Разумеется, особое внимание обращалось на воспитание маленького Петра. Помимо обычных предметов и игрушек, у него были и вещи европейского происхождения: музыкальная шкатулка («цымбальцы маленькие»), клавикорды и др. В самом раннем возрасте ребенка опекала женская прислуга: кормилицы, мамки, няньки. Ею руководила царица-мать, именно от нее во многом зависело формирование личности царевича. Конечно, набор предметов, окружавших царевича, определялся матерью. Как знать, может быть, раннее знакомство с изделиями европейского прикладного искусства и музыкальными инструментами повлияло на формирование западнических взглядов Петра Алексеевича. А в заслугу это можно поставить прежде всего Наталье Кирилловне.
Но вот в 1676 году умирает царь Алексей Михайлович. Это повлекло за собой не только изменение личного статуса Натальи Кирилловны, ставшей отныне вдовствующей царицей. На престол вступил Федор Алексеевич, пасынок, объявленный наследником еще в 1674 году. Вместе с ним к рулю государственного управления должны были прийти его родственники, Милославские. Царица Наталья с детьми, Матвеев и Нарышкины должны были уйти на второй план. Между тем хоронили царя Алексея. За гробом несли нового царя, немощного Федора Алексеевича. За ним также на носилках несли Наталью с лицом закрытым фатою.
А. С. Матвеев был снят со всех постов. В чем его только не обвиняли! И в стремлении посадить на трон четырехлетнего Петра, и в желании перетянуть на свою сторону московских стрельцов, и в покушении на жизнь царя Федора Алексеевича, и в «чернокнижии» (колдовстве). Если бы у Милославских имелись доказательства, то Матвеев наверняка поплатился бы головой. Но всесильный фаворит царя Алексея отделался ссылкой. Отец Натальи Кирилловны, боярин Кирилл Полуэктович, даже не приглашался во дворец. Что же говорить о других Нарышкиных? Нелегко было и Наталье. Теперь ненависть падчериц к мачехе выплеснулась наружу. Сестры царя Федора, которыми верховодила самая умная и энергичная царевна Софья Алексеевна, склоняли брата к крутому обращению с мачехой. Но как ни зависел болезненный Федор Алексеевич от родных, все же не пошел на поводу у них до конца. Кроме того, он помнил, что был крестным отцом царевичу Петру, а по православной традиции крестный обязан опекать крестника вместо умершего отца. Конечно, значение Натальи Кирилловны при дворе умалилось, но не настолько, чтобы ее новое положение можно было сравнить со ссылкой.
Вдовствующая царица с детьми даже осталась в своем старом жилище. Рассказывали, что Милославские готовились ее выселить в новое помещение, но Наталья отказалась переезжать, а маленький царевич Петр даже ходил жаловаться к царю Федору Алексеевичу, и этот вопрос замяли. К 1681 году у Натальи деревянные хоромы были обновлены. На половики и обивку лавок пошло 40 аршин красного и зеленого сукна. У нее появился зеленый ларец. Отмечено, что царица пользовалась стеклянной посудой. За ней числилось: 50 различных стаканов, 10 кувшинов, 5 «братинок», 15 «сулеек», 10 «оловеничков» и пр. За Натальей Кирилловной также сохранили хоромы в царской резиденции в селе Измайлове.
Надо сказать, что крестный отец не забыл Петра. Царь Федор Алексеевич как-то сказал Наталье Кирилловне, что настала пора царевичу Петру учиться. В наставники был определен дьяк Никита Моисеевич Зотов, чье соответствие посту преподавателя для царевича подтвердил сам Симеон Полоцкий — безусловный авторитет для государя. Царица Наталья велела Зотову начать обучение Петра на следующий день, то есть 12 марта 1677 года. (Заметим, что мальчику не было и пяти лет.)
Всевластие Милославских при дворе закончилось в 1679 году, когда вопреки желанию родни царь выбрал себе в жены Агафью Грушецкую, которая оказалась замешана в неприглядной интриге. Резко возросло политическое значение фаворитов царя Федора Алексеевича — Языкова и братьев Лихачевых. Второй брак царя с Марфой Апраксиной способствовал началу восстановления политического влияния Нарышкиных. Лидеру этой партии, А. С. Матвееву, изменили место ссылки на более достойное и близкое к Москве. Вероятно, царь Федор Алексеевич в последние месяцы жизни обдумывал возможность возведения на престол царевича Петра. Последнему шел десятый год, и крестному отцу этот здоровый и смышленый мальчик явно был симпатичен, он выгодно отличался от шестнадцатилетнего болезненного и недалекого царевича Ивана. Конечно, Милославские не желали воцарения Петра, конечно, они требовали объявить наследником престола Ивана. Слабеющий царь Федор находился между двух огней. Причем на Петра ставили не только Нарышкины, но и царские фавориты, когда поняли, что у Федора уже не будет потомства. В этой обстановке Наталья Кирилловна, естественно, воспрянула духом. Ведь ее мальчик рассматривался как реальный претендент на трон.
Царь Федор Алексеевич скончался 27 апреля 1682 года. На престол был посажен десятилетний Петр Алексеевич (Петр I), что явилось результатом соглашения фаворитов умершего царя Федора, И. М. Языкова, А. Т. и М. Т. Лихачевых, с партией Нарышкиных. Казалось бы, для Натальи Кирилловны наступили наилучшие времена: сын на престоле, родственники у руля управления государством. Но не тут-то было! Нарышкины очень скоро не только потеряли власть, но часть из них была убита, а часть подверглась опале.
1682 год был, пожалуй, самым страшным годом для Натальи, которой пришлось стать свидетельницей гибели дорогих ей людей и самой не раз испытать страх за свою жизнь и за жизнь детей. Главная причина поражения Нарышкиных в борьбе за власть — их неспособность оценить ситуацию в стране и выдвинуть своего талантливого лидера, они ничего не смогли противопоставить провокационным обвинениям Милославских, и прежде: его царевны Софьи Алексеевны, якобы в отравлении царя Федора Алексеевича и в попытках отравления царевича Ивана Алексеевича. Они не предприняли никаких мер против интриги, развернутой Милославскими, возглавляемыми хитрым и опытным царедворцем, боярином Иваном Михайловичем. Главное — Нарышкины не сумели заручиться поддержкой московского стрелецкого гарнизона.
Столичные стрельцы роптали. Их недовольство появлялось еще в царствование Федора Алексеевича: им было уменьшено жалованье, а их полковые командиры буквально тиранили подчиненных, которые нигде не могли найти защиту. Придя к власти, Нарышкины практически ничего не сделали для улучшения положения гарнизона, поэтому все свои беды стрельцы связывали с Нарышкиными. Партия Милославских искусно направляла возмущение служилых людей против своих политических оппонентов. Причем составился заговор, о котором не знала и против которого ничего не предприняла родня Натальи Кирилловны. Да и кому было правильно реагировать на события? Отец царицы, боярин Кирилл Полуэктович, решительностью и твердостью характера не отличался. Старший брат Натальи, Иван Кириллович, в свои двадцать четыре года с воцарением Петра I получил боярство, что вызвало недовольство как придворных, так и московских жителей. Иван Нарышкин «прославился» также тем, что примерял царский венец. Вероятно, каких-либо далеко идущих мыслей при этом у него не возникало, но подобный жест истолковывался как символический. Не случайно впоследствии у стрельцов особую ненависть вызывал именно Иван Кириллович. Очевидно, Нарышкиным можно было бы опереться на умного и опытного фаворита покойного царя Федора боярина И. М. Языкова. Но они, видимо, не очень-то к нему прислушивались. Непререкаемым авторитетом у Нарышкиных пользовался боярин А. С. Матвеев. С воцарением Петра он сразу же был вызван из Луха, где находился в ссылке, в Москву. Но в столицу Матвеев приехал слишком поздно, только 10 мая. Как ни пытался опытный политик переломить ситуацию, уже ничего нельзя было сделать.
У Натальи Кирилловны окончательно испортились отношения с падчерицей царевной Софьей Алексеевной. Во время похорон царя Федора Софья, вопреки традиции, появилась на людях. Наталья в раздражении ушла из кремлевского Архангельского собора и увела сына, царя Петра I, не дослушав заупокойной службы. Софья же после похорон громко жаловалась на «врагов», отравивших брата-царя Федора и отстранивших от престола брата-царевича Ивана. Позже Наталье Кирилловне даже пришлось оправдываться, говоря, что десятилетний царь сильно устал и не мог дослушать церковную службу до конца.