Особое внимание царь уделял внешней экспансии. Уже предшественники Александра расшили свои владения далеко за пределы собственно Иудеи. Александр продолжал действовать в том же направлении. Одной из первоочередных его целей было укрепление на средиземноморском побережье, часть которого уже находилась в его руках. Но такими важными портами, как Дор и Стратонова башня, владел некий Зоил, а Птолемаида и Газа были практически независимыми городами.
Птолемаида и стала первым объектом нападения Александра. Город был осажден, и, не имея достаточных сил для сопротивления, его жители обратились за помощью к Птолемею Латиру, который к этому времени был изгнан из Египта собственной матерью Клеопатрой III и правил Кипром. Правда, через некоторое время жители Птолемаиды испугались чрезмерных амбиций Птолемея и отказались от его помощи, но это не помешало ему все же высадиться в Палестине. Птолемей заключил союз с Зоилом и Газой, и это вынудило Александра снять осаду. Тогда иудейский царь повел сложную дипломатическую игру, ведя переговоры одновременно и с Птолемеем Латиром, и с враждебной тому Клеопатрой. Игра сначала была успешной, и Александр сумел заключить чрезвычайно выгодный договор с Птолемеем, который обещал подчинить ему Зоила. Но затем, когда Птолемей узнал о двойной игре Александра, он не только разорвал только что заключенный договор, но и двинулся походом на Иудею, подойдя вплотную к Иордану и даже перейдя его. На левом берегу реки произошла жестокая битва, в которой иудеи потерпели поражение. И лишь вмешательство Клеопатры, которая заключила союз с Александром, спасла последнего от окончательного разгрома. Птолемей был вынужден вернуться на побережье, а после неудачной попытки вторгнуться в Египет и вовсе вернуться на Кипр. Александр тотчас воспользовался изменившейся ситуацией и вторгся в Келесирию, где захватил ряд городов, а затем осадил Газу. Осада продолжалась целый год. Жители Газы надеялись на помощь набатейского царя Ареты, ибо для него сохранение независимости Газы было чрезвычайно важно. Но Лисимах, ставший командиром наемников в Газе, предательски сдал город. Захват Александром Газы, как уже говорилось, нанес серьезный ущерб набатейской торговле и положил начало долгой борьбе Иудеи и Набатеи, шедшей с переменным успехом.
Долгие и упорные войны, в которых царь далеко не выходил победителем, требовали от Иудеи серьезного напряжения сил. Это вызывало возмущение рядовых слоев населения. Их идеологическими руководителями стали фарисеи, не так давно оформившаяся религиозно-политическая группировка, оказывавшая большое влияние на внутриполитическую ситуацию в Иудее вплоть до 70-х гг. I в. уже новой эры, когда самого Иудейского царства давно не существовало.
Фарисеи были наследниками изоляционистов и "благочестивых" (хасидеев), которые активно поддержали Маккавеев в их борьбе против "эллинистов" и Селевкидов. Возможно, что активную поддержку Маккавеям оказали и особо консервативные круги иудейского населения, которые держались за строгое соблюдение каждой буквы Писания, в том числе речений пророков. Назначение Ионатана первосвященником, о чем говорилось выше, поставило перед многими иудейскими ортодоксами серьезную проблему. До сих пор, со времен Давида и Соломона, эта должность переходила по наследству внутри рода Цадокидов. И даже если наследственный принцип почему-либо нарушался, назначение не выходило за пределы этого рода. Теперь же пост первосвященника занял человек, не принадлежавший к Цадокидам и, может быть, даже не потомок Аарона. Во всяком случае, авторы Книг Маккавеев, весьма доброжелательно относившиеся к Маккавеям и всей семье Хасмонеев, об этом умалчивают. И ультраконсервативная группа иудеев решительно порвала с новой властью. Может быть, во главе ее встал кто-то из Цадокидов. Эта группа восприняла совершившийся политический акт как измену самим основам иудейской религии и, не имея возможности защищать свои взгляды в городах и деревнях Иудеи, порвала связи с иудейским обществом и создала свои общины в пустынных и ранее не заселенных частях страны, в том числе около Мертвого моря, положив начало движению ессеев, или эссенов, и их общинам, в том числе Кумранской, хотя само поселение в Кумране могло быть основано и несколько позже (Murphy-O’Konnor, 1977, 114–123; Амусин, 1983, 19, 186–201).
Фарисеев, в отличие от ессеев, само по себе получение поста первосвященника Ионатаном не смутило. Они продолжали поддерживать и его, и его брата. Однако с обретением фактической независимости Иудеи ее правители все больше превращались из духовных руководителей в светских владык. Возникает новый правящий слой, состоящий из Хасмонеев и их родственников и других сравнительно немногочисленных фамилий, группировавшихся вокруг новой династии и монополизировавших военное и гражданское управление в стране (Stem, М., 1981, 289). Политическая структура Иудеи все больше напоминала структуру эллинистических государств этого времени. Политические соображения диктовали и внутреннюю, и внешнюю политику, далеко не всегда соответствовавшую библейским нормам, в том числе и в контактах с другими народами. И уже при Иоанне Гиркане, сыне Симона (и соответственно племяннике Иуды и Ионатана), возникла фарисейская оппозиция. А когда его сын Аристобул принял царский титул, она стала враждебной, ибо сосредоточение в одних руках постов царя и первосвященника резко противоречило библейским установлениям. Следует также учесть, что к этому времени в народной памяти фигуры Давида и Соломона стали образцами идеальных монархов, а их государство — царством справедливости, так что и земным правителем нового Израиля, и будущим Спасителем, Мессией, мог быть только представитель рода Давидидов. Аристобул правил всего год, так что враждебность фарисеев новому режиму еще не успела проявиться открыто. Но в царствование Александра Йанная эта враждебность выразилась в острой борьбе, доходившей до настоящей гражданской войны.
Фарисеи представляли интересы низшего и среднего жречества, законоучителей, писцов и мудрецов, и их взгляды пользовались широкой поддержкой основных масс иудейского населения. Его высшие слои, в том числе жреческая аристократия, активно поддерживали саддукеев. Эта группировка, в свою очередь, сплотилась вокруг новой царской династии. Само ее название, вероятнее всего, происходит от имени Цадока (Stem, М., 1981, 292), и этим они, по-видимому, подчеркивали законность Хасмонеев и преемственность их власти от времен первых Давидидов.
Все эти группировки были прежде всего религиозными и отличались друг от друга не только отношением к Учению и его устному толкованию, но и трактовкой многих библейских установлений, как, например, бессмертие души и посмертное воздаяние. Но все они существовали в рамках иудейской религии и принимали ее основные положения: последовательный и бескомпромиссный монотеизм, мессианство, богоизбранность Израиля, основанную на его договоре с Богом. Эти особенности иудейской религии вели к тому, что каждая группировка рассматривала свои взгляды как абсолютную истину, а все другие — как величайший грех, компромисс с которым невозможен. В результате религиозное движение неминуемо становилось политическим (а политическое — религиозным). Если ессеи вообще порвали связи с официальным иудейством и, уйдя в пустыню, объявили себя общиной, заключившей новый договор, Новый Завет, с Богом, и практически устранились от политической жизни, то фарисеи и саддукеи участвовали в ней довольно активно. Саддукеи поддержали Александра Йанная, в то время как фарисеи открыто выступили против него.
Мощное восстание, возглавляемое фарисеями, вспыхнуло в Иерусалиме. С помощью наемных войск, состоявших в основном из жителей Малой Азии, царь сумел подавить его, но после нового поражения Александра, на этот раз от арабов, мятеж вспыхнул с удвоенной силой. В боях с царскими наемниками погибло 6000 человек, но подавить восстание Александр так и не смог. Борьба перекинулась на остальную часть страны. Началась настоящая гражданская война, продолжавшаяся шесть лет, с 90 до 84 г. до н. э. (Амусин, 1979, 162). Не имея достаточных сил, чтобы справиться с царскими войсками, повстанцы обратились за помощью к одному из последних Селевкидов — Деметрию III, на какое-то время утвердившемуся в Сирии. Его армия вторглась в Палестину, и Александр, потерпев поражение, бежал в горы. Победа фарисеев была полной. Но вскоре положение изменилось. Армия Деметрия ушла в Сирию, а вокруг Александра собрались его сторонники, и он со своим новым войском обрушился на иудеев. Оставшиеся без поддержки Деметрия противники Александра были разбиты. Гражданская война закончилась победой Александра Йанная, но он был вынужден отдать Деметрию все свои заиорданские и аравийские владения.