Разрыв с женой повлиял и на отношение Петра I к ее родне, Лопухиным, которые проявляли раздражение не всегда скрытое. Первым пострадал боярин Петр Большой Абрамович Лопухин, дядя Евдокии. Его давний недруг, дядя Петра I, боярин Л. К. Нарышкин, в 1695 году состряпал на него донос, в котором содержались тяжкие обвинения. Петра Абрамовича подвергли пытке, и он, по одной версии, на следующий день умер, а по другой — был сослан в свое имение. В 1697 году был раскрыт заговор Цыклера — Соковнина. Заговорщики обсуждали планы убийства Петра I. Очевидно, в числе знакомых казненных заговорщиков оказались и Лопухины. Поскольку доказательств их участия в заговоре не было, нескольких Лопухиных разослали на воеводства в отдаленные города: тесть Петра I, Федор Абрамович, отправился в Тотьму, его братья Сергей Абрамович — в Вязьму, а Василий Абрамович — в Чаронду, где и умер. В 1698 году был пытан и умер еще один дядя царицы Евдокии — Петр Меньшой Абрамович Лопухин. Его обвинили в убийстве крестьян.

Уезжая в 1697 году в составе Великого посольства за границу, Петр I поручил дяде, Л. К. Нарышкину, уговорить Евдокию Федоровну отказаться от замужества и постричься в монахини. Евдокия не захотела подчиниться царскому приказу. К этому делу надлежало подключиться самому патриарху Адриану. Однако по закону церковь не могла развести Петра с женой. Ведь причины развода строго определены — супружеская неверность, бесплодие и явное психическое расстройство. Но ни в одной из них Евдокию нельзя было обвинить. Опираясь на мнение духовенства и многих бояр, патриарх не торопился исполнять прихоть царя Петра. Кроме того, видимо, рассчитывали на то, что Петр за границей охладеет к своей фаворитке и, вернувшись домой, не станет настаивать на разводе с супругой. Разумеется, во время отсутствия Петра Евдокия Федоровна пользовалась всеми преимуществами своего официального статуса царицы и матери наследника престола. Как пишет секретарь австрийского посольства Й. Корб, в 1698 году 29 апреля она наблюдала из окна терема торжественный въезд в Кремль этого посольства. На Пасху Евдокия вместе с царевичем Алексеем совершила торжественное паломничество в Троице-Сергиев монастырь, а затем несколько раз была на официальных приемах у австрийского посла. 25 августа в Москву прибыл Петр I. Он не только не забыл Анну Монс, но и пришел в ярость, узнав, что Евдокия еще не монахиня. Вообще царь проявлял сильное недовольство, так как ему спешно пришлось вернуться в страну из важной для него заграничной поездки. Его настроение еще более ухудшилось оттого, что, по его мнению, розыск по известному стрелецкому делу 1698 года был проведен без должной тщательности. А тут еще Евдокия! По одним сведениям, он встретился с ней и говорил о постриге, а по другим — не пожелал этого и навестил только сына, царевича Алексея. Царь весь свой гнев обратил на патриарха. Адриан буквально умолял о пощаде и ссылался на отрицательное отношение к насильственному постригу царицы своего окружения и бояр. По приказу царя пятерых приближенных патриарха отвезли в тюрьму в Преображенское. На следующий день сестра Петра, царевна Наталья Алексеевна, буквально вырвала царевича из рук Евдокии Федоровны. Царицу же увезли в суздальский Покровский девичий монастырь, где она была пострижена в монахини под именем Елена. Русские современники осудили Петра, считая, что он сотворил беззаконие и произвол. Иностранцы также привыкли к другим взаимоотношениям в монарших семьях. В конце XVII века европейские государи своих нелюбимых жен в монастырь не отправляли, а довольствовались любовью фавориток.

Казалось, имя инокини Елены теперь будет известно только узкому кругу монахинь ее суздальской обители. Но через много лет о бывшей царице вспомнили снова. Поводом послужило дело царевича Алексея Петровича. Ее сын разошелся с отцом, Петром I, во взглядах на политику и будущность России. Алексей бежал, скрывался во владениях австрийского императора, но вынужден был вернуться. В 1718 году Петр I учинил розыск по делу царевича. К следствию были привлечены инокиня Елена и ее родственники. Евдокию — Елену подвергли пыткам, и она призналась, что вела переписку с сыном и его окружением. Но никаких политических преступлений за ней не значилось (правда, была открыта ее любовная связь с офицером С. Б. Глебовым). Да и понятно, Евдокия никогда политикой не занималась. Поэтому инокиню Елену из застенка выпустили, но отправили в другой монастырь, ладожский Успенский. Ее сын, царевич Алексей Петрович, был пытан и погиб в застенке. Из родственников жестокой казни подвергли брата бывшей царицы, Абрама Федоровича Лопухина, поскольку он входил в ближайшее окружение царевича. Представитель другой ветви рода, Степан Иванович Лопухин, очевидно, был лишь косвенно причастен к делу, поэтому отделался ссылкой в Кольский острог.

Во время правления ее счастливой преемницы на брачном ложе Петра I, Екатерины I, наша героиня находилась в Шлиссельбургской крепости. Воцарение ее внука, Петра 11, в 1727 году не только дало Евдокии — Елене долгожданную свободу, но и вернуло уже порядком подзабытое высокое положение — теперь уже бабушки императора. Она переехала в Москву и жила в основном в монастырях. После смерти внука в 1730 году Верховный тайный совет даже рассматривал Евдокию — Елену как вероятного кандидата на престол. Но земные страсти ее уже не волновали. 27 августа 1731 года инокиня Елена закончила свой земной путь.

Много переживаний и испытаний выпало на долю царицы Евдокии. И в том не было ее вины. Евдокия пыталась быть любящей женой и матерью, но ее заставили коротать век в монастырской келье.

Дочери русских государей XVII столетия являлись основными членами царской фамилии. Причем у царей династии Романовых именно дочери-царевны, как правило, рождались крепкими и здоровыми и часто доживали до взрослого, а то и преклонного возраста, чего не скажешь о большинстве сыновей-царевичей. Очевидно, это была генетическая особенность потомства Федора Никитича и Ксении Ивановны Романовых (в монашестве Филарета и Марфы). Во второй половине XVII — начале XVIII века жили царевны от браков: царя Михаила Федоровича и царицы Евдокии Лукьяновны (Ирина, Анна и Татьяна Михайловны), царя Алексея Михайловича и царицы Марии Ильиничны (Евдокия, Марфа, Софья. Екатерина, Мария и Федосья Алексеевны), царя Алексея Михайловича и царицы Натальи Кирилловны (Наталья Алексеевна), царя Ивана Алексеевича и царицы Прасковьи Федоровны (Екатерина, Анна и Прасковья Ивановны). Правила воспитания и уклад жизни дочерей русских государей к XVII столетию имели давнюю историю. Но в интересующее нас время в очерченный порядок могли пробиваться и новации, связанные с начавшимся поворотом в сторону европейских культуры и традиций.

Г. К. Котошихин повествует, что появлялись на свет царские дети в «мыльне» (бане). Роды у царицы принимали повивальная бабка и «немногие жены». Как только рождался младенец, об этом сообщали отцу-царю. Он посылал за духовником, протопопом кремлевского Благовещенского собора, который читал молитву в присутствии матери, ребенка и всех принимавших роды. Затем духовник «нарекал» дитя именем, которое давалось в честь святого или святой, чей день церковью отмечался через восемь дней после рождения. После в «мыльню» входил сам царь и осматривал дитя. О своей радости государь сообщал патриарху, который начинал службу в кремлевском Успенском соборе, и по всем московским церквам и монастырям, как только доходили известия о прибавлении в царском семействе, проводились соответствующие службы. При этом раздавалась милостыня «нищим и убогим». Сам царь посещал московские монастыри, «кормил» монахов и раздавал им деньги. По такому радостному случаю милостыней оделялись и тюрьмы, и богадельни, а из тюрем освобождали «сидельцев», кроме тех, которые находились «по самым великим делам».

В день рождения царь устраивал «родинный стол» в кремлевских палатах. На торжество приглашались патриарх, высшие церковные иерархи, бояре, окольничие и духовенство кремлевских соборов. Дворянам низших чинов, стрельцам и выборным горожанам в Москве также устраиваюсь угощение. Причем в разные города посылатись специальные гонцы с известием о событии. Тех гонцов положено было обильно угощать и одаривать богатыми подарками. Если же потом гонцы жаловались, что их принимали и одаривали «скудно», то царь мог разгневаться и обвинить местные власти в том, что они не рады рождению в его семье ребенка, а это могло уже иметь самые серьезные последствия. Через несколько дней совершался обряд крещения. Крестным отцом обычно бывал старец одного из первых монастырей (Троице-Сергиева, Чудова и т. д.), а крестной матерью — царевна. За «крестинный стол» приглашались те же, кто присутствовал и за «родинным столом». Приглашенные дарили маленькой царевне многочисленные подарки. Угощение так же, как и в день рождения, предусматривалось для служилых людей и выборных горожан Москвы. Следует заметить, что рождение и крещение не первенца, а очередной царевны происходили менее пышно и торжественно. Так, за «родинные» и «крестинные» столы приглашался ограниченный круг лиц.