Ставшее для иеромонаха Фаддея постоянным преподавание на курсах подвигло его написать для учителей церковно-приходских школ практическое пособие: «Записки по дидактике (общей и методике Закона Божия и славянского языка)», которое он опубликовал в 1902 году, чтобы каждый преподаватель мог им воспользоваться вне курсов. Эта книга стала основой преподавания в школе – в ней было заявлено определенно, что фундаментом обучения и подлинного просвещения является христианство, что любая форма воспитания и передачи знаний вне этого фундамента может человека развратить, убить его душу и сердце.
Преподавая на педагогических курсах учителям земских школ, иеромонах Фаддей внимательно присматривался к своим ученикам, призванным разносить знания по городам и весям России. Они могли бы оказать некоторое религиозное влияние на воспитание народа, так как земские школы понемногу замещали церковно-приходские, руководясь часто неверующими чиновниками. Печалило отца Фаддея и то, что учителя земских школ, не отрицая православной веры явно, сами на практике не исповедовали ее, не посещали богослужений даже в двунадесятые праздники, относясь к этому вполне легкомысленно, не видя в отсутствии в их жизни церковного, а значит и христианского начала ничего дурного.
Прощаясь с преподавателями земских школ при закрытии курсов, иеромонах Фаддей обратился к ним с назидательным словом. «Может быть, скажут многие в ответ, что взамен того приобрели они такие сокровища умственные, ради которых следует признать извинительным и стеснение религиозных требований духа? – с некоторой укоризной сказал он им. – В подобном-то ответе и сказывается неискоренимая привычка к тому иностранному, западноевропейскому порабощению свободной русской мысли и жизни, на которое столь давно еще начали указывать наши русские писатели. Доселе русский народ не чувствует потребности освободиться от нигилистического ига Запада, которое всё сильнее и сильнее ложится на высшие потребности духа, вытравливая в сердце его потребность веры в Бога и правды в жизни. Ибо какие приобретения ума могут заменить ту „душу живую“, которая столь необходима в деле обучения, особенно же воспитания? Пусть на уроках русского чтения дети постигнут всё совершающееся во внешней природе, строение растений, жизнь животных и так далее, – неужели к знанию этого более всего стремится их душа? Что сделается с нею, если, постигши всё это, она останется в неизвестности относительно величайших сторон собственной жизни и ее жизнь не приобщится к жизни „Лозы истинной“ (Ин. 15: 1), к которой она привилась бы, как одна из ветвей? Что будет с детской душой, когда взор ее будет всецело устремлен вне себя и не будет совсем различать совершающегося внутри?»
С иным по содержанию словом иеромонах Фаддей обратился к учителям церковно-приходских школ: «Ныне, в день вашего разъезда, должен сказать вам, возлюбленные братья, словами апостола, что проповедь наша к вам была не тщетна и вход наш к вам был не бездейственным (1 Кор. 15: 14; 1 Фес. 2: 1). Поистине пришлось нам видеть, что „проторжеся вода в пустыни и дебрь в земли жаждущей“ (Ис. 35: 6), призыв к жаждущим идти на воды (55: 1) нашел отклик в сердцах многих, если не всех вас. С каким усердием и охотою занимались вы всем, касающимся близкого вашему сердцу дела воспитания и обучения детей! Как много и безропотно переносили вы труды и как мало при этом дозволяли себе развлечений! С какою любовью и доверием относились вы к тем, кто призван был передать вам необходимые знания и наставления, хотя бы и сам он не чужд был многих недостатков! Пусть в ваших собственных занятиях с детьми не было заметно особенно какой-либо обработанности приемов преподавания и воспитания, но зато как заметна была в них душа живая! Пусть в вашем пении также было, может быть, немало недостатков, которые неприятны для изящного слуха, но зато какое одушевление слышалось в словах молитв, которые вы пели в церкви, или во время учебных занятий, или утром и вечером!»
Занятия, проведенные иеромонахом Фаддеем, оказали большое влияние на слушателей курсов; при их закрытии один из курсистов, обращаясь к нему, сказал: «Примите нашу посильную благодарность за то светлое нравственное влияние, которое Вы оказывали на всех нас во время пребывания нашего на курсах через Ваши полные христианской любви и правды поучения в храме, через Ваши чтения по общей дидактике, осветившие нам много в нашей учительской деятельности и научившие нас любить Христа и Его Святую Церковь, через Ваши образцовые уроки по славянскому языку, показавшие нам, как нужно вести преподавание последнего, чтобы оно оказывало действительно благотворное влияние на детскую душу, а не ограничивалось лишь механическою стороною дела, как это ведется в некоторых школах; наконец, через Ваше сердечное, простое обращение с нами, позволявшее нам откровенно беседовать с Вами и пользоваться Вашими добрыми советами.
Спасибо Вам и за драгоценный подарок – общую дидактику, составленную Вами для учителей церковно-приходских школ, которой мы и будем руководствоваться в нашей педагогической деятельности».
В Уфе иеромонах Фаддей закончил работу над диссертацией «Единство книги пророка Исаии», за которую ему была впоследствии присвоена степень магистра богословия и дана премия. Рецензенты писали о ней как об исследовании, отличавшемся обстоятельностью и полнотой, составившем ценный вклад в русскую богословскую науку. Для того чтобы состоялась защита диссертации, ее текст нужно было отдать в типографию для напечатания, а для этого требовалось около 500 рублей, что значительно превышало имеющиеся у иеромонаха Фаддея средства, и ему пришлось занять недостающую сумму у сослуживцев. По существовавшим на тот момент правилам, академия могла выдать готовившимся к защите денежное пособие, если они обратились за ним в период, не превышающий двух лет со дня подачи документов на соискание научной степени. Иеромонах Фаддей написал ректору академии епископу Арсению, чтобы тот походатайствовал о выдаче такого пособия. Епископ откликнулся на просьбу, и иеромонаху Фаддею были присланы из академии 347 рублей.
«Весьма благодарю Ваше Преосвященство за содействие в оказании мне этой денежной помощи. Она освободит меня от многих долгов, в которые пришлось впасть мне, благодаря печатанию сочинения, – писал он епископу Арсению. – Приехав в Уфу после магистерского коллоквиума, я по-прежнему принялся с ревностью за свое богословие. Хотя вообще мне приходится готовиться, и остается пока время для постороннего чтения, но зато присоединились трудности другого рода – нынешний год труднее заинтересовать воспитанников после того, как они в прошлом году уже испытали сладость и горечь моих речей. Шестой класс ленивее сделался, чем он был в прошлом году. Вообще же своим положением доволен и всецело занят своим здешним делом, которого весьма много».
27 августа 1901 года под председательством ректора Московской духовной академии епископа Волоколамского Арсения состоялось заседание Совета академии, посвященное защите диссертации иеромонаха Фаддея «Единство книги пророка Исаии» на соискание степени магистра богословия. Официальными оппонентами выступили экстраординарные профессора академии – по кафедре пастырского богословия и педагогики Александр Павлович Шостьин и по кафедре Священного Писания Ветхого Завета Василий Никанорович Мышцын.
Профессор Шостьин писал о работе иеромонаха Фаддея: «Печать серьезного и добросовестного изучения предмета лежит на всем труде отца Фаддея. Очень внимательно и всесторонне исследована самая книга Исаии, что особенно ценно; почти также тщательно изучена и обширная немецкая литература (не говорим о русской) по избранному вопросу. Язык отличается точностью и ясностью. Даже и в полемических частях он дышит тоном спокойствия и ученого беспристрастия». Совет академии единогласно признал эту работу заслуживающей присвоения ученой степени. 19 октября Святейший Синод утвердил иеромонаха Фаддея в степени магистра богословия.
Иеромонах Фаддей жил в то время, когда наука в глазах людей имела большой успех, за ней мыслилось едва ли не будущее всего человечества, на нее смотрели как на спасительницу и почти мессию. Он отлично понимал, что роль, которую приписывают люди науке, ей не соответствует и превращает ее в идола. Живя в Уфе, где в благоприятной духовной атмосфере с наибольшей полнотой стали раскрываться его способности, а сердце наполняться христианской любовью ко всем, иеромонах Фаддей в одной из проповедей сказал: «Посмотрите, говорят они, какие тайны природы открыла наука, какие победы над природой совершила, как усовершенствовала жизнь, – и это ли не свидетельствует о могуществе человеческого разума? И зачем после этого стеснять его непонятными и невосприемлемыми для него церковными догматами? Посмотрите, как проникла наука в тайны жизни, и не настанет ли скоро время, когда она не только успешно будет бороться с разными неизлечимыми болезнями, но даже с самой смертью? Зачем же говорят, что не может наука дать счастья человечеству, и зачем заставляют человека отказывать в требованиях своей природы, обещая какое-то невероятное блаженство в будущей жизни?