Сам Анатолий отправил в Синод подробный и яркий отчет. По его словам, уже открытие съезда «ознаменовалось бурными сценами». Проблема, по мнению владыки, заключалась в том, что на заседание попало много посторонних людей, не имеющих на то полномочий. Так, например, из одного прихода со священником Шигаревым прибыло сразу 12 человек, которые «составляли такую сплоченную банду насильников, что по мановению своего отца-настоятеля, по характеру и внешнему виду настоящего демагога (бывшего келейника митрополита Макария), готовы были всякого растерзать».

Выяснение отношений, по словам Анатолия (владыка в докладе именовал их «разъяснениями»), начались и в среде его противников. Так, были «разъяснены» и Шигарев, как участник погрома в 1905 г., и другой противник епископа — священник Панов, «стучавший по кафедре кулаком на председателя съезда, вопивший неистово: “Ты буржуй!”»

Миряне, считал епископ, попали под руководство преподавателя Томского епархиального училища А. Смирнова, «типичного “ЛЕНИНЦА”», которого, в конце концов, тоже «разъяснили», уличив в подлогах в приходно-расходной книге училища. К Смирнову присоединились несколько священников «одинакового с ним настроения». В числе их был протоиерей Макарий Топоров, «родной племянник бывшего митрополита Макария, который, пользуясь покровительством своего дяди, творил беззакония и избегал ответственности». Этот протоиерей, по словам Анатолия, «до государственного переворота сидел тихо... но когда начались митинги, стал выступать на них., появляются его статьи провокационного характера в “Сибирской жизни”, направленные против меня. Вот эта компания и повела борьбу против меня».

Атаку на преосвященного оппозиция вела чрезвычайно грамотно. Среди противников архиерея был и секретарь консистории С. Шаламов, который благодаря своему служебному положению был в курсе всех дел епархиального управления и активно делился со съездом «компроматом» на епископа. Основным обвинением Анатолия послужила его резолюция от 11 марта 1917 г., разрешающая освятить иконы на знаменах-хоругвях, присланных из Петроградского отдела Союза Михаила Архангела В.М. Пуришкевичем. Неблагоприятную роль против архиерея сыграло и то, что депутатом местного исполнительного комитета был также противник епископа, псаломщик села Павловского И.М. Смирнов. Вместе с ним на съезд пришли представители комитета прапорщик Сизов, Наумов и «полдюжины вооруженных солдат—милиционеров, которые разместились в различных местах входной лестницы и при дверях».

По словам Анатолия, делегаты исполнительного комитета заявили, что «необходимо вопрос об отношении съезда к епископу решить в смысле отрицательном. если же духовенство не захочет высказаться в этом направлении, будут приняты меры». Как бы то ни было, съезд духовенства большинством голосов 73 против 34 выразил недоверие своему епископу. Анатолий сообщал в Синод, что «по непроверенным, правда, сведениям. среди депутатов съезда было много если не пьяных, то сильно подвыпивших. Говорят, — продолжал епископ, — всего было выпито 10 ведер. Один ящик вина, присланного депутатам из свечного завода 18 июня утром, до сей поры находится в помещении съезда в духовной семинарии».

Вмешательство Комитета в работу зафиксировано и в напечатанных протоколах съезда. Интересно отметить, что на протоколе о вынесении недоверия владыке сам Анатолий поставил резолюцию: «Только бы Господь не оставил меня своим доверием и милостью...»

Свой рапорт в Синод прислал и главный противник Анатолия — секретарь консистории Шаламов. Он представил перед депутатами негативный образ преосвященного.

Съездом была создана ревизионная комиссия, которая проверяла хозяйственную и денежную часть деятельности местной церковной власти. Основным обвинителем выступил секретарь местной консистории. Однако все финансовые дела оказались в исправном состоянии. Тогда, по словам секретаря, съезд обратил «особое внимание» на те дела консистории, которые, так или иначе, освещали церковно-общественную позицию архиерея. На съезде стали зачитывать резолюции Преосвященного на протоколах консистории. Например, такие многозначительные, как «красножабрый, краснощея, пантофельный, кошерный и т.п.». Что конкретно означали эти резолюции и на каких документах их ставил Анатолий, секретарь консистории не пояснил.

Особое внимание, конечно, привлекла уже известная резолюция от 11 марта, положенная преосвященным на отношении Усть-Калманского отдела Союза Михаила Архангела, разрешающая освятить и хранить в местной церкви знамена союза. По словам Шаламова, данная резолюция была получена консисторией 13 марта, и он, как секретарь, «решительно запротестовал против исполнения означенной резолюции, считая ее. после государственного переворота провокационным актом».

Излагая далее свой отчет о съезде, секретарь консистории начинает говорить о собственных действиях уже в третьем лице. Во время «заседания съезда секретарю консистории многократно приходилось выступать с различного рода разъяснениями. секретарь консистории счастлив засвидетельствовать, что исчерпывающие его разъяснения неоднократно сопровождались аплодисментами депутатов съезда». А после освещения вопроса о союзническом знамени «была выражена благодарность депутатов мирян и группы духовенства “за высокопонятый и исполненный долг гражданина”».

Правда, писал Шаламов, «некоторая группа депутатов, преимущественно клириков, настроенных реакционно, и названная на съезде темными силами», посчитала секретаря “церковным революционером”, с чем сам Шаламов в принципе согласился, «если разуметь под “церковным революционером” борьбу с самодержавием епископата».

Вместе с тем значительная часть духовенства все же поддерживала Анатолия. Многие были недовольны активным вмешательством в церковные дела Исполнительного Комитета. Последний и после съезда продолжал забрасывать посланиями столичные власти, как светские, так и церковные, с ультимативными требованиями устранить преосвященного, который не только «терроризирует» духовенство, но и в «настоящее время распространяет книгу “Печаль Русской земли”».

Второй рапорт направил в Синод и секретарь консистории Шаламов, сообщая, что в Анатолии продолжает «плотно сидеть епископское самодержавие». Он вновь затронул свою любимую тему — резолюции преосвященного на документах. По его словам, «если до революции какое-либо епархиальное учреждение проявляло инициативу, эта инициатива подвергалась осмеянию в резолюции в таком роде: “Шумим, братцы, шумим”». «Конечно, в другой раз, — продолжал Шаламов, — никому не хотелось фигурировать в роли Репетилова, и творческий порыв замирал». В заключение доклада секретарь консистории сообщал в Синод, что Анатолий «все так же стоит на том же пути, что и до революции, а игнорирование церковного общества есть дело контрреволюционное и поэтому нетерпимое». Такая резко антиепископская позиция человека, занимавшего должность секретаря консистории и бывшего фактически независимым от местного архиерея, не могла не обратить на себя внимание членов Синода.

Двадцать первого июля архиепископ Сергий телеграммой предложил Анатолию добровольно подать прошение об увольнении на покой. Владыка требуемое прошение написал, мотивируя свою просьбу «переутомлением и нуждой в продолжительном лечении». Синод не стал сразу принимать решение об устранении Томского епископа, возможно, по причине усилившейся активности сторонников Анатолия. Последние сообщали, что решение съезда — результат сведения личных счетов. По их словам, преосвященный «вполне, безусловно, признает Временное правительство... и с негодованием отвергает всякую мысль о контрреволюции».

Восьмого августа Анатолий написал в Синод еще одно письмо «в дополнение прошению об увольнении». Владыка просил назначить расследование его деятельности, и только «если по проведении расследования окажется невозможным остаться в епархии, прошу вместо увольнения назначить викарием в одну из приволжский епархий».

Очевидно, епископ нашел удачное время для своего протеста: ситуация в Синоде поменялась, и Анатолий не был уволен, а лишь отправлен в отпуск. Никакое расследование его деяний не проводилось. Епископ представлял епархию на Поместном соборе, а 14 декабря приехал в Томск и лично вступил в управление епархией.