19 ноября 1898 года иеромонах Фаддей был назначен инспектором Минской духовной семинарии, 31 декабря – членом Минского епархиального училищного совета. В Минске ему часто приходилось проповедовать в Петропавловском кафедральном соборе и в других храмах. Зачастую его проповеди были не только толкованием Священного Писания, но и изложением личного духовного опыта. «С каждым из нас бывают минуты духовного просветления, когда мы начинаем сознавать и сожалеть о том, что ведем жизнь недостойную христианского звания, забыли и уклонились от заповедей Христовых, – сказал иеромонах Фаддей в слове в кафедральном соборе. – Вот в эти-то минуты, когда мы сознаем всю опасность для нашей души греха, мы и бываем более всего способны понимать и чувствовать сердцем радость спасения. Мы знаем, что и сделавшись близки к духовной погибели, мы имеем Спасителя. Поэтому после скорбных покаянных чувств душу нашу исполняет тихая радость, и в успокоенной совести снова водворяется мир. <…>

В детстве мы испытывали большую радость потому, что сама детская природа более чувствительна. Теперь же недостаток природных добрых чувств и расположений мы должны восполнить сами, собственным трудом и усилиями. Мысль наша прикована лишь к земному и неспособна долго сосредоточиться на размышлении о духовных предметах. Поэтому мы должны употребить усилия, чтобы возвращать свою мысль, чтобы она не блуждала праздно и была занята всегда чем-либо достойным размышления. Это кажется для нас трудным и даже невозможным, но иного пути нет; желающим же вступить на этот путь явится на помощь благодать Божия».

14 апреля 1899 года иеромонах Фаддей писал ректору Московской духовной академии епископу Арсению (Стадницкому): «Христос Воскресе! Ваше Преосвященство и отец ректор. Хотя вообще при теперешних обстоятельствах я не могу так же деятельно интересоваться жизнью академии, как прежде, тем не менее в этот праздник неудобным кажется предаваться лени. Побуждают к этому разные связи (духовные, умственные, нравственные…), которые за недавностью не могли порваться. Конечно, я теперь не человек, стремящийся к высокой науке прежде всего, так как административная деятельность доселе очень мало представляет к тому благоприятных условий. А переставши быть таким, менее волнуюсь и событиями в высшем центре богословской науки. Впрочем, думается, что интересы научные сократились не по умственной лени, а потому, что более и нельзя заниматься на этой должности, чем занимаюсь. Конечно, не извиняю себя совершенно относительно лености. Здесь по необходимости приходится заниматься не ради науки самой в себе, но применяясь к силам начинающих вступать в нее.

По инспекторской должности немало труда с дежурствами, немало душевных страданий вследствие необходимости налагать разного рода наказания. Но есть и нечто отрадное все-таки: мне приходится входить в близкие отношения к воспитанникам, потому что они по здешним порядкам – и в дни дежурств, и в другие должны являться и обращаться к инспектору довольно часто. Конечно, это подчас препятствует предаваться спокойствию (к ревнителям его я, впрочем, доселе не принадлежал…) и даже приходится лишаться отдыха в надлежащей мере. Но зато есть повод и возможность расположить их к большему доверию, искренности и т. п.

В отношениях ко мне прочих из семинарской корпорации доселе неприятности какой-либо не замечалось. Приходилось по временам подвергаться выговорам со стороны отца ректора8, но это вообще пока не приводило к нарушению мира».

Во время празднования 7 июня дня Святого Духа в минском Свято-Духовом монастыре иеромонах Фаддей обратился к молящимся с проповедью: «Ибо как наши лучшие мысли и добрые чувства ослабевают и даже совершенно охладевают от невнимательности, когда мы даем новым впечатлениям вытеснять из души всё, что ранее было для нее наиболее дорого, так бывает и относительно действий благодати при нерадении к ним. Необходимо поэтому отрешаться от земных пристрастий и забот хотя на то краткое время, пока благодать действует в нашей душе. Иначе все лучшие всходы нашей духовной жизни будут безвременно погибать, а земные попечения, всё более и более овладевая душою, сделают ее наконец мертвою духовно, т. е. неспособной понимать духовную жизнь и к ней стремиться. Если же, ведя неослабно борьбу с дурными влечениями своей природы, мы будем внимать сокровенным действиям в душе Святого Духа, то Он более и более будет вселяться в нас, освящая все наши мысли, дела, расположения, пока не исполнится совершенно обетование Христово, что Он в нас пребывает и в нас будет» (Ин. 14: 17).

«Но как же, может явиться у нас вопрос, многие благочестивые люди живут и умирают в мире и неужели нельзя жить спокойно, оставаясь последователем Христа? – вопрошал и себя, и своих слушателей иеромонах Фаддей и отвечал словами апостола: – „Вси хотящии благочестно жити о Христе Иисусе гоними будут“ (2 Тим. 3: 12). Уже совокупность понятий, правил и обычаев мирских, противных жизни по Духу Христову, составляет источник мучений для последователя Христова. <…> Так и мы должны иметь в мыслях, что претерпеваем ненависть и гонение мира „за Возлюбившаго нас“ (Рим. 8: 37). В те дни, дни гонений, вспомним, что не напрасно мы терпим эту ненависть, но по любви к пострадавшему за нас Христу. И если страдаем ради Него, то увидим и радость».

Служба в Минске стала для иеромонаха Фаддея страдательным, но всё же относительно легким игом, так как сам он старался всецело опираться на разум Христов (1 Кор. 2: 16). «Чем более мы начинаем полагаться на собственный разум, не желая со смиренною верою предать свою жизнь водительству Божию, тем на более скользкие пути мы становимся, – говорил он на проповеди. – Чем ближе мы думаем видеть пред собою счастье, тем более встречаем лишь обманчивые призраки его, ибо Бог „гордым противится“ (Иак. 6: 6), – Он через неудачи смиряет нас, дабы мы познали, что не мы, а Он лишь может устроить наше счастье, ибо может ли наш разум предвидеть всё, что случится с нами в жизни, и можем ли мы поэтому сами устроить свое счастье? Ходя над пропастью и не замечая её, мы низринулись бы в нее, если бы Бог не преграждал нам иногда пути. – Напротив, смиренный видит во всем явственную помощь Божию. Не полагаясь на собственный разум, он, однако, имеет истинное знание о том, как поступать во всех обстоятельствах жизни. Он идет по пути жизни уверенно и необманчиво, так как, отказавшись от обольщений собственного разума, приобрел разум Божий. Путь жизни его светел и радостен, ибо, вверяя всю свою жизнь воле Божией, он знает, что если Бог и посылает неудачи в жизни, то для блага и силен всегда избавить от них, послать вместо них тем большее счастье».

В Минске сбылась заветная мечта иеромонаха Фаддея – стать учителем. С 21 июня по 3 августа 1899 года он преподавал Закон Божий и церковнославянский язык на временных педагогических курсах, организованных для учителей и учительниц церковно-приходских школ. С 19 июня по 31 июля 1900 года он преподавал методику по Закону Божию и церковнославянской грамоте и дидактике на временных педагогических курсах для учителей и учительниц церковно-приходских школ и школ грамоты Минской епархии. 19 апреля иеромонах Фаддей был награжден наперсным крестом. С 19 июня по 27 июля он исполнял должность ректора Минской духовной семинарии и председателя Минского епархиального училищного совета.

Он понимал, насколько тяжело жилось тогда преподавателям церковных школ, почти никем не поддерживаемым и имевшим большое число противников в лице преподавателей и администраций конкурирующих с ними государственных школ, проводящих линию исключительно светского, не имевшего отношения к христианству и его нравственной составляющей образования и в своей педагогической деятельности практически уже произведших отделение школы от Церкви. Иеромонах Фаддей всячески старался поддержать учителей церковных школ – подвижников на поприще христианского просвещения. «Но если даже одушевленная преданность своему делу по временам и охладевает в учителе, – говорил он им, – и в некоторые минуты его жизни неспособна поддержать его, то приходит на помощь размышление. Чувство само по себе непостоянно, подобно волнам то поднимающимся, то опускающимся, – беспристрастное размышление спокойно и делает безопасным от непрестанных волнений. В минуты упадка духа учитель может поддержать себя размышлением о всей высоте и важности своего служения».