Зинин отправился домой, Бородин с Менделеевым — обратно в Гейдельберг, где пробыли всего около полутора месяцев (по-видимому, деля в целях экономии одну комнату). Затем оба направили стопы в Рим. Шел 1860 год, Италия отвоевывала независимость. Прошло всего несколько месяцев после сицилийского похода Гарибальди, давшего возможность патриоту Канниццаро наконец-то вернуться в родной Палермо после двенадцатилетнего запрета под страхом смертной казни. Естественно, австрийцы на итальянской границе тщательно проверяли всех путешественников. Менделеева и Бородина задержали и отвели в отдельную комнату, Бородину велели раздеться, что тот и сделал с несерьезным видом, да еще ногами «антраша выкинул». После обыска друзей отпустили, поезд тронулся — итальянцы вдруг кинулись за что-то благодарить русских. Выяснилось, что в том же вагоне ехал революционер, которого австрийцы проглядели, приняв за него Бородина. Из Генуи двинулись в Чивитавеккья, оттуда в Рим. В соборе Святого Петра Бородин видел папу в окружении кардиналов. В обществе Менделеева скучать не приходилось, с утра до вечера оба без отдыха осматривали церкви, музеи и усиленно посещали представления в «народных» театриках. Значит, итальянский язык уже тогда был им несколько понятен (позднее Александр Порфирьевич говорил на нем совершенно свободно).
Из Рима путь Бородина вновь лежал в Париж. Там он поселился вместе с химиком Валерианом Савичем, прежде тоже работавшим у Эрленмейера. Оба вступили в Парижское химическое общество, основанное в 1858 году Шарлем Адольфом Вюрцем. 13 (25) ноября Бородин уже хвастался Менделееву, что читал в обществе «одну из моих х… на заячьем меху», то бишь делал научный доклад. Вот только денег на вступительный взнос долго не было, перевод из Петербурга запаздывал.
Русские, привыкшие дома к хорошему отоплению, в Париже зимой мерзли. Бородин отделался недельным недомоганием. К большому удивлению соседа, дипломированный врач ни к каким медицинским средствам не прибегал — просто лежал на диване и ничего не ел, пока хворь не прошла. Он действительно не любил лечиться и до последних дней жизни не переменил своих привычек. Неудачник Савич упорно занимался синтезом ацетилена, который наконец осуществил чуть ли не день в день с казанцем Мясниковым, и переводил на французский свежие статьи Менделеева. В ту зиму у него началась болезнь, через два года сведшая его в могилу.
Кажется, весь Петербург в ту зиму переехал в Париж. Бородин собрался было встречать Новый год у Тургенева. Историк Степан Васильевич Ешевский, собиравший во Франции материалы для диссертации о королеве франков Брунгильде, сообщал жене в Москву: «Я иду встречать… к Тургеневу вместе с М. Ал.[7], Бородиным, Пассеком и только. Назвались было другие, и это едва ли не расстроилось, но Тург. придумал сказать, что он может быть дома только в 11 часов вечера и, таким образом, дело уладилось». В итоге именно Бородин решил, что у Тургенева обязательно засидятся до утра, и не пошел к нему, а тихо-мирно направился в гости к одному из соучеников по академии, но… «Тут оказались барыни, имеющие ложу на Bal de l’Орéга, но имеющие одного только кавалера. Они пристали ко мне, чтобы я ехал. Делать нечего — я как был в сюртуке и без перчаток и поехал. Пробыл там до 5 утра». О русские барыни, они всегда умели рушить его планы!
На Масленице снова пошли балы, а там пришлось наблюдать местные пережитки язычества — конкурс на самого толстого быка: «Быка, украшенного венками, гирляндами etc., etc., везут на колеснице, при нем состоят мясники, одетые жрецами; сзади колесница, наполненная огромным числом «древних богов» на французский лад; между богинями попадаются очень недурные. При появлении быка в народе подымается шум, гвалт, точно при появлении императора. Вот разница между немцами и французами: у первых «Marktezug» шумит и восторгается, а зрители, уткнув рыло в землю, глубокомысленно молчат, у французов наоборот».
Тем временем Бородин оборудовал на квартире лабораторию и занялся молекулярной поляризацией. Кроме того, ходил учиться выдувать стеклянную посуду. Если в Гейдельберге он систематически посещал только курсы ботаники и минералогии, то в Париже у него глаза разбежались: слушал курсы Анри Виктора Реньо о пресловутом «теплороде», Анри Гюро де Сенармона — о физических свойствах кристаллов, день за днем метался между добрым десятком учебных заведений, анализируя манеру подачи материала профессорами. Впоследствии Бородин сделался блестящим лектором, очень ясно излагавшим предмет. Идеалом для него остался Клод Бернар, читавший в начале 1861 года курс «о крови и других жидкостях организма» так, ч то «каждая лекция врезывается в памяти слушателя, без всякого усилия со стороны последнего».
Срок командировки Менделеева заканчивался, выхлопотать дополнительный (третий) год не удалось. Дмитрий Иванович собирался домой в раздумьях, соглашаться ли на место в Горы-горецком земледельческом институте, тогда еще не переведенном из Могилевской губернии в Петербург, или ехать наудачу прямо в столицу. Вот и Бородин прикинул оставшееся до возвращения в Россию время, вздохнул мечтательно об Испании и пустился в «прощальный тур». Весной 1861 года из Парижа — снова в Италию. Во Флоренции восхитился галереей Уффици и бесподобным мороженым, через Сиену с трудом добрался на фабрику в Лагони, где видел целое море борной кислоты. Не позднее 26 апреля (нового стиля) прибыл в Неаполь и оставался там как минимум до 14 мая. Хотя 12 дней он проболел желтухой, но все же успел, по-видимому, совершить восхождение на Везувий, поскольку собрал для музея академии коллекцию лав вулкана и его второй вершины — Монте-Сомма. Везувий был спокоен, следующее его извержение случилось только в 1867 году. Возможно, Бородин нанес визит в недавно открытую Обсерваторию Везувия, где уже развернулось изучение вулкана. Затем через Швейцарию он двинулся в Вюрцбург, чтобы изучать физиологическую химию у Иоганна Иосифа Шерера, но что-то пошло не так, и через две недели он уже постигал практическую кристаллографию у Германа Коппа в Гиссене. 17 марта Конференция Медико-хирургической академии по просьбе Бородина, которую тот мотивировал большим числом изучаемых дисциплин, встретившимися препятствиями и неготовностью лаборатории в Петербурге, продлила командировку на год, до августа 1862 года.
Вернувшись наконец в Гейдельберг, Бородин снова обосновался у Эрленмейера и занялся действием хлоройодоформа на цинк-этил, в январе того же года полученный Менделеевым. В том же году он разработал способ получения бромзамещенных жирных кислот и открыл реакцию, сегодня известную как реакция Бородина — Хунсдиккера. 19 сентября на берегах Рейна в Шпайере (в 15 километрах от Гейдельберга) Бородин на 36-м съезде Общества немецких естествоиспытателей и врачей слушал исторический доклад Александра Михайловича Бутлерова «О химическом строении веществ», довольно прохладно встреченный немецким большинством. Тем временем в Гейдельберге учредилось «домашнее» Русское химическое общество — прообраз будущего «настоящего».
В этот период своей жизни Бородину довелось в первый и единственный раз выступить в суде в роли адвоката. Однажды он с другим химиком, Петром Петровичем Алек-соевым, переправлялся через Неккар. Алексеев повздорил с лодочником и обозвал его свиньей, но, плохо зная язык, перепутал артикль. Получилась грамматически невозможная фраза: Du bist der Schwein. Лодочник рассердился и потащил обидчика к судье. Там Бородин на чистейшем немецком произнес речь, суть которой заключалась в следующем: раз у Алексеева не получилось выругаться по-немецки, то и оскорбления не было. Все это «адвокат» изложил так комично, что к концу выступления и судья, и лодочник умирали со смеху. В этом весь Бородин с его умением мирно разрешать конфликты — спокойно и с юмором!
А всё же в Гейдельберге обходиться без знания немецкого языка временами было легче, чем в Медико-хирургической академии. Русская колония была многочисленной, неожиданно для себя Бородин даже обзавелся некоторой медицинской практикой. Недаром Тургенев в «Отцах и детях» (1862) именно в Гейдельберг отправил незабвенную Гвдоксию Кукшину, хваставшуюся Базарову:
