Смена лидера неизбежно повлекла за собой и смену «команды». Состав Совета министров, по предложению Пепеляева, был обновлен за счет приглашения чиновников, обладавших определенным политическим и деловым авторитетом, приехавших в Иркутск с Юга России и из-за границы. Потомок известного московского мецената, создателя знаменитой «картинной галереи», бывший председатель Московского биржевого комитета и Главного экономического комитета 3-го состава Временного правительства, участник работы Русского Политического Совещания в Париже и министр торговли и промышленности в составе Российского правительства С. Н. Третьяков стал заместителем председателя Совета министров и управляющим Министерством иностранных дел (министром по-прежнему считался проживавший в Париже Сазонов). Бывший председатель Тверского комитета Союза городов, один из создателей ВНЦ, член Государственного Экономического Совещания А. А. Червен-Водали стал вр. и. о. управляющего Министерством внутренних дел. Еще один член ВНЦ, бывший глава Товарищества торговли мануфактурой, член Центрального военно-промышленного комитета и также делегат Экономического Совещания П. А. Бурышкин, принял должность министра финансов. 29 ноября Сукин, Л.В. фон Гойер (министр финансов, преемник И. Михайлова с августа 1919 г.) и Тельберг оставили свои посты. Министерство продовольствия и снабжения расформировывалось, а Министерства морское и труда, торговли и промышленности понижались до статуса управлений. Главой последнего стал товарищ министра, энес, алтайский кооператор и член Сибирской Областной Думы А. М. Окороков. Бывший товарищ министра юстиции, председатель Барнаульского окружного суда А. И. Морозов стал министром юстиции. Последний состав колчаковского правительства, наконец, окончательно преодолел свой «провинциализм» и персонально становился общероссийским, несмотря на то что Н. И. Петров (министр земледелия), Л. И. Шумиловский (глава управления труда) и Г. К. Гинс (управляющий канцелярией Совета министров) сохранили свои посты. Близость ведущих фигур Совмина к ВНЦ, к кадетской партии, их связь с белым Югом, казалось, должны были способствовать консолидации Белого движения. Однако с точки зрения «деловой работы» Совет министров оказался расколотым. Авторитетные в политических сферах Зарубежья и белого Юга деятели были «приезжими» для Сибири и не смогли быстро адаптироваться к новой обстановке. Психологически они противопоставлялись оставшимся министрам и становились ответственными за все предстоящие неудачи и ошибки.

Показательно, что принятие должности премьера не стало неожиданным для Пепеляева. Гинс вспоминал о своих переговорах с Пепеляевым во время переезда из Омска в Иркутск, когда глава МВД «горел желанием демократизировать курс правительства, подчинить себе военные власти, а впоследствии добиться выезда Верховного Правителя из Сибири…, привлечь в правительство Колосова, известного эсера, и поднять опять бело-зеленый флаг»[22]. На последнем заседании Совмина, под председательством Вологодского, 24 ноября Пепеляев огласил свою программу реформ. Она сводилась к «управлению страной только через министров, приглашаемых по свободному выбору председателем Совета министров и утверждаемых Верховным Правителем», «отказу от военного управления страной», «расширению прав» ГЗС (наделением его законодательными функциями), «приближению власти к народу, сближению с оппозицией и объединению всех здоровых сил страны», а также «полному невмешательству в сферу гражданского управления страной, вверенной Совету министров, учрежденного при Верховном Правителе Верховного Совещания, функции которого должны быть ограничены функциями Совещания по обороне». Отдельно выделялись «сближение с чехословаками», «всяческая поддержка добровольческого движения» и «уменьшение чиновного персонала министерств»[23]. В сущности, Пепеляев стремился точно соответствовать пунктам 4 и 5 «Положения о временном устройстве государственной власти» (т. н. Конституции 18 ноября 1918 г.), согласно которым «все проекты законов и указов рассматриваются в Совете министров и, по одобрении их оным, поступают на утверждение Верховного Правителя», и «все акты Верховного Правителя скрепляются Председателем Совета министров или Главным Начальником подлежащего ведомства». Вспомним, что нарушение данного пункта Колчаком, пытавшимся расширить полномочия своего Совета, вызвало правительственный кризис в августе 1919 г.[24].

Проблемы перестройки аппарата управления заключались в том, что еще в конце 1918 г., в развитие «Конституции 18 ноября», не было принято необходимых подзаконных актов, регламентирующих полномочия Совета министров применительно к специфике гражданской войны. Статус Совета министров продолжал определяться исходя из «Учреждения Совета министров» (Св. Законов. Т. 1., ч. 2, изд. 1906 г.) и «Положения о Совете министров» 1916 г., в которых не учитывались вопросы образования независимой законодательной власти в белой Сибири, необходимости совмещения законодательной и исполнительной функций в правительстве. Это попытался исправить новый премьер, предложив проект «Положения о Совете министров». Согласно этому документу (см. приложение № 1) Совет объявлялся структурой, призванной утверждать «все законодательные предположения», «предварительно рассматривать акты Верховного Управления», «направлять и объединять действия главных Начальников Ведомств по предметам высшего государственного управления». Можно отметить, что еще при Вологодском (в конце октября 1919 г.) Совет министров, ввиду готовящейся эвакуации Омска, упростил порядок принятия решений, определив момент вступления в силу всех законодательных актов без их «обнародования Правительствующим Сенатом», а сразу же после «распубликования сих актов в официальной части «Правительственного вестника». Наконец, 7 ноября 1919 г. «в исключительных случаях», обусловленных «переездом Совета министров в Иркутск и затруднительностью сношений» было решено принимать «постановления по вопросам внутреннего управления, не затрагивающих основ государственного строя» и без их окончательного утверждения Верховным Правителем. Правда, подобные полномочия считались временными, до момента приезда Правителя в «новую резиденцию Правительства из действующей армии»[25].

Тем не менее статус председателя Совета министров заметно укреплялся. Пепеляев фактически становился самостоятельной фигурой, независимым «помощником Верховного Правителя по гражданской части». Предполагалось, что он может приостанавливать, отменять, а равно и утверждать собственным решением законодательные акты, выступать с законодательной инициативой в Государственном Земском Совещании. Вся кадровая политика находилась в ведении премьера, составлявшего список министров и подававшего его на утверждение Верховному Правителю. Существенным «перекосом» в сторону преимуществ гражданской власти над военной было предложенное Червен-Водали право министров участвовать в обсуждении стратегических планов Ставки и право обязательного одобрения Совмином кандидатуры командующего фронтом[26].

Правительственные переформирования должны были затронуть и систему подведомственных министерствам структур. Многочисленные, созданные в течение 1918–1919 гг. Советы, Совещания и Комитеты, построенные на основах межведомственного сотрудничества и представительства различных коммерческих, научных и общественных кругов, должны были уступить место двум структурам – «Политическому Совету» и «Комитету экономической политики» из ведущих министров; таким образом как бы «разделялись» политические и экономические вопросы. Сохранял свое положение «Комитет по обеспечению законности и порядка в управлении», созданный еще в июне по инициативе Тельберга. Укреплялась коллегиальность при обсуждении решений, что не умаляло, однако, роли премьера: «никакая, имеющая общее значение мера управления не может быть принята Главными Начальниками ведомств помимо Совета министров». Назначение на должности 3-го и 4-го класса (бюрократическая элита) контролировалось Совмином. Отпуск кредитов по «специальным узаконениям», «сверхсметные кредиты» на незначительные суммы также предполагались в компетенции обновленного правительства. Вводились должность Заместителя Председателя Совета министров (с правами равными Председателю), весьма необходимая, как показали последующие события, для работы в условиях отсутствия премьера. Вводились также должности членов Совета министров, имевших равные с министрами права и ответственных за реализацию отдельных ведомственных проектов. Что же касается самого Верховного Правителя, то проектом Пепеляева его деятельность сводилась к утверждению предлагаемых премьером министров, подписанию принятых Совмином законов и «председательствованию» на заседаниях правительства. Более того, «в обстоятельствах чрезвычайных» Председатель Совета министров мог принимать «быстрые и решительные меры», о которых информировал Верховного Правителя уже «постфактум»[27].