Упорядочивая положение в Сирии, Цезарь на пути из Александрии в Малую Азию назначил правителем провинции своего родственника Секста Юлия Цезаря (Bel. Alex., 66), который уже доказал свою преданность в войнах с помпеянцами в Испании. Перед Секстом Цезарем стояли трудные проблемы. В Иудее все еще продолжались распри между представителями правящей элиты. Антипатр, стремясь упрочить власть свою и своей семьи, назначил своих сыновей Фацаэла и Ирода (Герода) наместниками, первою — в самом Иерусалиме и его округе, а второго — в Галилее, беря, таким образом, под контроль самые важные районы Иудейского государства. Такое усиление этой семьи, которая, к тому же, по происхождению была не иудейской, а идумейской, вызвало недовольство значительной группы иудейской аристократии, нашедшее отклик среди народа. Дело дошло до попытки суда над Иродом, но тот заручился поддержкой Секста Цезаря и сумел суда избежать. Более того, Секст поручил Ироду и контроль над Келесирией (Ios. Ant. Iud., XIV, 9, 2–5; Bel. Iud., 1, 10, 1–2). Поддерживая и возвышая Антипатра и его сына, римский наместник стремился не только сохранить относительную стабильность у южных границ провинции, но и закрепить там власть группировки, которая доказала свою преданность.
А в самой провинции все еще были сильны круги, связанные в свое время с Помпеем и его "партией". Этим воспользовался некий Кв. Цецилий Басс и поднял восстание против Цезаря. Секст Цезарь был убит, а ею воины перешли к Бассу. Некоторые города оказали Бассу сопротивление, но значительная часть Сирии его поддержала, к тому же на помощь ему пришли окрестные племена и клиентские царьки, которые, видимо, хотели использовать ситуацию для возвращения своей независимости. Сменивший Секста Цезаря Г. Антистий Вет пытался подавить восстание и осадил Басса в Апамее. Но Бассу на помощь пришли парфяне, решившие на этот раз воспользоваться смутами в римской провинции и захватить ее. Парфянские цари всегда лелеяли надежду на восстановление державы Ахеменидов в ее прежних размерах (Ghirshman, 1972, 161). Парфянская армия во главе с царевичем Пакором была готова к действию, и под угрозой войны с превосходящими силами Пакора Вет был вынужден снять осаду. Тогда Цезарь направил против восставших три легиона под командованием Л. Стация Мурка, а поскольку тот не сумел подавить восстание, на помощь ему был послан наместник Вифинии Кв. Марций Крисп еще с тремя легионами. Басс был снова осажден в Апамее, но упорно сопротивлялся, так что взять город цезарианцы не смогли.
Пока в Иудее интриговали друг против друга иудейские аристократы и семья Антипатра, а в Сирии бушевало восстание Басса, в Риме произошли очень важные события. 15 марта 44 г. до н. э. был убит Цезарь. Заговорщики явно рассчитывали использовать войска Басса для борьбы с цезарианцами. Сам Басс, в свою очередь, тоже стремился войти в контакт с оставшимися в Риме противниками Цезаря и даже рассчитывал на под держку римских легионов, стоявших в Александрии. Но обстоятельства обернулись против него. Консул 44 г. до н. э. II Корнелий Долабелла, зять Цицерона и ранее активный сторонник Помпея, после некоторых колебаний все же остался на стороне цезарианцев и затем направился в Азию для борьбы с республиканцами. Но еще до этого сенат, враждебно относившийся к ставшему фактически преемником Цезаря Марку Антонию, приказал сирийским войскам повиноваться Кассию, вместе с Брутом возглавившему заговор против Цезаря. Кассий прибыл в Сирию и принял там общее командование над войсками и Басса, и Мурка, и Криспа. Правда, Басс сначала отказался передав свой легион Кассию, но сами воины заставили его сделать это. При этом он выдвинул условия, на которых согласился передать командование римскому полководцу. Повсюду Кассий ставил во главе городов своих ставленников, передавая им всю полноту власти. Он использовал Сирию для подготовки решительной схватки с цезарианцами, для чего изыскивал деньги, и это ложилось невыносимой тяжестью на местное население. Когда Долабелла с некоторым опозданием прибыл в Сирию, его положение оказалось очень трудным. Силы явно были неравны. Все крупнейшие города находились под властью Кассия. Найти приют Долабелла смог только в Лаодикее. Этот город был тесно связан с Египтом (Strabo, XVI, 2, 9), который тогда поддерживал цезарианцев, и это определило симпатии лаодикейцев (Honigman, 1932, 1626). В таких обстоятельствах долго сопротивляться Долабелла не мог. Его флот был разгромлен. Сам он был осажден в Лаодикее, где вскоре начался голод, и когда город был взят Кассием, Долабелла приказал воину убить себя. Вся Сирия, таким образом, оказалась во власти республиканцев (Cic. ad fam., XI, 1, 4; XII, 11, 1; 12, 3; 13, 4; 18, 1; ad Att., XIV, 9, 3; XV, 13, 4; Strabo, XVI, 2, 9-10; App. Bel. civ., III, 77–78; IV, 57–62). Однако вскоре Кассий с основной частью своего войска был вынужден покинуть Сирию и двинуться на соединение с Брутом. И оба они в 42 г. до н. э. потерпели поражение и погибли.
Покидая Сирию, Кассий оставил там один легион под командованием своего племянника. Но этих сил было явно недостаточно для противодействия парфянам. Еще до своего ухода из Сирии Кассий пытался договориться с парфянским царем Ородом и о союзе, может быть, на тех же условиях, какие Ород в свое время предлагал Помпею, т. е. уступки парфянам Сирии. Ород с удовольствием принял предложение Кассия. Армия во главе с Пакором вторглась в Сирию и Палестину, но смерть царевича не дала парфянам возможности извлечь пользу из своих побед (Ghirshman, 1972, 161).
Тем временем расстановка сил после гибели Брута и Кассия радикально изменилась. Вся власть в азиатских провинциях Римской республики (и в клиентских государствах Востока) перешла к Марку Антонию, и тот начал творить суд и расправу. В Сирии он сместил ставленников Кассия, а на саму провинцию и клиентские царства наложил тяжелую подать (Ар. Bel. civ. V, 7). Вмешался он и в иудейские дела. Правящую элиту этого государства по-прежнему раздирали жестокие интриги. Антипатр был отравлен заговорщиками, но это им не помогло, ибо его сыновья Ирод и Фацаэл, сохранив свое положение, теперь получили удобный повод для почти открытой борьбы со своими врагами. Обе группировки искали поддержки у Антония, а тот склонился на сторону Ирода и ею брата, причем не последнюю роль в этом сыграла вульгарная взятка (Ios. Ant. Iud., XIV, 12, 2; 13, 1–2; Bel. Iud., 1, 12, 5–7). Ирод еще больше упрочил свое положение, обручившись с Мариаммой (Мириам), дочерью Аристобула и Александры, дочери Гиркана (Ios. Ant Iud. XIV, 13, 7; Bel. Iud. I, 12, 3). Этим поступком он ясно выразил свои претензии не только на власть, но и на примирение под своей властью соперничавших аристократических клик.
Упорядочив дела в провинции и клиентских государствах, Антоний отбыл в Александрию. Его отъездом немедленно воспользовались парфяне. Под предлогом выполнения договора с Кассием парфянское войско во главе с тем же царевичем Пакором вторглось в Сирию. Вместе с парфянами в военных действиях участвовали и римские эмигранты во главе с Кв. Лабиеном. Примкнули к парфянам и местные правители Сирии, недовольные мероприятиями Антония. Еще до своею ухода из Сирии Антоний пытался разграбить Пальмиру, бывшую важным центром на караванном пути между Сирией и Месопотамией. Грабеж ему не удался, но это не увеличило симпатий к римскому полководцу. С частью войск, по-видимому, состоявших в основном из эмигрантов, Лабиен двинулся в Малую Азию, где его армия была разбита, а он сам погиб (Vel. Pat., II, 78, 1; Арр. Bel. civ., V, 9, 10; Cas. Dio, XLVIII, 40). Парфяне между тем почти полностью захватили Сирию, и только Тир оказал им сопротивление.
После захвата Сирии парфяне вторглись в Палестину. Решительно вмешавшись в иудейские дела, они поддержали третью сторону, участвовавшую во внутренних волнениях — Антигона, который уже давно и безуспешно претендовал на власть в Иудее. С помощью парфян Антигон сверг Гиркана. Гиркан был уведен в Месопотамию, Фацаэл, попав в плен, покончил самоубийством, а Ирод через Аравию и Египет бежал в Рим. Там в это время находились и Антоний, и Октавиан. Оба соперника временно примирились, но втайне были готовы начать войну друг с другом. И оба намеревались заручиться поддержкой Ирода. По их инициативе сенат признал Ирода царем Иудеи, восстановив там монархию, но официально под римским покровительством. Опираясь на римскую помощь, Ирод после нескольких лет ожесточенной войны взял Иерусалим. Еще во время войны он торжественно вступил в брак с Мариаммой. На иудейском троне утвердилась новая династия — Иродиады (Ios. Ant. Iud., XIV, 13, 3-16, 2; Bel. Iud., 1, 13, 1 -18, 2).