В промежутках между ремонтами и отчетами Александр Порфирьевич работал в лаборатории с утра до ночи — появились причины торопиться. Вернувшись осенью 1869 года в Петербург, Бородин просмотрел свежие номера «Бюллетеня Немецкого химического общества». К своему неудовольствию, он обнаружил там большую статью Кекуле «Продукты конденсации альдегидов», поступившую в Общество еще 12 июля (нового стиля). Август Кекуле был более чем серьезным конкурентом, в Боннском университете он параллельно вел несколько экспериментальных исследований и энергично занимался теоретическими вопросами, коих Бородин в принципе не касался. Вечером 3 октября было написано письмо Екатерине Сергеевне, знаменитое сообщением об игре «музикусам» «Сна Ярославны». Но автор, целый день проведший за экспериментом, начал с более важной темы: «У меня теперь весьма счастливый период лабораторной деятельности: идет все на лад. По этому самому я теперь в пассии лабораторных работ. Только чуть-чуть не случилось неприятного столкновения на химическом поле с Кекуле, который, в одной из своих работ, затронул ту область, в которой я работаю; правда, что он выходил из совершенно других начал и бил совершенно не на то, на что я, но все-таки, при дальнейшем ходе своих исследований, он легко мог напасть на те же идеи и преследовать те же цели, что и я. В предупреждение возможности столкновения, я вчера сообщил свою работу в заседании Химического общества, хотя работа была еще далеко не округлена. Все химикусы нашли ее, впрочем, крайне интересной и по фактической стороне, и по теоретическому развитию идей».
Сообщение, сделанное Бородиным 2 октября, называется «Продукты уплотнения альдегидов», иначе — «О действии высокой температуры на энантол и валеральдегид». Рассказать о своей работе в Русском химическом обществе было совершенно достаточно, чтобы о ней тут же узнали в Германии. Бюллетень Немецкого химического общества наряду с собственными материалами исправно печатал обзоры заседаний обществ Парижа, Петербурга, Лондона. В номере от 25 октября вышел очередной петербургский обзор Виктора Юльевича Рихтера (для немцев — Виктора фон Рихтера) с изложением сути доклада Бородина в одном абзаце.
«Столкновения» предупредить не удалось. 9 марта Александр Порфирьевич снова потревожил жившую в Москве супругу химическими проблемами: «В четверг я был у Бутлерова, откуда я прошел в Химическое общество, где узнал неприятную для меня вещь: Кекуле (в Бонне) упрекает меня в том, что я работу с валерьяновым альдегидом (которую делаю теперь) заимствовал от него (т. е. не самую работу с фактической стороны, а идею работы). Это он напечатал в Bericht’e Берлинского химич. общества. Такая выходка вынудила меня сделать тут же заявление об открытых мною фактах и показать, что я этими вопросами занимаюсь уже с 1865 года, а Кекуле наткнулся на них только в августе прошлого года. Вот она честность-то немецкая! Хотя наше Химич, общество и знало все это, но я счел нужным заявить, для того, чтобы это потом сообщено было, заведенным порядком, в Берлинское Общество».
Собственно, Кекуле 21 февраля 1870 года в большой статье «О конденсации альдегида» сказал о том, что в настоящее время всё чаще одно и то же явление изучают несколько ученых, и перечислил целый ряд имен, включая Михаила Дмитриевича Львова (ученика Бутлерова). Бородина он упомянул через запятую с трудившимся на той же ниве парижанином Жозефом Рибаном. Ответ Александра Порфирьевича на заседании РХО в передаче Рихтера не содержал ничего полемического и начинался так: «Г. Бородин поделился наблюдениями над конденсацией валеральдегида…» Имя Кекуле не звучало. Бородин просто обозначил: да, он с такого-то времени работает на той же территории и пришел к таким-то результатам. Недели через три Екатерина Сергеевна прочла в письме мужа: «С Кекуле я порешил — не отвечать, а просто продолжать работу, а то он подумает, что я в самом деле испугался его заявления. Когда же работа будет кончена, я сделаю вскользь заметку и о Кекуле, мимоходом, это гораздо более с тактом». Заметки этой так и не появилось.
Кекуле продолжал исследования и в течение нескольких месяцев напечатал в Бюллетене еще две статьи — Бородин с середины февраля до конца апреля 1870 года вынужденно позабыл о «пассии».
25-летний великий князь Николай Максимилианович, 4-й герцог Лейхтенбергский, увлекался минералогией, уже четыре года как возглавлял Российское минералогическое общество и вот пожелал заняться химическим анализом почв и горных пород. Зинин из каких-то соображений присоветовал герцогу воспользоваться лабораторией Бородина, и началось… Ежедневно с 9.00 до 14.00 Александр Порфирьевич почти неотлучно состоял при госте, ассистировал, делал вычисления, а после подыскивал для него научную литературу. Личность герцога не вызывала неприятных эмоций: «Мы с ним очень сошлись. Это такой милый, такой симпатичный молодой человек, и притом джентльмен до конца ногтей. Как с ним ни деликатничай, как ни будь любезен — все останешься у него в долгу. При всем этом он прост и естествен в высшей степени, умница, весьма начитан и относится к науке серьезно». Но собственные исследования пришлось отложить в сторону, черпая слабое утешение в наблюдениях за коллегами: «Что смешно, так это отношение других, прочих ко мне, точно я издаю от себя запах великого князя, остающийся во мне вследствие частого посещения высокого гостя».
Конкуренты тем временем не дремали. 3 мая 1872 года (нового стиля) Шарль Вюрц представил в Парижском химическом обществе огромную работу «Об оксиальдегиде (альдегидоспирте)». Рассказав, каким образом синтезировал новое вещество, он упомянул из коллег лишь Кекуле и его работу с кротональдегидом. Бородин 4 мая (старого стиля) сделал в Русском химическом обществе три сообщения: о действии натрия на валеральдегид, о действии натрия на энантол и о получении продукта уплотнения обыкновенного альдегида. Работа была им наконец «округлена». Александр Порфирьевич специально указал, что конденсацией альдегидов занимается с 1864 года и что оксиальдегиды (альдоль) получены им не позднее Вюрца и другим способом. Подробное изложение его выступлений немедленно напечатал Бюллетень Берлинского общества, а оттуда его целиком перепечатал Бюллетень Парижского общества.
Тогда-то, вскоре после «столкновения» с Кекуле и в период острой конкуренции с Вюрцем, в круг близких знакомых Бородина вошел студент академии Александр Дианин. Возможно, сквозящий в его воспоминаниях об учителе глубочайший пессимизм навеян первыми впечатлениями от общения с профессором, полученными не в самое удачное время. В 1917 году, к тридцатилетию со дня смерти Бородина, Дианин писал: «Его исследования конденсации альдегидов, получение фтористого бензоила и алдола (одновременно с Вюрцем) доставили ему почетную известность за границей… Бедность лабораторной обстановки доходила до того, что при одной из работ, где требовалась азотно-серебряная соль, А. П. принужден был пожертвовать частью своего фамильного серебра. В таких условиях он, естественно, не мог конкурировать со своими заграничными коллегами, к услугам которых, кроме надлежащей лабораторной обстановки, были уже химические фабрики, между тем как А. П. в своей лаборатории готовил капля по капле необходимый для работы материал. Кончилось тем, что одну работу (об алдоле) он должен был уступить французскому химику Вюрцу… А. П. был удивительно удачлив, неудачлив же был весь наш склад, неудачлива была наша жизнь бесцветная, инертная». «Уступил» Бородин не результаты работы (о их обнародовании он как раз позаботился). Уступил он вскоре саму тему, вернувшись к занятиям нитрозоамарином.
К тому времени для Александра Порфирьевича сама собой нашлась ниша, где он мог не опасаться конкуренции. На заседании Русского химического общества 1 февраля 1871 года он обнародовал результаты совместного с врачом Крыловым исследования, впервые установившего связь между холестерином и развитием атеросклероза, — открытие, увы, еще долго остававшееся невостребованным. В химической лаборатории академии постоянно вели свои эксперименты врачи. Бородин как профессиональный химик и как человек абсолютно безотказный в той или иной степени принимал участие во всех работах. Например, в 1875 году он сконструировал прибор для предпринятого учениками гигиениста Доброславина анализа различных сортов крахмала. Доброславин вообще много занимался исследованием продуктов, вероятно, Бородин не раз ему в этом способствовал. В полной мере выяснить и оценить его роль в развитии отечественной медицины невозможно.