Время шло, и ситуация при дворе менялась. Среди бояр росло недовольство всевластием царевны Софьи, старавшейся править, опираясь на родню и фаворитов — князя В. В. Голицына и Ф. Л. Шакловитого. Многие придворные, опасаясь за свою жизнь, согласились на предложенный им во время стрелецкого восстания 1682 года порядок. Но страх подзабылся, и далеко не всем нравилось, что, вопреки традиции, государством управляет девица, пусть и царская дочь. Росли пронарышкинские настроения. Добрым для царицы Натальи знаком явилось возвращение в 1687 году из ссылки ее уцелевшего в 1682 году брата Льва Кирилловича Нарышкина и возведение его в боярский чин. Вместе с тем Наталью не могло не беспокоить то обстоятельство, что соправитель ее сына, Иван V, в 1684 году женился. А в 1688 году его жена, царица Прасковья, забеременела. Если бы у этой четы родился сын, то он бы имел преимущественные права наследника престола.

Но в 1688 году Петру I исполнилось шестнадцать лет, то есть наступило совершеннолетие. Наталья Кирилловна стала срочно подыскивать сыну невесту. Сам Петр, очевидно, мало заботился о женитьбе. Его интересовали науки, он всерьез увлекся идеей создания флота. В 1688 году Петр ездил в Переславль-Залесский, где были заложены корабли, чтобы плавать по Плещееву озеру. 27 января 1689 года царь Петр Алексеевич по настоянию матери женился на Евдокии Федоровне Лопухиной. Особых чувств царь к своей молодой жене не испытывал. Ведь не он ее выбрал по своей склонности, а ее ему выбрала мать.

В 1689 году наступила развязка. Петр I стал совершеннолетним, женился, и ему уже не нужна была опекунша Софья Алексеевна. Мнение Ивана V, не способного по состоянию здоровья и психики к самостоятельному правлению, в расчет не принималось. Не только Петр, но и Наталья Кирилловна прилюдно стали проявлять недовольство стремлением Софьи Алексеевны быть наравне с государями. Софья чувствовала, что власть ускользает из рук. Ей надо было выбирать: либо подчиниться и отдать власть Петру, либо устранить его. Правительница склонялась к последнему. Главой Стрелецкого приказа, фаворитом Софьи Ф. Л. Шакловитым в ночь с 7 на 8 августа было организовано нападение стрельцов на Преображенское. Но предупрежденный царь Петр успел уехать в Троице-Сергиев монастырь. По одним сведениям, Петр Алексеевич буквально сбежал из Преображенского с несколькими преданными людьми, бросив там и мать, Наталью Кирилловну, и беременную жену, царицу Евдокию. Подругам, все семейство с двором и прислугой спокойно покинуло резиденцию. В сложившемся активном противостоянии победил Петр. Проиграла не только Софья, но и партия Милославских теперь уже навсегда лишилась власти.

В историографии сложилась точка зрения, что в первые годы после устранения Софьи правительство формально возглавляла царица Наталья Кирилловна. Молодой Петр I в то время не был склонен к рутинной государственной работе. Он часто посещает своих приятелей в Новой Немецкой слободе и здесь знакомится с Анной Монс, ставшей его любовницей, устраивает войсковые маневры, где оттачиваются выучка и взаимодействие войск, ездит к своим кораблям в Переславль-Залесский, в 1693 году совершает длительное путешествие в Архангельск с целью увидеть море и начать строить большие суда.

Современники по-разному отзывались о способностях Натальи Кирилловны. Так, уже упоминавшийся А. А. Матвеев называет Наталью «мужемудренной» (по Матвееву, если женщина обладает мужской мудростью, то это свидетельствует об ее уме), а курляндец Я. Рейтенфельс находил, что у нее «сильный характер». В то же время известный петровский дипломат князь Б. И. Куракин писал, что царица «ума легкого» и была «править не капабель» (то есть не могла править государством).

Правда, тот же Куракин критически характеризует и лиц, возглавлявших государственное управление. Первым по должности являлся глава Посольского приказа боярин Л. К. Нарышкин. Этот молодой человек (ему было всего 25 лет) был недалеким и взбалмошным. Боярин Т. Н. Стрешнев — столь же недалекий и злой интриган. Куракин признавал, что третий из наиболее приближенных к царице вельмож, князь Б. А. Голицын, отличался умом и образованностью, но слыл казнокрадом. При этом все они были привержены пьянству. В тот период в органах управления обосновались Нарышкины (так, два младших брата Натальи — Мартемьян Кириллович и Федор Кириллович — стали в 1690 году первый боярином, а второй — окольничим) и Лопухины, родня жены царя Петра. Тридцативосьмилетняя царица Наталья Кирилловна, конечно, набралась политического опыта, чему прямо способствовали события 1682–1689 годов. Да и по своему воспитанию еще в доме А. С. Матвеева она не могла не интересоваться политикой, в особенности теперь, когда победил ее сын. А его победу она с полным основанием могла считать и своею. Безусловно, прибавило радости и появление на свет в 1690 году внука, царевича Алексея Петровича.

И в последние годы жизни Наталья занималась улучшением своего быта. У нее появилась «атласная» комната (то есть отделанная 56 аршинами этой дорогой шелковой материи разных цветов), были отремонтированы сени и помещения, где жили ее боярыни. Построена новая «мыленка», к которой куплена новая утварь, и частично починена старая. В 1692 году царице сделаны новые кресло, обитое коричневыми атласом и бархатом, скамья, два липовых «поставца», похожие на старые. А в 1693 году новый липовый «поставец» (фактически шкаф) высотой два метра занял место в комнате Натальи. В том же году обновлялись в хоромах фонари. Но обновлялись не только апартаменты, помещения и мебель. Заново были сделаны свыше тридцати различных медных лоханей, тазов и пр. Не отказалась Наталья Кирилловна и от привычки одаривать свою родню и преданных слуг. В 1692 году она подарила племяннику, И. И. Нарышкину, 12 стульев «золотных, немецких», купленных в торговых рядах. Тогда же царица жаловала кубки с вином нескольким боярам и их женам. В 1693 году жене умершего известного ей дьяка Наталья велела выдать различные продукты на поминки.

Особенное беспокойство матери вызвало длительное путешествие Петра I в Архангельск летом 1693 года. Наталья часто писала сыну письма, в которых говорила о своей печали ввиду его отсутствия и радости от предвкушения скорой встречи. Но встреча затягивалась, поскольку царь решил дождаться прибытия иностранных кораблей, которые приходили в этот северный порт обычно в конце лета. Чтобы у Петра дрогнуло отцовское сердце, Наталья Кирилловна приложила к одному из своих посланий и письмо, написанное от имени царевича Алексея. В ответ Петр называет мать своей «радостью» и просит ее «своею печалью» его «не натсадить». Только в октябре царь вернулся в Москву. Но вот в январе 1694 года Наталья Кирилловна серьезно заболела. Она и раньше хворала, особенно во время длительных отлучек сына-царя. Теперь же болезнь не отступила, и государыня скончалась 25 января на сорок третьем году жизни. На следующий день, 26 января, Наталью хоронили. В сильнейшем горе Петр I не нашел в себе сил присутствовать при похоронах матери. Печальную процессию возглавлял пасынок, Иван V. Очевидно, по распоряжению царя Петра был написан посмертный портрет Натальи Кирилловны. По его же указу в тюрьмах и по богадельням в память матери раздавались деньги.

Царица Наталья Кирилловна была второй, любимой женой царя Алексея Михайловича и подарила России сына, Петра Великого. Воспитанная, благодаря А. С. Матвееву, на восприятии европейских традиций и культуры, она достойно прошла свой жизненный путь в условиях, когда политическая борьба могла превратиться в кровавую расправу с оппонентами.

Царица Марфа была второй женой царя Федора Алексеевича. Поскольку до женитьбы на ней Федор уже несколько лет правил страной и жил в первом браке с царицей Агафьей, постольку необходимо обратиться к предыстории восхождения Марфы в царские хоромы.

Царь Федор вступил на престол в 1676 году после смерти своего отца, царя Алексея Михайловича. Родился Федор в 1661 году, но в свои пятнадцать лет был уже тяжело больным человеком. Известный вельможа и приближенный царя Алексея А. С. Матвеев рассказывал, что однажды Федор упал с лошади, запряженной в сани, и сани, в которых он намеревался прокатить своих сестер и тетушек, проехали по нему. Царь-мальчик также страдал цингой, ему было трудно ходить, так что церемонию приведения к присяге высших чинов он провел сидя в кресле. Федор с детства был под наблюдением врачей, а многочисленные сестры и тетки окружили его своим вниманием. С годами эта зависимость только укреплялась. Вместе с тем Федор был умным и хорошо образованным юношей. Он считался учеником известного мыслителя Симеона Полоцкого, который до своей смерти в 1680 году имел большое влияние на молодого царя. Федор обладал знаниями по широкому спектру гуманитарных дисциплин (богословию, философии, риторике, поэтике), владел латинским и польским языками, увлекался стихосложением, церковным пением и музыкой. Ему передалась наследственная страсть к книге, в обширной отцовской библиотеке Федор мог заниматься часами. По его распоряжению во дворце была открыта типография, где он мог печатать любые произведения, отдавая предпочтение трудам учителя — Симеона Полоцкого. Молодой царь покровительствовал живописцам, мастерам оружейного и прикладного искусства, архитекторам, являясь сам автором чертежей некоторых построенных зданий. Свою любимую загородную резиденцию, село Воробьеве, Федор всячески обустраивал, разбивал там сады, рыл пруды. По своим пристрастиям царь Федор был близок к плеяде русских политических деятелей-западников второй половины XVII века: А. Л. Ордину-Нащокину, А. С. Матвееву, князю В. В. Голицыну. При нем в жизни русского двора усилилось влияние польских традиций, этикета, моды. Объяснить это можно тем, что западные веяния обычно приходили в Россию через Речь Посполитую, славянское государство, да и Симеон Полоцкий долгое время там жил и учился.