В декабре 1917 года он участвовал в подавлении мятежа юнкеров, о котором ныне напоминает иркутская улица Декабрьских событий, а вскоре возглавил Чрезвычайную комиссию, при одном упоминании которой у противников диктатуры пролетариата прерывалось дыхание. Дальше он поднимался по ступеням революции – член Центросибири, председатель контрразведки при Иркутском военно-революционном комитете, комиссар Сибирского верховного командования и начальник штаба Прибайкальского фронта. Казалось, ни одна военная организация Советов не могла без него обойтись.

Если в Прибайкалье укрепилась советская власть, то в Приамурье только разгоралась партизанская война против японских оккупантов и белогвардейских частей. Значит, его место там – и профессиональный революционер прибыл в Благовещенск, где создал подпольную разведывательную сеть. Он занимал ключевые должности председателя Амурского ревкома и секретаря Амурского обкома ВКП(б). На Амуре создавалась и крепла партизанская армия, в начале 1920 года разгромившая контрреволюцию вместе с японскими войсками. В Благовещенске была провозглашена Амурская советская республика.

В феврале 1921 года Трилиссер представлял дальневосточную партийную организацию на X съезде ВКП(б), где круг его неутомимой деятельности нежданно-негаданно был расширен до международного масштаба. Феликс Дзержинский предписал сибирскому делегату организацию системы советской внешней разведки. С марта 1922 года Трилиссер – начальник Иностранного отдела ВЧК. Для молодого и уже опытного разведчика начался новый и большой жизненный этап. Легальные сотрудники закордонной разведки внедрялись во все посольства, консульства и зарубежные торговые агентства. Помимо них создавалась нелегальная сеть контрразведки. Трилиссер сам посещал европейские столицы, налаживая работу резидентур.

Под его руководством внешняя разведка органов государственной безопасности достигла впечатляющих результатов. Знаменитая операция «Трест», направленная против эмигрантского белого движения и иностранных разведок, продолжалась пять лет; по её событиям в 1967 году был снят многосерийный приключенческий фильм, а реальные материалы блестяще проведённой операции стали учебным пособием для разведслужб ряда стран. Китайские резиденты добывали сверхсекретную переписку высшего руководства и императора Японии, что позволяло выявлять их политику на азиатском континенте.

В 1926 году Трилиссер был назначен заместителем начальника ОГПУ и уполномоченным представителем при Совнаркоме СССР с сохранением за ним обязанностей по руководству внешней разведкой. Казалось бы, служебная перспектива Трилиссера выглядела ясной и надёжной, но ведь пути Господни неисповедимы. В 1929 году он вступил в открытое противостояние с Генрихом Ягодой, обвинив его в тяготении к правым. Нарком НКВД, в свою очередь, через партийные органы добился отстранения своего главного конкурента от руководства внешней разведкой. Трилиссеру было указано на нарушение партийной дисциплины и подрыв авторитета ЦК ВКП(б). В условиях развернувшейся борьбы с троцкизмом, в ходе которой требовались новые жертвы, участь опального контрразведчика была предрешена.

К тому же Трилиссера угораздило в 1934 году оказаться делегатом XVII съезда ВКП(б), объявленного советскими историками съездом победителей, а на деле ставшего съездом расстрелянных. XVII съезд известен ещё и тем, что при формировании состава ЦК партии Сталин получил сотни голосов «против», которые были исключены из протокола счётной комиссии, а после съезда его делегаты стали массово исчезать с лица земли. Из ста тридцати девяти человек избранного состава ЦК ВКП(б) сто один были расстреляны, а из шестидесяти трёх членов счётной комиссии ликвидированы все. В ноябре 1938 года Трилиссер был арестован и препровождён в Сухановскую особорежимную тюрьму для наиболее опасных политических преступников.

Узнику НКВД инкриминировалась связь с «врагом народа» Г. Ягодой, тем самым, с которым у Трилиссера сложилась непримиримая личная вражда; он также обвинялся в насаждении в ряды Коминтерна троцкистов и шпионов. Первого февраля 1940 года Михаил Трилиссер был приговорён к расстрелу за измену родине и тем же днём, вернее в ночь на второе февраля, расстрелян. В ту роковую ночь вместе с ним трагическую участь разделили писатель Михаил Кольцов, режиссёр-новатор Всеволод Мейерхольд и другие жертвы политического произвола.

Приговор был приведён в исполнение на полигоне «Коммунарка», под который была переоборудована конфискованная дача народного комиссара НКВД Г. Ягоды, расстрелянного и погребённого здесь же, в «родной земле». Здесь революция пожирала своих детей. Под землёй «Коммунарки» покоятся останки членов и кандидатов в члены Политбюро ВКП(б), первых секретарей ЦК семи союзных республик, членов ЦИК, Совнаркома и многих секретарей обкомов партии большевиков. Из известных и звонких фамилий – здесь провели последние часы жизни теоретик и, по выражению Ленина, любимец партии Бухарин, видные государственные и партийные деятели, секретари ЦК ВКП(б) Бубнов, Рудзутак, Крестинский, председатель Совнаркома Рыков, один из организаторов внешней разведки и военной промышленности Берзин. Здесь нашли последнее пристанище крупные учёные, видные деятели культуры и сотни священнослужителей – всего более десяти тысяч особо отличившихся личностей. «Коммунарка» – элитное местечко погребения, ставшее последней привилегией для выдающихся деятелей государства и Красной армии.

Михаил Трилиссер – жертва системы, созданию которой он посвятил всю свою волю, незаурядные способности и жизнь – пятьдесят пять прожитых лет, из которых тридцать семь отдано делу переустройства мира для блага людей. О чём думал он в последние часы, отведённые ему с момента оглашения приговора до его исполнения? Подполье, ссылки и каторга, контрразведка… Неужто тот судьбоносный шаг навстречу гибели был сделан ещё в юном возрасте, когда он в Одессе поступлению в университет предпочёл путь революционной борьбы, оказавшись чужим среди своих? Но мог ли он посвятить себя тихой жизни мещанина, если «не той бы улицей пошёл»? Нет, мирная жизнь обывателя была не для него, ведь «он, мятежный, просит бури, как будто в бурях есть покой».

Михаил Трилиссер реабилитирован в 1956 году. Его память увековечена в названиях улиц городов Иркутска и Астрахани.

1929 год Сталиным был назван годом великого перелома, положившего начало раскулачиванию, колхозному строительству, а вместе с ним – великому голоду. Накал политических страстей, сопровождающих передел крестьянской собственности, выплеснулся и на города. Эти процессы как бы дополняли один другой: деревня очищалась от кулаков, а институты и другие городские учреждения – от антинародных элементов.

В Воронежском медицинском институте собрания шли одно за другим. В числе первых кандидатов на изгнание из святилища знаний перед студентами, выступающими в роли «чистильщиков», отчитывался профессор Никифоровский, заведующий кафедрой физиологии. Лекции профессора были превосходно обставлены наглядными демонстрациями на лягушках и иных мелких тварях. Студенты таращили глаза на невероятные представления, устраиваемые учёным-зоологом, когда изолированное сердце перекачивало питательную жидкость из одного сосуда в другой. Но, как известно, политика сантиментам не пара, и пришёл черёд профессору изумляться студенческим претензиям к его манере поведения и преподавания науки о функциях и отправлениях организма. Никифоровскому предъявили упрёки в нервозности, насмешливости, политической невыдержанности, высмеивании властей и её отдельных носителей. Припомнили его странную привычку отвлекаться во время экзаменов на посторонние дела, например вставлять стёкла в разбитом окне или, что совершенно необъяснимо, передвигать с места на место мебель в кабинете, нервируя экзаменуемых студентов. Профессора принудили признать свои ошибки и «вычистили» из института. Позднее Никифоровский перевёлся в Саратовский университет и с большим трудом восстановился в звании.