С принятием монашеского пострига, священного сана и назначением преподавателем семинарии иеромонах Фаддей усугубил подвиги, и в особенности поста. Что еще он мог сделать и как потрудиться, чтобы возгореться еще большей ревностью на пути нравственного совершенствования и подвига любви к своим питомцам? – на них он смотрел как на врученных ему Богом, а на преподавание – как на святое, данное ему Богом послушание. Этот его подвиг поначалу не встретил ни уважения, ни сочувствия со стороны его коллег-преподавателей. На ревностного труженика посыпались оскорбления, тем более неудержимо злобные, что сталкивались они с кротостью и даже безответностью подвижника. Ни одного слова ропота или осуждения не сошло с его уст. Он уже избрал свой идеал служения Богу – монашество, пастырство и учительство и его держался твердо, вопреки всем искушениям.

Иеромонах Фаддей писал тогда, что пастырь «должен быть готов не только с любовью встречать тех, кто охотно идет на его зов, но и иметь мужество встретить времена, когда, по слову Христову, поражен будет пастырь, и рассеются овцы стада (Мф. 26: 31), когда сердце самого пастыря будет терзаться от уныния и скорби, а овцы стада, невзирая на это и как бы не чувствуя близости своей погибели, всё более и более рассеиваются по путям погибели, с которых хочет возвратить их пастырь. Он должен быть превыше обычных немощей, свойственных людям, дабы не иметь нужды „по вся дни… прежде о своих гресех жертвы приносити, потом же о людских“ (Евр. 7: 27), дабы легка была его молитва, возносимая за грехи людские. Далеко должно быть от него всякое тщеславие и памятование обид, дабы кротостью его с большим удобством было побеждаемо упорство непослушных. Он должен иметь такую веру, чтобы, видя совершенное бессилие своего слова, возложить упование на всесильную благодать, которая и наиболее огрубевшие души смягчает, отверзая для восприятия слова пастыря даже сердца людей, желавших „искусить беззлобство его“ (Прем. 2: 19)».

Ректору семинарии, архимандриту Тихону, не нравилась та ревность, с какой совершал иеромонах Фаддей свое служение в Минске, она невольно обличала его и некоторых других с ним солидарных, – и 27 июля 1900 года иеромонаха Фаддея с понижением в должности перевели преподавателем основного, догматического и нравственного богословия в Уфимскую духовную семинарию, куда его с радостью принял епископ Антоний (Храповицкий), назначенный 14 июля 1900 года правящим архиереем Уфимской епархии и, по-видимому, со своей стороны предпринявший усилия, чтобы избавить иеромонаха Фаддея от «минских» искушений.

На новом месте служения в Уфе, вспоминая все те насмешки и унижения, которые ему пришлось пережить в Минске, и тот бесценный опыт, который благодаря им он приобрел, иеромонах Фаддей лишь укрепился в своей решимости при всех тесных обстоятельствах оставаться прежде всего учеником Христовым. Он писал: «Чтобы приобрести истинную любовь, человек постоянно должен быть готовым встретить неприятности и ненависть со стороны людей, которым он желает добра. И это есть для него то крещение огненное, которым он должен креститься! Только испив сию чашу и приняв такое крещение, он приобретет истинную любовь к людям. Тогда он научится искать во всем не того, что ему самому приятно, а того, к чему побуждает его любовь к другим людям. И как каждый человек всеми силами порывается сделать что-либо доброе и приятное тому, кого он любит, так должен он стараться расположить себя и в отношении ко всем».

С 1901 года по 8 января 1903 года иеромонах Фаддей состоял членом Уфимского епархиального училищного совета; с 13 июня по 15 июля 1901 года он преподавал учительницам церковно-приходских школ общую дидактику и методику Закона Божия и церковнославянский язык на летних учительских курсах.

Открывая курсы, иеромонах Фаддей сказал: «Озирая лицо земли Русской, со скорбью мы видим, что из высших, иногда лишь по имени только, интеллигентных классов общества волна разнузданности мысли и воли всё более идет в народ и грозит опустошить любимое достояние его – веру Христову. Еще по преданию и привычке он крепко держится этой веры, но холод страстей может корень и его жизни погубить, сделав его маложизненным, как подточен он уже сомнениями в большей части так называемого интеллигентного общества. И может случиться с ним то же, что с одной из древних христианских церквей: „ты носишь имя, будто жив, но ты мертв“ (Апок. 3: 1). Не за то ли постигают его и постоянные бедствия: то голод, то засуха, то град, то землетрясения, что он оставляет веру отцов и не держится ее всем сердцем. Не оттого ли высшие классы общества озираются в недоумении, где найти исход из современного печального порядка вещей, и нигде не видят помощи человеческой, ибо бессильной оказывается эта помощь там, где необходима высшая помощь Божественная…

И вот ныне все мы, призванные быть просветителями народа, что должны положить в основание этого просвещения, как не веру Христову?.. Сохраним в себе этот свет Христова учения, глубоко внедренный в сердца наши еще при самом вступлении в мир сей, и взыщем его как драгоценное сокровище, ради которого мы готовы были бы оставить всё, лишь бы его приобрести прежде всего! И весь разнородный материал просвещения, из которого духовно созидается человек, постараемся приспособить к единой высшей цели человеческого существования! Цель же сия – приготовить в душе каждого внутреннюю храмину для обитания Христа, Который бы был светом вечным и истинным, просвещающим „всякого человека грядущего в мир!“ (Ин. 1: 9)».

Основывая свое видение окружающего на Священном Писании, педагог-подвижник не мог не замечать глубокого нравственного неблагополучия в обществе, грозящего всем большими бедствиями. «Но если исполнились слова Господа об Израиле, то должны исполниться и о нас, – писал иеромонах Фаддей. – Мы один из тех народов, которому отдано Царствие Божие, вместо Израиля, дабы принести плоды в назначенное время. Уже девять веков прошло с того времени, когда русский народ призван к деланию в винограднике Царствия Христова. С тех пор он возрос в мужа силы. Обладая богатыми духовными дарованиями, он превзошел другие народы: обессилевшими и умаленными являются они пред этим народом, далеко распространившим свои пределы в Европе и Азии и занявшим шестую часть всей земли. Велико должно быть и назначение такого народа для Царствия Божия. <…> Но вот уже издавна начались и продолжают совершаться в жизни этого великого и прекрасного народа болезненные расстройства и потрясения. Они всё более сильно и глубоко начинают колебать те основы, на которых зиждется прочное здание, им воздвигнутое. Всё более усиливается неверие во Христа, бывшего от начала истинным краеугольным Камнем этого здания. <…> Быть может, некогда и в России произойдет столь же общее отступление от Бога, какое наблюдается во многих странах Запада, и тогда настанет конец тем более ужасный, чем более вверено было нашему великому народу. Хотелось бы всем нам, любящим Россию, воскликнуть: „да не будет!“».

Видение этого ужасного конца не приводило иеромонаха Фаддея в состояние уныния. Он понимал, что таковы судьбы Божии, которых Господь не скрыл от любящих Его. Он писал: «Оставим тщетные надежды и мечты лжеименных мудрецов века сего о том, будто жизнь на земле никогда не может истощиться, но бесконечно будет обновляться, изменяться, развиваться и совершенствоваться. <…> Сохранившиеся в наше время скудные остатки веры разве немногих христиан побуждают еще жить по духу Богом внушенной любви, по которой только и могут быть отличены истинные последователи Христовы от прочих людей мира. <…> Однако в столь печальные времена, когда для Церкви Христовой как бы не будет уже места на земле по причине гонений и притеснений её со стороны неверующих во Христа „сынов противления“ (Еф. 2: 2), должно ли приходить в смущение и уныние „малое стадо Христово“ (Лк. 12: 32)? О, нет!»