По меньшей мере четыре совершенно разных версии деятельности Визенталя в период с октября 1943 года по середину 1944 года вызывают серьёзные вопросы. Некоторые, например, бывший канцлер Австрии Бруно Крайски, неоднократно обвиняли Визенталя в 1970-х и 1980-х годах в сотрудничестве с гестапо. Утверждения Крайски подкреплялись неподтвержденными данными, предоставленными польским и советским правительствами, и когда Визенталь подал в суд на Крайски, то выиграл дело. Показания под присягой двух бывших военнослужащих немецкой армии также указывают на то, что Визенталь был коллаборационистом, но к таким утверждениям следует относиться с осторожностью[405]. Очернение Визенталя является популярным занятием для антисемитов, отрицателей Холокоста, так называемых "ревизионистов" и прочих подобных фриков. Но множество противоречивых историй требует, чтобы подобные вопросы поднимались исследователями, не преследующими никаких личных целей.

Какова бы ни была правда, Визенталь, по-видимому, в середине 1944 года вернулся во Львов. Комендантом Яновского лагеря тогда был

гауптштурмфюрер

СС Фридрих Варцок, который, судя по всему, встретил Визенталя как "вернувшегося домой блудного сына"[406]. Вместо того чтобы сразу же расстрелять Визенталя, Варцок решил пощадить его жизнь, а также жизни 33 других евреев, из других лагере. По словам Визенталя, Варцок сохранил им жизнь, чтобы сохранить свою должность. Лишившись должности коменданта лагеря Варцок непременно был бы отправлен на фронт[407]. 19 июля 1944 года Варцок лично отвез евреев на железнодорожную станцию и посадил на поезд, направляющийся на запад. Проехав всего 60 миль, группу высадили на станции Пшемысль, и Варцок сказал, что их собираются выдать за "остербайтеров" из отряда военно-строительной Организации Тодта. Затем он раскрыл, что на самом деле они отправляются в Словакию, где будут до окончания войны прятаться в лесах. Варцок приказал евреям снять значки с жёлтой звездой и избегать любых разговоров о том, что происходило в Яновском лагере. "Мы, 34 еврея, стали страховкой жизни почти для 200 эсэсовцев, — вспоминал Визенталь. — Они все собирались выдать нас за "счастливую семью""[408]. Эта невероятная одиссея закончилась в начале сентября, когда большинство евреев из группы Варцока были казнены, но Визенталь, как и прежде, чудом выжил и вскоре оказался в концлагере Плашов, где его заставили выкапывать тела из братских могил и сжигать их[409]. Предположительно, это была самая ужасная работа, но Визенталь не упоминает об этом в своих книгах Убийцы среди нас и Справедливость, а не месть. Эта сцена особенно запомнилась по фильму Список Шиндлера 1993 года. Возможно, это просто совпадение, что Визенталь раскрыл свою роль в эксгумации и сожжении трупов только после выхода этого фильма.

В ноябре Визенталя перевели на 200 миль к северо-западу, в Гросс-Розен близ Вроцлава, где ему поручили более приятную работу — чистить картошку. Именно в Гросс-Розене он узнал, что его жена, по всей вероятности, погибла во время Варшавского восстания, когда Армия Крайова пыталась освободить столицу. Улица где она проживала была разрушена немцами, и информатор Визенталя сказал ему, что "улица Топиль — это одна большая братская могила"[410]. Несмотря на эту душераздирающую новость, чудеса не покидали Симона Визенталя. За то, что он неправильно поприветствовал эсэсовца, его заставили работать босиком в каменоломне, и вскоре он узнал, что команда из ста заключенных трудившихся там, каждый день сокращалась на одного человека. Через несколько дней Визенталь был уверен, что скоро настанет и его очередь. "Мой палач стоял позади меня, — вспоминал он, — готовый разбить мне голову камнем. Я обернулся, и мужчина, удивленный, уронил свой камень, отбивший мне палец на ноге. Я закричал"[411]. Быстрая реакция и крик Визенталя, по-видимому, спасли ему жизнь, потому что в тот день Гросс-Розен посетила какая-то инспекция — Визенталь предположил, что это мог быть Красный Крест, — и поэтому его на носилках доставили в пункт первой помощи. Один из его солагерников, врач, поставил диагноз о необходимости ампутации, и Визенталю отрезали палец на ноге без какой-либо анестезии, только двое мужчин удерживали его неподвижно на операционном столе. На следующий день, по словам Визенталя, у него поднялась температура, и он испытывал сильную боль. "Врач вернулся, — вспоминал он, — и увидел, что у меня на подошве ноги септический волдырь. Поэтому они разрезали его, и гангрена брызнула по всей комнате"[412]. И снова одно из "чудес" Визенталя вызывает сомнения. Во-первых, эта драматическая история не упоминается ни в каких других мемуарах или заявлениях. Во-вторых, если бы Красный Крест действительно в тот день инспектировал Гросс-Розен, то СС временно приостановило бы любые казни. К тому же Кальтенбруннер разрешил Красному Кресту доступ в некоторые лагеря только в марте 1945 года, а Визенталь должен был покинуть Гросс-Розен в январе или феврале того же года. Даже если "инспекция" проводилась какой-то другой организацией, трудно установить, какая именно организация могла бы остановить эсэсовца, пытавшегося убить Визенталя. В-третьих, последствия медицинской операции кажутся совершенно неправдоподобными.

Имея либо девять, либо десять пальцев на ногах, Визенталь смог пройти, после эвакуации Гросс-Розена, 170 миль на запад до Хемница. "Каждый день мы проходили около 20-и миль, — вспоминал он. — Мы спали в снегу, и во время марша, длившегося четыре-пять дней, из пропитания у каждого был всего килограмм хлеба"[413]. Хотя данные Визенталя, вероятно, неточны, ходить с гангренозной ногой и недавно ампутированным пальцем было бы сущим адом. Вместо ботинка у Визенталя был только рукав старого пальто, обмотанный проволокой вокруг ступни. В качестве трости он использовал метлу. Из 6.000 заключенных,  вышедших из Гросс-Розена, в Хемниц добрались только 4.800[414]. С инфицированной ногой Визенталю повезло оказаться в числе тех, кто выжил. В Хемнице заключенных посадили в поезд, и ненадолго доставили в Бухенвальд, прежде чем отправить дальше в лагерь Маутхаузен, находившийся примерно в 13 милях к юго-востоку от Линца в Австрии.

Визенталь прибыл в лагерь морозной ночью 7 февраля 1945 года. В своей книге Убийцы среди нас он рассказывает, как он и его солагерник, князь Радзивилл, поддерживая друг друга пытались пройти 4 мили в гору до лагеря. Однако из-за слабости они не смогли пройти путь и упали в снег. Эсэсовец выстрелил между ними, но поскольку они не смогли подняться, их оставили умирать. В этот момент, по словам Визенталя, он и Радзивилл от минусовой температуры потеряли сознание. Незадолго до рассвета лагерные власти отправили за телами погибших во время марша грузовики, и тела Визенталя и Радзивилла были настолько окоченевшими, что их посчитали погибшими. Их доставили к крематорию и сбросили на груду трупов, где заключенные, обслуживавшие это заведение, поняли, что Визенталь и Радзивилл ещё живы. После того как обоих отогрели Визенталя отвели в Блок VI — "Блок смерти"[415]. В своих показаниях представителю "Яд Вашем" Визенталь упомянул, что гангрена на его ноге приобрела сине-зеленый цвет и распространилась до самого колена[416].