Возникает вопрос: какова мера ответственности царицы Натальи за поражение Нарышкиных? Ей все-таки уже было тридцать лет — вполне зрелый возраст для того времени. Но Наталье, конечно, недоставало опыта, ведь государственными делами она доселе не занималась. Очевидно, она рассчитывала на приезд А. С. Матвеева и целиком уповала на его способности. Вместе с тем Наталье не хватило решительности, твердости характера (что, к слову, в полной мере проявила царевна Софья) и политического такта (нельзя было возводить молодого брата Ивана сразу из стольников в бояре). Разумеется, доля политической ответственности за кровавые майские события лежит и на царице Наталье как на матери государя-мальчика Петра, который самостоятельно еще не мог править государством. Правда, старомосковское представление, что политика — не женское дело, — ограждавшее цариц и царевен от государственных забот, до некоторой степени извиняет Наталью Кирилловну, оказавшуюся неготовой к серьезным испытаниям, выпавшим на ее долю в 1682 году.
Гром грянул 15 мая 1682 года. Рано утром в Кремль с барабанным боем, с развернутыми знаменами, при полном вооружении и даже с пушками вошли все 19 московских стрелецких полков и выборный Бутырский солдатский полк. Наиболее подробное описание событий оставил Андрей Артамонович Матвеев, сын Артамона Сергеевича, позже — один из сподвижников Петра Великого. По его словам, стрельцы были возбуждены слухом, распущенным Милославскими, что Нарышкины (особенно обвинялся Иван Кириллович) убили царевича Ивана Алексеевича. Царица Наталья Кирилловна вывела на Красное крыльцо (точнее, на площадку на уровне второго этажа) царя-сына Петра I и пасынка царевича Ивана Алексеевича. Некоторые стрельцы приставили лестницы, взобрались на них, чтобы лучше разглядеть царя, царицу и царевича, да еще спрашивали — подлинные ли то лица. Когда сомнения рассеялись и царица с окружением надеялась на то, что служивые успокоятся, случилось невообразимое. К стрельцам пошли несколько бояр, в том числе А. С. Матвеев и глава Стрелецкого приказа князь М. Ю. Долгорукий. Долгорукий, старший стрелецкий начальник, начал грубо бранить подчиненных. Однако они его ненавидели и, будучи в крайне ожесточенном состоянии, убили князя. Матвеев успел взбежать на крыльцо и взял царя Петра и царевича Ивана под руки, надеясь, что в этом его защита. Но стрельцы последовали за ним, буквально вырвали его из августейших рук и тут же растерзали. Опьянев от крови, да и будучи изрядно навеселе, стрельцы ворвались в дворцовые покои и начали обыскивать и парадные, и личные апартаменты, надеясь найти известных им лиц из партии Нарышкиных. Наталья Кирилловна «с ужасом и плачем горьким», с сыном, царем Петром, ушла в Грановитую палату. В тот день стрельцы убили также родного брата Натальи Афанасия Кирилловича и двух троюродных братьев, В. Ф. и И. Ф. Нарышкиных, а также нескольких сторонников этой партии.
Однако стрельцам было мало: они требовали выдать им Ивана Кирилловича Нарышкина. 16 мая удалось оттянуть расправу. Иван Кириллович вместе с отцом. Кириллом Полуэктовичем, несколькими родственниками Нарышкиными, а также с Андреем Артамоновичем Матвеевым скрывались сначала в комнатах маленькой дочери царицы Натальи — царевны Натальи Алексеевны. Потом их перевели благодаря «любовному союзу» царицы Натальи с другой вдовствующей царицей, Марфой Матвеевной, в «дальние деревянные комнаты» последней. Прячущиеся даже решили подстричь покороче волосы «ради безопасной предосторожности, к непознанию их». Но 17 мая стрельцы явились снова и в ультимативной форме опять потребовали выдать им Ивана Нарышкина, обещая, что на этом они успокоятся. Запуганные бояре стали просить Наталью Кирилловну пожертвовать братом, а царевна Софья Алексеевна резко заявила, что выдачи Ивана Кирилловича «избыть невозможно», так лучше пойти на это и отвратить беду от себя. Иван Нарышкин был приведен в церковь, причастился, был соборован. Наталья Кирилловна вложила в руки брата образ Богоматери, как бы провожая его в последний путь. Он, как пишет А. А. Матвеев, принял мученическую кончину. В тот же день стрельцами был найден и убит боярин И. М. Языков. Стрельцы также потребовали постричь в монахи отца Натальи, Кирилла Полуэктовича, а других оставшихся в живых Нарышкиных и их сторонников отправили в ссылку.
Потрясение было очень сильным, особенно для десятилетнего царя Петра. Он запомнил это на всю жизнь. Случавшиеся у него позже приступы крайней жестокости объясняются негативным влиянием на детскую психику кровавых расправ 15–17 мая 1682 года. Между тем стрельцы, по наущению Милославских, потребовали, чтобы царевич Иван Алексеевич был также провозглашен царем. Теперь у России стало два царя — Иван V и Петр I, причем Ивана «нарекли» первым государем. Их опекуншей стала царевна Софья, с титулом Великой государыни. Тут уж падчерица могла не только на словах, а и на деле отыграться на ненавистной мачехе. Наталья Кирилловна теряет какое бы то ни было влияние на государственные дела. Однако правительница Софья должна была все-таки сдерживать свой нрав и не унижать явно мать одного из государей. Поэтому-то Наталья сохранила свои помещения в Кремлевском дворце. Летом семья проживала в загородных резиденциях, чаще всего в Преображенском. А у кремлевских хором Натальи был разбит сад, огороженный забором. Здесь выделили место для игр маленького Петра: неподалеку от комнат царя разбита «потешная» площадка. Тут Петр играл с избранными ему в товарищи ребятами. Причем на взрослый манер были построены «потешные» изба, шатер, стояли деревянные пушки. Словом, десятилетний Петр в своих играх отдавал предпочтение «марсовым» забавам. В ноябре 1682 года старые деревянные хоромы сгорели, и в 1683 году на их месте возвели новые. Причем достройка помещений продолжалась до 1685 года. Тогда же были сделаны две новые «мыленки». Комнаты Натальи Кирилловны и ее дочери, царевны Натальи Алексеевны, были расписаны живописью духовного содержания: на стенах изображались сцены из евангельских и апостольских притч. Живописным письмом украшались и комнаты царя Петра. В «передней» царицы устроили специальное «место» со ступенями, где ставилось кресло, и Наталья могла здесь устраивать официальные приемы.
В свои комнаты вдовствующая царица ставила новую мебель. Так, в 1683 году она обзавелась двумя «поставцами» и липовой, колесной «казенкой» внушительных размеров (длина и ширина более двух метров). В 1684 году в сенях появился липовый «поставец с дверми» (размерами примерно метр на метр). Тогда же для Натальи были сделаны столы: один метровый, дубовый, «на колесах с наконечниками», и два липовых (метровый на «светлом подстолье» и полутораметровый «с двумя ящики выдвижными»). В новых деревянных хоромах в 1685 году на обивку лавок пошло 55 аршин бархата коричневого и «осинового» и 6 аршин зеленого атласа. 83 аршина коричневого сукна было использовано па обивку лавок, стен, погодка, дверей, окон и стола. На пол же постелили зеленое сукно. Как видим, с возрастом (да и траур по покойному мужу-царю обязывал) Наталья сипа предпочитать коричневые и зеленые цвета. В 1684 году для нее были расписаны зелеными красками два «липовых налоя». А в следующем году сделаны к пятнадцати иконам позолоченные иконостасы. Не забывала Наталья и преданную ей прислугу. В 1688 году по се приказу «в приданое» трем «девкам» из четырех фунтов серебра были сделаны три комплекта, в которые вошли: «лоска зеркальная», тазик, бел ильница, «румянница» и «суремница».
Сын-царь подрастал и проявлял свою недюжинную любознательность. Так, его заинтересовала астролябия, и пришлось даже пригласить из Немецкой слободы иностранца для занятий математикой. Наталья Кирилловна старалась сама подбирать Петру наставников и не желала, чтобы среди них оказывались лица, державшие сторону царевны-правительницы Софьи. Постепенно «марсова» потеха царя обретала все больше серьезности. Из массы низших придворных служителей (конюхов, сокольников, Кречетников и др.) и близких себе придворных юношей из дворян — спальников, комнатных стольников — Петр сформировал две роты «потешных» солдат. Потом был открыт свободный набор в «потешное» войско, и вскоре составились два батальона, куда шли и молодые дворяне, и простолюдины, и даже боярские холопы. Из этих «потешных» впоследствии вышли почти все видные деятели петровского царствования.