Закрытие газеты привело Бухардта к огромным финансовым потерям, поэтому он вернулся в Германию, где работал юристом в маркетинговой компании, а затем руководителем экономического отдела Балтийского института. Он также работал в Кёнигсбергском университете, где познакомился с доктором Францем Сиксом, признавшим Бухардта подходящим кандидатом для службы в СД. Нацисты, стремившиеся к расширению на восток в своей печально известной погоне за "жизненным пространством", были заинтересованы в привлечении к работе любого, кто специализировался на странах Восточной Европы. Бухардт вступил в СД в 1936 году, где служил под руководством доктора Сикса, изучая советскую экономику, топографию СССР и, что ещё более зловеще, места компактного проживания евреев. К концу 1930-х годов Бухардт добился больших успехов в Ванзейском институте, где многочисленные специалисты изучали Советский Союз. Для нацистов это было способом познакомиться с будущим врагом, и именно такие охотно сотрудничавшие с ними учёные, как Бухардт, предоставляли жизненно важную информацию оккупационным властям и государственным служащим[1007].
К моменту вторжения Германии в Польшу Бухардт был оберштурмфюрером (первым лейтенантом) и возглавлял небольшое подразделение из остзейских офицеров СС, направленное в город Гдыня для разграбления его архивов, музеев и библиотек. 30-летний Бухардт явно произвел хорошее впечатление на начальство, поскольку уже в следующем году он работал в Управлении по переселению поляков и евреев в Познани, где оценивал уровень "германскости" различных слоев польского населения по шкале от 1 до 5. В 1940 году Бухардт был назначен главой СД в Люблине, где служил под руководством бригадефюрера СС Одило Глобочника[1008]. Именно здесь Бухардт перешел от простой "расовой классификации" к фактическому истреблению. В отчёте CIC 1950 года говорится, что Бухардт "несёт ответственность за смерть многих людей, казненных в концентрационных лагерях в этом районе"[1009]. В феврале 1941 года Бухардт проводил аналогичную работу в Лодзи, где напрямую отчитывался перед RSXA. Накануне вторжения в Россию Бухардт был отстранен от должности. По общему мнению, он добился больших успехов и показал готовность воплощать академическую теорию контроля численности населения в ужасающую практику. Его управленческий и юридический опыт в сочетании с радикальными политическими взглядами сделали его идеальным нацистским бюрократом, и вскоре Гейдрих признал в нём человека, которому суждено добиться бóльших успехов.
Однако, если Бухардт хотел осуществить амбиции Гейдриха в отношении него в рамках СД, ему требовался "опыт, основанный на крови". Гиммлер требовал, чтобы его люди были не просто "кабинетными учёными", а теми, кто сочетает теорию с практикой[1010]. Поэтому перевод Бухардта в "Vorkommando Moskau" айнзацгруппы В был естественным шагом для птицы его полёта. В течение первых трёх месяцев кампании в России Бухардт выступал в качестве офицера связи между своим бывшим наставником доктором Францем Сиксом и главой айнзацгруппы B, генералом СС Артуром Небе. Таким образом, Бухардт помогал осуществлять "коллективные меры", применяемые к "еврейскому населению как носителям коммунизма"[1011]. Несмотря на подобную бюрократическую лексику, служба в "Vorkommando Moskau" ничем не отличалась от деятельности любого другого подразделения в составе айнзацгруппы, и заключалась в массовых убийствах. Когда в октябре 1941 года началось наступление на Москву, Бухардт сыграл решающую роль в "Vorkommando Moskau" по мере приближения немцев к городу, и в ноябре 1941 года был повышен до звания штурмбаннфюрера СС (майора). В следующем месяце он был назначен начальником "Vorkommando Moskau", но поскольку штурм города провалился, в январе Бухардт был переведен обратно в Лодзь, где продолжил службу в качестве начальника местного СД. Здесь Бухардт вновь произвел хорошее впечатление на своё начальство, поскольку к сентябрю он руководил депортацией около 80.000 евреев и цыган в лагерь смерти Хелмно[1012]. В феврале 1943 года Бухардт получил возможность обзавестись ещё бóльшим "кровавым опытом", получив командование 9-й айнзацкомандой айнзацгруппы B. Базируясь в Витебске, Бухардт проводил "антипартизанские операции", а также осуществлял эвфемистические "коллективные действия" против евреев и коммунистов. Хотя невозможно точно определить, сколько убийств совершило подразделение Бухардта, но эта цифра, вероятно, исчисляется десятками тысяч. За эти убийства он был награжден Железным крестом первой степени, Военным крестом за заслуги первой степени с мечами, Серебряным знаком отличия за храбрость и Серебряным знаком штурмовика. В июне 1944 года он был произведён в оберштурмбаннфюреры СС (подполковники), что соответствовало званию Адольфа Эйхмана[1013].
Доказав свой "кровный опыт", Бухардт был направлен в Берлин, где возглавил III-е подразделение RSHA, специализировавшееся на расовых и этнических вопросах. В декабре 1944 года Бухардту также было поручено возглавить Зондеркоманду Ост, которая собирала разведывательную информацию о русских коллаборационистах, находившихся на территории Германии, включая членов Русской освободительной армии (РОА) генерала Андрея Власова[1014]. Начальником Бухардта был группенфюрер СС Отто Олендорф, командовавший айнзацгруппой D, ответственной за гибель 90.000 евреев[1015]. В апреле 1945 года Олендорф стал строить планы на послевоенный мир и сыграл важную роль в создании подпольного движения СД под названием "Bundschuh" ("Шнурованный башмак"), названного в честь символа серии крестьянских восстаний в Германии XVI века. После поражения в войне, "Bundschuh" должен был действовать как общеевропейская информационная сеть "высококвалифицированных" агентов, которые могли бы использоваться диверсионными и террористическими организациями в ходе партизанской войны против союзников[1016]. Олендорф назначил Бухардта главой юго-восточного сектора сети и отправил из Берлина в Карлсбад. Однако события для заговорщиков развивались слишком быстро, и группа Бухардта была вынуждена отступить на 200 миль к юго-востоку, в Фюссен, на австрийско-германской границе. Поскольку Фюссен также был опорным центром Зондеркоманды Ост, у Бухардта, несомненно, было много контактов в этом городе. В конце апреля Бухардта в последний раз видели недалеко от Инсбрука, где, как сообщалось, также скрывались члены РОА Власова[1017].
Вскоре после войны Бухардт был задержан американцами и передан британцам, которые содержали его в огромном лагере для военнопленных в Римини. Именно во время своего заключения Бухардт составил документ, спасший ему жизнь. Документ под названием "Решение русской проблемы в период нацистского режима в Германии" представлял собой полный отчёт о его собственных шпионских операциях в Восточной Европе и подчеркивал важность местных коллаборационистов в операциях СС. В результате этот документ практически стал планом операций MI6 в Восточной Европе и гарантировал, что Бухардт не только не предстал перед судом, но и был принят на службу к британцам[1018]. Точно неизвестно, какие услуги Бухардт оказал MI6, но нет сомнений в том, что его знание Прибалтики, Польши и России, а также огромное количество контактов с русскими антикоммунистами оказались чрезвычайно полезными. Однако в 1947 году MI6 разорвала контракт с Бухардтом, и он предложил свои услуги американцам[1019]. Неясно, приняли ли они предложение, но, по всей видимости, да. В марте 1950 года CIC узнал, что Баварское земельное управление по
компенсациям
собирает доказательства против Бухардта для возможного суда, и предупредил EUCOM, поскольку подозревал, что Бухардт "в настоящее время может работать на американское разведывательное агентство"
[1020]. Предположительно, этим агентством было ЦРУ. В другом отчёте CIC указал, что "это подразделение [т. е. ЦРУ] должно быть проинформировано о таком расследовании со стороны немецкой организации"
[1021]. Если Бухардт действительно работал на ЦРУ, то предупреждение было принято во внимание, поскольку бывший руководитель айнзацкоманды избежал суда за свои преступления. Большую часть оставшейся жизни он прожил в Гейдельберге и умер в Нуссбахе 20 декабря 1982 года.