Между тем Синод еще 17 июля постановил поручить первоприсутствующему члену архиепископу Платону «отправиться в пределы Екатеринославской епархии для разъяснения взаимоотношения клира и мирян». 10 августа Синод слушал устный доклад Платона о ситуации в епархии. По странному мнению архиепископа, «взаимоотношения в епархии не вызывают необходимости к принятию каких-либо распоряжений». Подал свой голос и протоиерей Кречетович. «Перед вами невинная жертва произвола епископа Агапита», — писал он обер-прокурору. — Синод стоит за него, ибо он приятель Платона». Протоиерей просил «избавить епархию от глупца и интригана». 25 августа губернский исполнительный комитет писал министру исповеданий А. В. Карташову, что «отказ удовлетворить ходатайства клира и мирян епархии и Совета рабочих и солдатских депутатов является неожиданным для Исполнительного комитета... Если и всегда, то теперь особенно опасно... контрреволюционное движение».
В конце концов, Агапит остался на своем месте, а «изъяли» из епархии протоиерея Кречетовича. Владыка мог торжествовать победу. Говоря о причинах такого синодского решения, приходится признать, что протоиерей Кречетович был прав: удержаться у власти Агапиту помогла дружба с влиятельнейшим членом Синода Платоном. Конечно, сыграла роль и удивительная изворотливость екатеринославского владыки. По-видимому, архиерей относился к людям, для которых не существовало никаких политических принципов. Вскоре членам Синода пришлось пожалеть о своем решении. Если после революции черносотенец Агапит встал на позиции «общественности» и слал благословение Совету, то после провозглашения независимости Украины он стал активнейшим «самостийником». В Екатеринославе на площади перед молебном владыка взывал: «Москва нас знищила», прекратил поминовения патриарха и взывал к полному церковному отделению Украины.
В 1918 г. он встречал речью и троекратным лобызанием въезжавшего на белом коне в Киев Петлюру. После прихода на Украину Деникина и возвращения из Галиции митрополита Антония началось расследование деяний владыки Агапита. Архиерейский собор, состоявшийся в Новочеркасске, постановил лишить его кафедры и сослать в монастырь. В 1922 г. Агапит стал «обновленцем».
Схожую «идейную» эволюцию проделал и архиепископ Владимирский Алексий (Дородницын). Сразу после революции на владыку пришел донос. Некий крестьянский «депутат» И. Шкрабенко, приехавший в «губернский город Владимир» в начале марта 1917 г. «погостить у своего зятя», пробыл там девять дней и «узнал много нового про жизнь архиепископа Алексия», который, по его словам, «и в настоящую смуту не успокаивается и доселе настроен против нового правительства», называет его «проклятое, созданное не от Бога, а от дьявола». Далее Шкрабенко перечислял стандартный для церковных склок перечень грехов архиерея: «архиепископ Алексей любит иметь у себя притон женщин, из которых выбирает по вкусу... постов никаких не соблюдает, ест постоянно мясо и курятину и постоянно пьяный. Каждый день ездит кататься с женщинами, поклонник Распутина и каждое воскресенье служит ему панихиды».
Такое послание «депутат» направил в Петроград председателю Государственной Думы М.В. Родзянко, от которого оно поступило в Синод и дало название делу о владимирском архиерее. Оно тянулось до конца года и составило внушительный фолиант.
Трудно сказать, верили ли власти в такого рода сообщения даже в условиях настоящей «охоты» на «распутинский епископат», устроенный обер-прокурором Львовым. Почти одновременно с письмом Шкрабенко в «Новом времени» появилась заметка о поднесении Алексием своей книги Распутину с дарственной надписью. Владыка спешно отправил в Синод телеграмму с просьбой расследовать это дело, так как «здесь скрывается мошенническая проделка. Распутина никогда не видел, всегда презирал». Однако сведения о подарке старцу быстро распространялись, и Алексий вынужден был их печатно опровергать, выпустив два послания «К моей пастве», где пытался объяснить, как у Распутина оказалась его книга с надписью: «Благословенному старцу Григорию Ефимовичу на молитвенную память».
Если вначале он опровергал все обвинения, то через некоторое время вынужден был признать факт надписи на книге. По словам Алексия, его обманули, и, подписывая книгу для некоего почитателя, он не предполагал, что Григорий Ефимович — это и есть Распутин. Впрочем, другую свою брошюру «Две морали», с подписью «автор» он действительно послал «старцу» с «тем тайным намерением, чтобы ее прочитали высокие покровители Распутина и увидели, чем отличается мораль хамства, которой они жили, от морали христианской». Кто же были эти высокие покровители, которые должны были прочитать «Две морали», Алексий не уточнил.
Такие путаные оправдания помогали мало, и собравшийся 3—6 мая епархиальный съезд духовенства и мирян, по словам докладной записки председателя съезда, «единогласно постановил удалить архиепископа Алексия из Владимирской епархии». Обвиняли владыку не только в «сношении с Распутиным», но и в грубости, деспотизме, в «реакционном характере деятельности», в черносотенстве, а также в «стремлении войти в сношения с сильными мира сего, неоднократные приглашения во Владимир и льстивая угодливость пред Елизаветой Федоровной в то время, когда циркулировали уже слухи, враждебно настраивавшие народ к дому бывшего императора». «Правда, - отмечалось на съезде, - после падения старого строя во взглядах архиепископа Алексия произошла как бы неожиданная перемена». Следует отметить, что сразу после революции Алексий действительно быстро поменял политические ориентиры и 28 марта приветствовал войска, отправляющиеся на фронт, речью, поминая «старых деспотов, канувших в вечность», и говорил о готовности пожертвовать капиталами.
Однако эту перемену епархиальный съезд принимать во внимание не хотел, считая, что «фальшиво звучит для паствы призыв к свободе... на устах человека, еще недавно заявившего себя реакционером по церковно-общественной жизни». В результате съезд решил просить Синод «уволить» владыку со своего поста как «запятнавшего себя деяниями грубого произвола и связью с темными силами и веяниями отжившего прошлого».
Алексий не смирился с решением епархиального съезда и забрасывал Синод своими пространными посланиями. По его словам, съезд происходил бурно и возбужденно, с аплодисментами и криками «долой» и «прочими свойствами партийного митинга. причем некоторые депутаты были явно в нетрезвом виде». Отвергал он и обвинения в реакционности, так как он «смело, открыто и ревностно вышел навстречу новому течению жизни нашего отечества и внес от себя некоторый полезный труд». По поводу же своего «якобы деспотизма» Алексий писал, что, наоборот, скрывал многие поступки местного духовенства, поскольку знал, что стоит ему их открыть, то «получится нечто ужасное».
Однако ни Синод, ни тем более обер-прокурор не думали заступиться за Алексия, а делегация от Владимирской епархии на съезде духовенства, проходившем в Москве, передала властям официальное ходатайство «об удалении епископа». Все это, видимо, и подстегнуло владыку открыть «ужасные проступки», отправив в Синод большое послание, которое можно было бы условно назвать трактатом о нравственности духовенства епархии. Алексий не пожалел красок, описывая похождения (в основном сексуальные) своих противников. Все оказалось бесполезным — даже лично оправдаться перед Синодом ему не дозволили, мотивируя это тем, «что документы, относящиеся к делу Распутина и лицам, близким к нему, вытребованы Чрезвычайной следственной комиссией». Данная комиссия была образована указом Временного правительства и вела расследования «преступных действий высших чинов старого строя».
Определением Синода от 1 августа 1917 г. Алексий был уволен на покой, даже отслужить прощальную литургию во Владимире ему не разрешили.
Тогда беспокойный иерарх уехал на Украину, где начал активную агитацию в духе украинофильства и, по словам профессора Киевской академии М. Поснова, «стал на путь церковного революционера», требуя отделения Украинской церкви от Великорусской. Деятельность Алексия на Украине в духе церковного большевизма рассматривал уже Поместный собор, на котором звучали предложения о запрещении или даже лишении сана строптивого архиепископа.