В апреле 1988 года вой­ска советской армии и спецподразделения КГБ были также применены при подавлении протестов в столице Грузинской ССР Тбилиси. Иными словами, беспорядки в Армении и Азербайджане не были изолированным явлением.

С августа 1989 по 13 сентября 1991 года председателем КГБ Азербайджанской ССР был Вагиф Гусейнов. Именно при нем 13–19 января 1990 года в Баку произошли армянские погромы, из-за которых 19–20 января 1990 года в столицу Азербайджана ввели части советской армии и спецподразделения КГБ.

В марте должны были состояться выборы в парламент Азербайджанской ССР, в ходе которых, без сомнений, победил бы Народный фронт Азербайджана (НФА). Армянские погромы в Баку были спровоцированы республиканским КГБ по наущению Бобкова для дальнейшей дестабилизации обстановки в республике, введения режима чрезвычайного положения в Баку и последующего ареста лидеров НФА.

В советские времена непосредственно председателю КГБ и его первому заместителю (Бобкову) подчинялась группа «А» («Альфа»), и Бобков принял решение использовать ее в Баку для подавления недовольства. Акцией по «наведению порядка» руководили Гусейнов и Бобков, прибывший в Баку за неделю до ввода в город вой­ск. Как позднее признал маршал Дмитрий Язов, бывший в то время министром обороны СССР, целью использования вой­ск было «разрушить структуры НФА и не допустить победы оппозиции». В заявлении Комиссии Верховного Совета Азербайджанской ССР по расследованию событий тех дней говорилось:

В ночь с 19 на 20 января 1990 года в городе Баку совершена страшная по своей жестокости преступная акция, приведшая к массовой гибели мирного населения [...] В операции были задействованы крупные формирования сухопутных, военно-­морских, военно-­воздушных и воздушно-­десантных вой­ск Союза ССР, а также вой­ск специального назначения КГБ и МВД СССР. Ввод указанных воинских частей и соединений в город Баку сопровождался антигуманными, жестокими действиями со стороны военнослужащих, жизни лишались все, кто попадал в поле зрения. Обстреливались жилые дома и медицинские учреждения, давились танками машины «скорой помощи», проезжавшие мимо и стоявшие на обочине автомобили, добивались раненые, расстреливались медицинские работники при оказании неотложной помощи на местах. По предварительным данным, на сегодняшний день убито 168, ранено и получило телесные повреждения 715 мирных жителей, нет сведений о судьбе более 400 человек. В их числе женщины, старики и дети [...] Многих смерть настигла в квартирах, подъездах домов, в автобусах и на рабочих местах. По сей день продолжают поступать сведения о новых жертвах и умирающих от ран. Погибло 28 и ранено более 80 военнослужащих, многие из которых пострадали от рук своих товарищей в результате несогласованных действий командования.

После распада СССР и прихода в Азербайджане к власти представителей Народного фронта Гусейнова арестовали и он находился под следствием по обвинению в организации взрыва в бакинском телецентре в феврале 1991 года. Некоторое время его содержали в следственном изоляторе. В 1993 году он был освобожден, в феврале 1994 года покинул Азербайджан и обосновался в Москве, где продолжил успешную карьеру у Бобкова.

В ночь с 12 на 13 января 1991 года «Альфу» по приказу Бобкова задействовали при штурме телебашни, удерживаемой восставшими литовцами в Вильнюсе. Операция не была спонтанной. В отчете группы «А» КГБ о ее подготовке указывалось:

7 января 1991 года сотрудники группы: заместитель начальника группы «А» подполковник Головатов М. В., начальник 4-го отделения майор Мирошниченко А. И., старший оперуполномоченный 1-го отделения капитан Орехов И. В. находились в командировке в г. Вильнюсе для проведения рекогносцировки и других подготовительных мероприятий по планированию чекистско-­вой­сковой операции с участием сотрудников группы «А»364.

В результате операции погибли 15 человек, среди которых был офицер «Альфы» Виктор Шацких, сын начальника одного из отделов Следственного отдела КГБ полковника Владимира Шацких. 600 человек получили ранения разной тяжести. Бывший офицер «Альфы» Виктор Лутцев вспоминает:

Самым подлым ударом по «Альфе» стали события в Вильнюсе в январе 1991 года. По приказу из Кремля мы взяли штурмом захваченный литовскими националистами телецентр. При этом впервые за десять лет погиб наш боевой товарищ Виктор Шацких. Но мало того, что по возвращении в Москву нас никто не встретил, так Горбачев тогда на весь мир заявил, что не посылал «Альфу» в Вильнюс. Мы восприняли это как предательство.

Действительно, Горбачев в Вильнюс «Альфу» не посылал. Ее послал Бобков.

Виктора Шацких убили выстрелом в спину из автомата Калашникова, оружия, которого не имели оборонявшие телебашню литовские восставшие, но к этому сюжету мы вернемся позже.

Из-за провала вильнюсской и бакинской операций генералу армии Бобкову пришлось в буквальном смысле умыть обагренные кровью руки. 20 февраля 1991 года он подал рапорт об увольнении со службы в КГБ (и ушел в действующий резерв). 29 февраля указом президента СССР Горбачева Бобкова уволили. Он перешел в заблаговременно созданную им для себя еще в 1989 году структуру «Мост».

Еще одной из ударных структур Бобкова было общество «Память». После ее создания КГБ переориентировал Дмитрия Васильева на национальные проблемы. Оперативную связь с ним и руководство его деятельностью осуществляли офицеры-­оперативники 2-го отдела 5-го Управления КГБ. О деятельности «Памяти» регулярно информировалось руководство КГБ и центральные партийные органы страны. Вот что писал об этом член Политбюро и ближайший соратник Горбачева Александр Яковлев, вспоминая свой разговор с председателем КГБ Чебриковым:

Из его рассуждений я уловил, хотя Виктор Михайлович не называл фамилий, что немало людей из агентуры КГБ внедрено в демократическое движение. Единственное, что я узнал в конкретном плане, так это историю создания общества «Память» и задачи, которые ставились перед этим обществом365.

В 1987 году члены этой организации на Манежной площади Москвы провели массовый митинг в поддержку перестройки, а руководство «фронта» было принято первым секретарем Московского горкома КПСС Ельциным. Вскоре в ряде городов России были образованы одноименные националистические организации, также подконтрольные госбезопасности.

В октябре 1990 года контролируемый Бобковым Баркашов вместе с рядом членов контролируемой госбезопасностью «Памяти» основали движение, получившее название «Русское национальное единство» (РНЕ), ставшее объединением националистов-­боевиков. Идеология РНЕ по своему содержанию являлась фашистской, а «гвардейцы Баркашова» обязаны были присягать на верность «вождю». Во время путча августа 1991 года Баркашов в числе первых поддержал ГКЧП, отправив соответствующую телеграмму вице-президенту СССР Янаеву, одному из главных участников заговора. В 1993 году, за несколько месяцев до вооруженного штурма Белого Дома правительственными вой­сками, Баркашов заявил о политической поддержке членов Верховного Совета РФ, отметив, что при необходимости руководимое им РНЕ окажет Верховному Совету вооруженную помощь.

В это время группе Питовранова нужным и подконтрольным человеком в кресле президента России виделся вице-президент Руцкой, формально являвшийся преемником Ельцина на посту главы государства. Осталось только добиться отставки президента.

Операция была многоходовой. Одним из звеньев ее стало устранение двух преданных Ельцину (как казалось заговорщикам) силовых министров, поднявшихся на революционной волне августа 1991 года: министра государственной безопасности Виктора Баранникова и министра внутренних дел Андрея Дунаева. В дни противостояния ГКЧП Баранников и Дунаев организовали защиту Белого Дома силами подчиненных им милицейских подразделений и курсантов милицейских школ, руководили операцией по возвращению президента СССР Горбачева из Фороса, участвовали в арестах председателя КГБ Крючкова и министра обороны СССР Язова.