Через четыре дня был сформирован кабинет генерала Койсо, который поставил себе задачу создать лучшую систему обороны. Хотя кампания в Китае все еще продолжалась, главной заботой стала оборона Филиппин: японцы понимали, что сокращение объема поставок нефтепродуктов из Ост-Индии ухудшит положение вооруженных сил Японии в целом.
Даже при настоящем положении Япония испытывала огромные трудности из-за нехватки нефти. Важнейшим стратегическим фактором, создавшим такое положение, были действия американских подводных лодок, которые топили японские танкеры. Значительное уменьшение запасов нефти вызвало сокращение программы подготовки летного состава авиации. Это привело также к необходимости держать японский флот в Сингапуре, ближе к источника снабжения, и, когда он вышел для выполнения боевой задачи, у него не было достаточных запасов топлива, чтобы вернуться назад.
На этом этапе войны вооруженные силы Соединенных Штатов вполне могли обойти Филиппины и сделать следующий «скачок» на Формозу или на острова Иводзима и Окинава. Именно на этом настаивали адмирал флота Кинг и некоторые другие военно-морские начальники. Однако политические соображения и стремление Макартура с триумфом вернуться на Филиппины взяли верх над доводами в пользу обхода этих больших островов.
Было признано необходимым до вторжения на Филиппины захватить несколько небольших объектов. Первоначально планировалось захватить острова Моротай, вблизи острова Хальмахера (западнее Новой Гвинеи), острова Палау, острова Яп и Талауд, острова Минданао, а также построить передовые авиационные и военно-морские базы для обеспечения главного удара на Филиппины. Командующий 3-м флотом (этот флот назывался 5-м, когда находился в подчинении Спрюэнса) адмирал Хэлси установил, что оборона филиппинского побережья очень слаба, и предложил отменить промежуточные этапы операции. Однако это предложение не было принято, поскольку боевые действия уже фактически начались и их успех рассматривался как дополнительная гарантия общего успеха.
Отряд войск Макартура 15 сентября высадился на острове Моротай, преодолев незначительное сопротивление, и к 4 октября американская авиация уже действовала с аэродрома, построенного на этом острове. 15 сентября силы адмирала Хэлси вторглись на острова Палау и за несколько дней заняли большую их часть. Тем самым они получили передовые аэродромы, расположенные всего в 500 милях от острова Минданао, больше чем на полпути от острова Гуам.
Теперь два основных направления наступления на Тихом океане — Макартура и Нимица — сблизились и их силы находились на расстоянии, позволяющем осуществлять непосредственную поддержку друг друга.
Японский план обороны Филиппин, известный под названием «SHO-1», имел две составные части. На суше оборона была поручена 14-му фронту под командованием генерала Ямаситы, который располагал для этой цели девятью пехотными, одной танковой дивизиями и тремя отдельными бригадами, а также 4-й воздушной армией. Кроме того, ему подчинялись сосредоточенные в районе Манилы силы, которые насчитывали около 25 тыс. человек, способных вести бой на суше. Однако главные действия предусматривались на море, и японское верховное командование во имя их осуществления готово было все поставить на карту. Как только стали бы известны места высадки американцев, японские авианосные силы должны были заманить американский флот на север. Войскам Ямаситы предстояло сковать американские десантные войска, а двум группам японских линкоров — взять их в клещи. Тоеда рассчитывал, что американцы, которые превыше всего ценили авианосцы, по всей вероятности, бросятся за ними, так как они всегда использовали линкоры как приманку, а авианосцы — как ударную силу.
На составление этого плана оказали влияние ослабление японской авиации и неугасимая вера в линкоры. Гордость и уверенность адмиралов неизмеримо возросли с завершением строительства двух крупнейших в мире линкоров — «Ямато» и «Мусаси» — водоизмещением свыше 70 тыс. т, вооруженных девятью 18-дюймовыми орудиями (ни один военный корабль в мире не имел столько орудий такого калибра). В то же время японцы мало что сделали для развития своих авианосных сил и требующейся им авиации. Как часто случается в истории, японцы дольше своих противников усваивали причины собственных успехов в начале войны.
Американцы осуществили следующий большой скачок на Филиппины в октябре, на два месяца раньше намеченной программы. Эти острова простираются на тысячу миль — от острова Минданао на юге до Лусона на севере. Первый удар был нанесен по острову Лейте, с тем чтобы расколоть японскую оборону. Войска Макартура — четыре дивизии 6-й армии генерал-лейтенанта Крюгера — начали высадку утром 20 октября с кораблей 7-го флота адмирала Кинкейда. Его поддерживал и прикрывал 3-й флот адмирала Хэлси, который занял позиции тремя группами немного восточнее Филиппин.
Вторжению предшествовал ряд воздушных налетов с авианосцев Митшера (из состава 3-го флота Хэлси) на Формозу, Лусон и Окинаву. Эти налеты длились целую неделю, начиная с 10 октября, и оказали большое влияние на последующие события. Японские летчики представляли настолько преувеличенные донесения, что правительство в официальных сообщениях и радиопередачах утверждало, будто потоплено одиннадцать авианосцев, два линкора и три крейсера. На самом же деле американские авианосцы уничтожили свыше 500 японских самолетов, потеряв только 71 самолет, и ни один американский корабль не был потоплен. Поверив в справедливость донесений летчиков, японский генеральный штаб направил для участия в операции в районе Филиппин свои резервы флота. Вскоре японцы обнаружили абсурдность утверждений своих летчиков, и флот был отведен из района Филиппин. В результате три из четырех дивизий Судзуки в южной части Филиппин получили приказ оставаться там, вместо того чтобы быть в готовности к использованию на Лусоне, как намечал Ямасита.
Как уже упоминалось, японское верховное командование планировало нанести сокрушительный контрудар всеми наличными военно-морскими силами в то же время и в том же месте, где нанесут удар американцы. За два дня до высадки на остров Лейте незакодированная телеграмма, отправленная одним из американских начальников, попала в руки японцам. Она содержала важнейшие сведения, необходимые для выбора направления контрудара.
Тоеда понимал, что идет на риск, однако японский флот зависел от снабжения нефтью из Ост-Индии, эта линия снабжения оказалась бы перерезанной. После войны Тоеда объяснял свои расчеты так:
«Если бы случилось самое худшее, мы могли бы потерять весь флот, но я считал, что надо пойти на риск… В случае неудачи в Филиппинской операции морские коммуникации с югом были бы полностью отрезаны и флот, вернувшись в японские воды, не смог бы получать необходимого топлива, а оставшись в южных водах, не смог бы получать боеприпасы и вооружение. Не было никакого смысла спасать флот за счет утраты Филиппин».
Роль приманки была предназначена соединению адмирала Озавы, направлявшемуся на юг из Японии. Оно включало четыре оставшихся боеспособными авианосца и два линкора, переоборудованных в авианосцы. Оно могло действовать лишь в качестве приманки, так как едва насчитывало сто самолетов, а большинство летчиков не имело опыта.
Итак, в этой крупной азартной игре за победу японцы рассчитывали на устаревший флот из семи линкоров, тринадцати крейсеров и трех легких крейсеров, прибывших из района Сингапура. Командующие флотом адмирал Курита выслал вперед отряд, который должен был прорваться в залив Лейте с юго-запада через пролив Суригао, а сам с главными силами шел с северо-запада через пролив Сан-Бернардино. Он надеялся разгромить десантные силы Макартура.
Адмирал Курита полагал, что «Ямато» и «Мусаси» своими 18-дюймовыми орудиями легко смогут уничтожить старые американские линкоры и что они почти непотопляемы благодаря бронированным палубам и корпусам, разделенным множеством переборок. К тому же, если на месте боя не будет авианосного соединения Хэлси, удары с воздуха не могут быть сильными. Японское командование надеялось, что к тому времени, когда Курита прорвется в залив Лейте, удастся отвлечь Хэлси, и наметило нанести удар 25 октября.