Однако эти действия были замечены местными итальянскими полицейскими (состоявшими на службе у немцев), которые и донесли об инциденте Пейперу. Вернее, они сообщили по инстанции Динзе, а тот уже проинформировал Пейпера. Йохен, в свою очередь, приказал Динзе освободить шарфюреров и выделил ему для проведения операции «Ханомаг» с десятью солдатами. Прибыв в Бове, которые «военнопленные» уже оставили, Динзе узнал от местной полиции, что двух немцев увезли в лагерь, расположенный в близлежащих горах. Динзе попытался организовать поиски, но напоролся на засаду. Пейпер, получив по радио сообщение от Динзе, отдал ему приказ возвращаться, но бой уже начался, причем в первые же минуты погиб штурмманн СС Вилли Штейнметц. Использовав дымовые гранаты, Динзе все же удалось оторваться от противника и добраться до Бове, куда к часу дня прибыл сам Пейпер с 13-й и 14-й ротами своего батальона.
После войны Пейпер так описывал происходившие события: «Из домов и с ближайших холмов по нам открыли огонь из винтовок и пулеметов, а сверху полетели ручные гранаты, очень опасные для открытых “Ханомагов”. Несколько человек было ранено, несколько убито, пули пробили в нескольких местах мой мундир, а рация была уничтожена. Тогда я приказал отойти, а затем отдал приказ 150-мм самоходным артиллерийским установкам Grille открыть огонь по той части деревни, где находился противник. Несколько зданий загорелись, и под прикрытием дыма солдаты и мирные жители оставили эту часть деревни».
После этого Пейпер во главе двух рот прошел через Бове и соединился с застрявшим на окраине деревни отрядом Динзе. Вместе с Динзе и командиром роты унтерштурмфюрером Эрхардом Гюрзом Пейпер отправился на поиски тела Штейнметца, но, когда они его нашли, итальянцы вновь открыли огонь из миномета. Пейпер вновь приказал Grille открыть огонь. После этого итальянцы в панике бежали, и Вицорек с Бутенхоффом смогли освободиться и выйти к своим. После проведения операции отряд Пейпера вернулся в Кунео, а взвод Grille остался в Бове, где уничтожил оставшиеся в деревне боеприпасы и снаряжение. Пейпер вспоминал: «Когда я вернулся в Кунео, префект генерал Салви принес мне извинения за инцидент в Бове, заявив, что вина за него лежит на итальянских коммунистах».
В ходе «инцидента в Бове» погибло, по разным сведениям от 23 до 34 мирных жителей, что после войны было поставлено в вину Пейперу. В 1965 году против него, а также Эрхарда Гюрса и Отто Динза было выдвинуто обвинение в необоснованных убийствах мирных жителей. Однако немецкое правосудие не нашло в их действиях состава преступления и по решению министра юстиции ФРГ дело 23 декабря 1968 года было закрыто.
То непродолжительное время, пока «Лейбштандарт» находился в Италии, в его задачи входило, в основном, несение гарнизонной службы, а также – в случае необходимости – участие в операциях против отрядов итальянских партизан, движение которых после оккупации немцами Северной Италии быстро набирало обороты. В Италию пришли приказы о новых знаках отличия Пейпера – 7 сентября 1943 года он получил пряжку «За ближний бой» (Nahkampfspange) в бронзе, а уже 20 октября – в серебре.
24 октября 1943 года пришел приказ о передислокации «Лейбштандарта» вновь на советско-германский фронт – на все ту же, уже знакомую Пейперу, Украину. Переезд через всю Европу занял три недели, и 15 ноября 1943 года части «Лейбштандарта» южнее Киева нанесли сокрушительный удар по наступавшим советским войскам. Особенно кровопролитные бои разгорелись в районе города Брусилов (в Житомирской области). Эсэсовцам все же удалось сломить сопротивление противника, и 19 ноября «Лейбштандарт» вместе с дивизией СС «Дас Рейх» отбил у противника Житомир. Но в целом, несмотря на отдельные успехи, стратегическая инициатива уже прочно находилась в руках Красной Армии.
20 ноября 1943 года в районе Брусилова (в Соловьевке) скончался от ран командир 1-го танкового полка СС «Лейбштандарт СС Адольф Гитлер» оберштурмбаннфюрер СС Георг Шёнбергер – в ходе боя в районе Брусилова он был тяжело ранен осколками разорвавшейся гранаты в голову и обе руки. Командование рассудило, что наилучшей кандидатурой на занятие вакантного поста будет 28-летний Йохен Пейпер. То, что командование высоко ценило его командные качестве, подтверждает и тот факт, что к моменту назначения – 1 декабря 1943 года – Пейпер все еще носил звание штурмбаннфюрера СС, что соответствовало званию майора в вермахте, а назначение командиром полка майора событие довольно редкое даже для условий военных действий.
В декабре 1943-го дивизия вела бои в районе Житомира – уже 13 декабря советские войска начали крупное наступление на Днепровской дуге и вскоре отобрали захваченные ценой большого напряжения сил Житомир и Коростень. В январе 1944 года «Лейбштандарту» пришлось вести тяжелые бои в районе Винницы, причем здесь вновь отличился Пейпер и его 1-й танковый полк СС. 27 января 1944 года Пейпер получил дубовые листья к Рыцарскому кресту (став 337-м кавалером этой награды в Германии), и через три дня ему присвоено звание оберштурмбаннфюрера СС.
В конце января 1944 года крупная группировка немецких войск попала в котел в район Корсунь-Шевченковского – у немцев он получил название Черкасского. В кольце оказалось около 60 тысяч человек, в том числе дивизия СС «Викинг». «Лейбштандарт» был включен в состав деблокирующей группировки и в ночь на 16 февраля 1944 года начал наступление двумя группами – восточнее Винницы и в районе Умани. После прорыва окруженных войск из котла «Лейбштандарт» отошел к Ямполю, а затем к Тернополю.
В марте части войск СС вновь попали в котел – теперь уже настала очередь «Лейбштандарта». В результате наступления 1-го и 2-го Украинских фронтов почти вся 1-я танковая армия (в том числе и «Лейбштандарт») оказалась в кольце в районе Каменец-Подольска. 27 марта был нанесен деблокирующий удар, навстречу которому ударили дивизии СС «Лейбштандарт» и «Рейх». На острие удара окруженной группировки шел танковый полк Пейпера. К концу девятых суток боев был пробит коридор, по которому окруженная группировка смогла выйти на запад и избежать уничтожения. Оставлять «Лейбштандарт» на фронте было просто нельзя – от него мало что осталось, – и командование приняло решение перебросить дивизию в Бельгию для отдыха и пополнения (фактически для полного переформирования). К июню силы полка Пейпера были восстановлены и он представлял из себя довольно мощную воинскую единицу.
6 июня 1944 года, после начала высадки союзников в Нормандии, началась переброска «Лейбштандарта» из места его дислокации к месту высадки. Пейпер несколько опередил основные части дивизии, так как его танки были отправлены в Париж по железной дороге, в то время как моторизованные полки двигались своим ходом и постоянно страдали из-за нехватки горючего. 19 июня эсэсовцы прибыли в район Эвра – в это время основная тяжесть боев пришлась на танковую дивизию СС «Гитлерюгенд» и учебную танковую дивизию.
В середине июля «Лейбштандарт» был переведен в район кряжа Бургебюс, где успешно отбил атаку британских танков 11-й бронетанковой дивизии. Наиболее тяжелые бои пришлись на долю дивизии в боях у Кана, к концу которых – 7 августа – в ее рядах осталось 63 танка и 22 штурмовых орудия. Но в конце июля Пейпер тяжело заболел и был эвакуирован для лечения, а его танковому полку пришлось сражаться без него. Фактически Пейпер отсутствовал всю вторую – наиболее тяжелую – часть Нормандской кампании. О том, насколько высоко командование ценило Пейпера, свидетельствует следующий факт. Когда в начале августа канадцы начали на первом этапе успешное наступление на Авранш, им навстречу был брошен «Лейбштандарт». Однако он задержался в пути и смог вступить в бой только 7 августа. Задержка произошла потому, что некоторые командиры танкового полка заблудились и попали в тупиковые улицы города. Как вспоминал после войны Курт Мейер, начальник штаба I танкового корпуса СС Крэмер тогда сказал: «Если бы Пейпер был здесь, ничего подобного бы не случилось».
В августе 1944 года дивизия участвовала в танковом сражении у Мортанье, а затем отступила к Аржентану. К началу сентября 1-й танковый полк СС, потерявший всю свою технику и большую часть личного состава, фактически перестал существовать, а вся дивизия сведена в боевую группу.
