Во внешней политике наиболее значительными акциями правительства Софьи Алексеевны были заключение "Вечного мира" 1686 г. с Польшей, Нерчинского договора 1689 г. с Китаем, вступление в войну с Турцией и Крымским ханством.

Крымские походы (1687 и 1689) окончились неудачно. Во время первого похода была зажжена степь. В этом обвинили гетмана Самойловича, не сочувствовавшего походу. Он был снят, а на его место избран Мазепа. Войско принуждено было вернуться. Во втором походе русские дошли до Перекопа, начали переговоры о мире. Но переговоры затянулись, войску не хватало воды. Опять возвратились назад, не заключив мира

Этот поход совершенно уронил престиж фаворита Софьи – Василия Голицына. И, несмотря на то, что Софья Алексеевна старалась представить поход геройским делом и щедро наградила его участников, на В.В.Голицына все стали смотреть как на неспособного труса, что было большой ошибкой. На Крым то безуспешно ходили еще и не раз, и то, что не был Крым взят Голицыным уж никак не его вина. Он был выдающимся человеком своего времени. Замечательный дипломат, при Софье, Голицын добился того, что Киев от поляков отошел к России. Говорили, что польский король Ян Собеский по этому поводу даже плакал.

Правление Софьи продолжалось до 1689 г., когда Петру I исполнилось 17 лет, и он заявил о намерении править самостоятельно. Враждебно настроенная против Софьи Наталья Кирилловна говорила о незаконности правления Софьи. 9 января1684 г. женился Иоанн 19), а 27 января 1689 г. – Петр 20), а так как по русским понятиям женатый человек считается совершеннолетним, то братья-цари в глазах народа имели полное право избавить себя от опеки сестры.

Неудача Крымских походов, тяжелое положение внутри страны способствовали тому, что в 1689 г. произошел разрыв между Софьей Алексеевной и боярско-дворянской группировкой, поддерживавшей Петра I. Шакловитый хотел поднять стрельцов в защиту интересов Софьи, но стрельцы отказались выступить. Тогда он решил убрать Петра и его мать. Замысел этот не удался, Петру донесли о намерениях, и царь уехал из села Преображенского, где прежде жил, в Троице-Сергиеву лавру.

Софья уговаривала Петра возвратиться в Москву, безуспешно посылая с этой целью бояр и даже патриарха Иоакима. Петр отказался ехать и вступать в любые переговоры с сестрой. Не возвратился и патриарх Иоаким 21). Софья отправилась сама, но Петр не принял ее. В Лавру правительницу не пустили, Софья решилась поднять стрельцов и обратилась за помощью к ним и народу, но ее не поддержали. Более того, стрельцы принудили Софью согласиться с требованиями Петра и выдать сообщников. В.В.Голицын был сослан, а Шакловитый и состоявшие в заговоре с ним стрельцы казнены.

Трудно даже предположить, как много потеряла Россия от устранения от дел фаворита Софьи, Василия Голицына. Один из образованнейших вельмож того времени, он еще при царе Федоре начал заниматься переустройством России. Он внушал боярам необходимость обучения их детей за границей, он – реформировал войска, он – облегчал налоговую систему. Как отмечает В.О. Ключевский: «несомненно, широкие преобразовательные планы роились в его голове». С начала правления, Софья и Голицын стояли за мир со всеми соседями. Это дало стране долгожданную необходимую передышку. Именно в семилетие главенства Софьи и ее фаворита В.В.Голицына в России был создан запас экономической прочности, который позволил державе пережить петровские времена.

Софья была заточена в Новодевичий монастырь. Однако, царевна не сдалась и, пользуясь не особенно строгой охраной, поддерживала связь со стрельцами, недовольными службой. Воспользовавшись пребыванием Петра за границей, стрельцы вновь подняли восстание (1698 г.). Сторонники Софьи хотели, воспользовавшись этим, "выкликнуть" ее на царство, но восставшие потерпели поражение. Верные Петру воинские подразделения (в том числе – стрельцы) разбили стрельцов Софьи под Москвой. Следствие, произведенное Шейным с пытками кнутом и огнем, показало, что у стрельцов было намерение захватить Москву и бить бояр, но имя царевны Софьи не было названо. Шеин самых виновных приказал повесить, а других разослал по тюрьмам и монастырям под стражу. По показаниям генерала П. Гордона было казнено до 130 человек и сослано 1845 человек.

Срочно вернувшись из-за границы, Петр I вновь возобновил расследование. Допросили еще 1714 стрельцов. Устроили четырнадцать застенков, где стрельцов пытали. Несмотря на нечеловеческие мучения, стрельцы не давали показаний, что царевна виновна в их действиях. Петр велел ужесточить пытки. Наконец, вырвали показания о том, что от нее было письмо, переданное через какую-то нищую. Нашли нищую, но она ни в чем не призналась и умерла под пытками. Подвергли пыткам кормилицу Софьи – Вяземскую и четырех ее постельниц, но из их показаний прямых обвинений царевне нельзя было предъявить. Сама Софья, допрошенная Петром, объявила, что никогда не посылала никаких писем в стрелецкие полки.

Под следствием была и царевна Марфа Алексеевна (1652-1707) – вторая дочь царя Алексея Михайловича от брака с царицей М.И.Милославской. В 1698 г. во время следствия по поводу восстания стрельцов установили, что она получила от стрельцов челобитную и послала письмо в Тулу. Сама она призналась только в том, что говорила Софье о приходе стрельцов в Москву и об их желании видеть Софью на царстве. В октябре 1698 г. была сослана в Успенский девичий монастырь, находящийся в Александровской слободе, где была пострижена в монахини с именем Маргарита.

Софья же была пострижена в монахини Новодевичьего монастыря с именем Сусанны. 21 октября 1698 г. Петр дал указание ежедневно отпускать своей сестре полное содержание от двора. Сто человек под начальством подполковника составили ее стражу.

Всего было казнено 1182 стрельца, из них 195 человек повешено перед кельями Софьи, а троим из них, висевшим под самыми окнами, дали в руки бумагу в виде челобитной . Стрелецкое войско – расформировано. Умерла Софья 3 июля 1704 г. схимонахиней с именем Софьи и похоронена в том же монастыре. Так закончилась первая часть противостояния Милославских и Нарышкиных. На этом этапе победили Нарышкины, но клан Милославских рано еще списывать со счетов. «Много много непокою» принесет эта вражда России. Попечительствуя над семьею своего сводного старшего брата и «соправителя» Иоанна V Алексеевича, Петр I Алексеевич, выдает одну, из пяти его дочерей, царевну Анну за герцога Курляндского. Пройдет не так много времени, и она взойдет на российский престол с именем императрицы Анны Иоанновны – таким образом, правительницей вновь, вослед за Софьей, станет женщина из рода Милославских.Правда, совершенно не имевшая и тени достоинств "правительницы и самодержцы".

«Все петровские реформы были, по существу, логическим продолжением реформаторский деятельности его предшественников: Алексея Михайловича и Ордин-Нащокина, Софьи и Василия Голицына, – да и проблемы он решал те же самые 22)

«Придя к власти в 1689 г., боярская клика Нарышкиных во главе с Петром могла управлять страной только так, как она умела это делать. А способ управления в России существовал только один, известный еще со времен Шуйских и Глинских: царь проводил свою политику, опираясь на верные войска и правительственных чиновников, и потому все Русское государство представляло собой совокупность сословий, так или иначе связанных с "государевой службой».«После стрелецких восстаний привилегированные войска стрельцов были уничтожены, поскольку падение пассионарности и деградация стрельцов сделали их оппозиционерами существующей власти. Значит, Петру для сохранения трона и жизни требовалась своя армия. А кого он мог привлечь на свою сторону? Мобилизовать башкир после разгрома восстания нечего было и думать. На Украине лишних сил тоже не имелось. Дон после восстания Булавина перестал быть опорой трона. В итоге у начавшего войну со Швецией Петра боеспособных войск оказалось мало. Поэтому молодой король Карл XII смог легко нанести русским под Нарвой сокрушительное поражение и решил, что о России можно и не думать, ведь вся ее армия уничтожена.