англичане возобновили наступление, но потерпели неудачу и понесли большие потери в танках. Возможность дальнейшего углубления прорыва поблекла. Мощный английский танковый клин оказался в плотном кольце немецкой противотанковой артиллерии. Ламсден и командиры дивизий начали возражать против ввода танков в бой через узкие проходы в минных полях и оборонительных позициях противника. По мере роста потерь в ходе ударов на узком фронте офицеры и солдаты танковых подразделений все больше стали убеждаться, что их неправильно используют.
Сохраняя вид полной уверенности, Монтгомери со свойственной ему проницательностью признал, что его первый удар не удался, что брешь закрыта и надо разработать новый план, а пока дать своей главной ударной силе отдых. Его готовность менять цель в зависимости от обстоятельств в этом и последующих случаях служила лучшим стимулом для войск и больше говорила о его полководческом искусстве, чем привычка многих задним числом утверждать, будто все шло «согласно плану». Примечательно, что эта привычка лишь затмевала и принижала его заслуги как командующего, умеющего ориентироваться в условиях быстро изменяющейся обстановки и ловко маневрировать.
Новый план получил наименование «Суперчардж» («Усиленный заряд»). Такое название внушало исполнителям уверенность в успехе, 7-ю бронетанковую дивизию перебросили на северный участок. Роммель тоже воспользовался передышкой для перегруппировки своих войск: 21-я танковая дивизия направилась на север, за ней последовала дивизия «Ариете». Вспомогательный удар английского 13-го корпуса на южном участке не достиг цели — отвлечь внимание противника и вынудить его оставить часть своих танковых сил на юге. Переброска войск на северный участок и последующее сосредоточение там главных сил были тактически выгодны Роммелю. Англичанам пришлось полагаться больше на успех фронтального удара и нести значительные потери. К счастью, их численное превосходство было так велико, что даже при самом неблагоприятном соотношении потерь оно обещало решить исход сражения в их пользу, если они будут упорно добиваться поставленной цели.
Наступление Монтгомери началось в ночь на 28 октября ударом на север, в направлении побережья, с большого клина, вбитого в позиции противника. Монтгомери намеревался отрезать прибрежный опорный пункт противника, а затем развить наступление на запад в направлении Дабы и Фуки. Однако этот удар захлебнулся на минном поле. Роммель быстро принял контрмеры, перебросив на этот фланг 90-ю легкую дивизию. Роммель считал, что ему повезло, потому что к тому времени, когда захлебнулось наступление англичан, его ресурсы были на исходе. В Африканском корпусе осталось только 90 танков, тогда как 8-я армия все еще имела более 800 боеготовых танков, хотя ее потери в танках в четыре раза превышали потери немцев. Превосходство англичан составляло теперь 11: 1.
В письме к жене от 29 октября Роммель писал: «У меня осталось мало надежды. Ночью я лежу с широко открытыми глазами и не могу уснуть от тяжелых раздумий. Днем я чувствую себя смертельно усталым. Что будет, если дела здесь пойдут плохо? Эта мысль мучит меня днем и ночью. Если это случится, я не вижу никакого выхода». Из этого письма ясно, что напряжение изматывало не только войска, но их командира, который к тому же был болен. Рано утром у Роммеля появилась мысль отдать приказ об отходе на позицию в районе Фуки, в 60 милях к западу, но ему не хотелось настолько отступать, потому что это означало бы пожертвовать значительной частью своей пехоты, лишенной транспортных средств. Роммель отложил это роковое решение в надежде, что еще одна задержка заставит Монтгомери прекратить наступление. Впоследствии оказалось, что задержка наступления к побережью лишь пошла на пользу англичанам: ведь если бы в этот момент Роммель ускользнул, планы англичан рухнули бы.