После смерти султана в марте 1193 г. его империя постепенно приходит в упадок, подтачиваемая постоянными междоусобицами наследников султана. Еще брат Салах-ад-Дина и его преемник султан Аль-Адиль (1200–1218), известный под именем Сайф-ад-Дина (Меч веры) сохраняет целостность и мощь государства и мудро правит Сирией и Египтом, поддерживая нейтралитет по отношению к крестоносцам. Но в 1217 г. те, нарушив сложившийся баланс сил, начинают новый крестовый поход, и уже в 1218 г. египетский султан узнает об осаде Дамиетты христианами. В разгар военной кампании Аль-Адиль умирает, и его сын Аль-Камиль (1218–1240), новый правитель государства Айюбидов, признанный своими братьями в Палестине и Сирии, предлагает взявшим в 1221 г. Дамиетту крестоносцам выгодные условия мира, от которых, как мы помним, те отказываются и в результате — к радости египтян — теряют завоеванный город.

Но в целом своей политикой Аль-Камиль скорее вызвал сильное недовольство мусульманского мира: ведь, как мы уже знаем, в 1229 г. он подписал с Фридрихом II договор, в соответствии с которым Иерусалим и Вифлеем передавались христианам, за исключением мусульманских святынь священного города — мечетей Куббат ас-Сахра и Аль-Акса. Вообще положение египетских Айюбидов становится непрочным. В 1240 г. к власти пришел сын Аль-Камиля Ас-Салих (1240–1250), который все еще управлял Сирией и Египтом. Почувствовав, насколько шаток его трон, султан, дабы обеспечить стабильность своей власти, стал все больше опираться на мамлюков — воинов рабского происхождения (чаще всего то были кипчаки, которых покупали в южнорусских степях). Нельзя сказать, что это было какое-то новшество: как мы знаем, уже в армии Салах-ад-Дина было немало мамлюков, но именно Ас-Салих стал сильно зависеть от них. Он также вступил в союз с хорезмийцами — вытесненным из Центральной Азии монголами народом, выходцами из Хорезма, военные силы которых султан использовал для устрашения соседей и обеспечения их лояльности. В 1244 г. хорезмийцы по приглашению Ac-Салиха прошли через Сирию и Палестину и вступили в Иерусалим, который, как известно, они полностью разрушили, оставив город в руинах. Осенью же 1244 г. в ранее упоминавшейся битве при Ла Форби султан, опять-таки в союзе с хорезмийцами, одержал победу в Сирии над своим дядей Ас-Салих Исмаилом, эмиром Дамаска и союзником крестоносцев. Так, нарушая семейные традиции, Ас-Салих начинает бороться со своими сородичами — сирийскими Айюбидами — и тем самым разрушает созданное Салах-ад-Дином государство.

Тем временем разрушение Иерусалима в 1244 г. вызывает ответную реакцию средневекового Запада — начинается экспедиция Людовика Святого, которая повторяет ошибки Пятого крестового похода: крестоносцы берут Дамиетту, но, не довольствуясь этим, решают идти в глубь Египта и утрачивают завоеванное. В разгар событий ас-Салих умирает, и мамлюки встают во главе сопротивления крестоносцам. В 1250 г. в битве при Эль-Мансуре крестоносцы были ими наголову разбиты, а французский король вместе своими рыцарями попал в плен. Тем временем сын ас-Салиха и его законный наследник Туран-шах, узнав о смерти отца, прибывает из своего иракского удела в Эль-Мансуру. Он пытается отодвинуть от власти своих соперников — мамлюков, входит с ними в конфликт и в конце концов погибает от их меча.

Так в 1250 г. мамлюки свергли Айюбидов и взяли власть в свои руки. Но никто тогда еще не предполагал, что они будут удерживать ее вплоть до начала XVI в. В первое десятилетие правления — с 1250 г. по 1260 г. — мамлюки столкнулись с угрозой монгольского нашествия. Монголы еще в 1241–1243 гг. завоевали всю Анатолию, а затем в 1256 г. приступом взяли крепость Аламут — оплот исмаилитов в Иране — и в 1258 г. под началом хана Хулагу (внука Чингис-хана) осадили Багдад, подвергнув блистательную столицу Аббасидского халифата неслыханному разгрому: дворцы и мечети были разрушены, библиотеки сожжены, уничтожен «Дом мудрости» — интеллектуальный светоч исламского мира, а последний багдадский халиф Аль-Мустасим Биллах — религиозный глава мусульманского мира — согласно преданию, был растоптан монгольскими конями. Следующими целями захватчиков были Сирия и Египет. Они осадили Алеппо, Дамаск сдался без боя, а правитель Сирии сбежал из страны, не будучи способен защитить страну. Однако в Египте монголы встретили яростное сопротивление мамлюков: 3 сентября 1260 г. при Айн-Джалуте (неподалеку от Назарета) между армией египетских воинов под командованием султана Кутуза и эмира Бейбарса — с одной стороны, и монгольским корпусом во главе с военачальником Китбукой — с другой, состоялось судьбоносное сражение, в котором монголы были наголову разбиты, и тем самым Египет был спасен. Правда, плодами победы Кутуза воспользовался Бейбарс, убивший соперника и ставший египетским султаном.

Несмотря на то что его путь к власти был залит кровью, Бейбарс (1260–1271) оказался могущественным правителем, который всемерно способствовал развитию Египта: строил мечети и дворцы, прокладывал дороги, развивал земледелие и торговлю и пр. Как и Салах-ад-Дин, он был ревнителем суннитского ислама и возродил Аббасидский халифат, пусть даже реальная власть продолжала оставаться у египетских султанов. Бейбарс называл себя покровителем трех священных мусульманских городов — Мекки, Медины и Иерусалима— и был горячим приверженцем джихада. Неслучайно под видом священной войны он отвоевывал латинские владения на Востоке. С 1265 по 1271 гг. он, как уже упоминалось прежде, отобрал у западных христиан самые мощные замки и крепости, принадлежавшие духовно-рыцарским орденам, а также Цезарию и Антиохию. После смерти Бейбарса в 1271 г. мамлюки продолжили наступления на латинские владения: в 1289 г. был взят Триполи — важнейший средиземноморский порт, находившийся во владении крестоносцев, а затем в 1291 г. мамлюки взяли Акру — последний оплот крестоносцев. Дабы предотвратить возможный реванш западных христиан, мамлюки срыли до основания все их города и крепости. Очень жестоко они расправились и с восточными христианами — прежде всего с маронитами, изгнанными из прибрежных городов во внутренние районы Ливана. Нетерпимость мамлюков по отношению к не-мусульманам во многом объяснялась их страхом перед монголами, которые в союзе с франками были вполне способны разрушить процветающее мусульманское государство.

Если к концу XIII в. западные христиане утратили почти все свои владения в Восточном Средиземноморье, то в Западном Средиземноморье в течение всего Средневековья складывалась принципиально иная ситуация. Как известно, в 711–714 гг. арабы и исламизированные берберы заняли почти весь Пиренейский полуостров и покорили христиан. Только на самом севере из-за непроходимой гористой местности сохранились несколько христианских анклавов, где со временем возникли независимые государства: Леоно-Кастильское, Наварра, Арагон, а на юго-западе полуострова в IX в. появилось христианское графство Португалия — все они боролись за отвоевание территорий у мусульман. Мусульмане назвали завоеванную страну Аль-Андалус (страна вандалов) и сделали Кордову своей столицей. Здесь в 756 г., через шесть лет после смены власти в Арабском халифате, представитель свергнутой династии Омейядов Абд-ар-Рахман I основал Кордовский эмират, который в 929 г был объявлен независимым от династии Аббаси-дов халифатом. Значительную часть населения Кордовского халифата составляли покоренные христиане, которых называли мосарабы (от араб, муста'риб — «арабизированный»). Наивысшего расцвета Кордовский халифат достиг в период правления выдающегося государственного деятеля Мухаммада ибн Абу Амира по прозвищу Аль-Мансур (латинизированное имя Альманзор) — «Победитель» (978–1002). Во время христианско-мусульманских конфликтов Аль-Мансуру удалось перехватить у христиан военную инициативу и принудить их платить арабам дань. В 997 г. он завоевал город Сантьяго-де-Компостела, в котором хранились мощи св. Иакова (Сантьяго), считавшегося покровителем Испании и борьбы испанцев против мусульман. Со смертью Альманзора произошли существенные изменения, которые привели к ослаблению Кордовского халифата. После 1031 г. государство распалось на ряд небольших мусульманских эмиратов — т. н. тайф (Толедо, Сарагоса, Валенсия, Бадахос, Мурсия, Севилья, Гранада, Малага и др.). Самым значительным из них был Гранадский эмират, где мусульманское владычество продлилось вплоть до 1492 г. Некоторые из этих тайф воевали с христианами, а другие предпочитали заключать с северными королевствами мир и платить дань в обмен на покой. Поначалу борьба христиан против мусульманского господства в Испании имела локальное значение, но постепенно это движение выходит за пределы Пиренеев. Подобные изменения были связаны с ростом значения религиозных путешествий к Сантьяго-де-Компостела, где в кафедральном соборе хранились мощи апостола Иакова. В ходе клюнийской реформы, обновившей многие религиозные институты, это святилище превратилось в важнейший паломнический центр христианского мира. В то время при поддержке клюнийского аббатства была создана целая сеть дорог («дорога св. Иакова»), которые вели к святыне прежде всего через Францию, а также Италию и Германию. Легенда об апостоле-воине — Сантьяго Матаморосе (Иакове Мавробойце), помогавшем христианам сражаться против неверных, сыграла существенную роль в Реконкисте. Постепенно воины из других стран, главным образом из Франции, начинают принимать участие в борьбе испанцев за возвращение территорий, и это участие всячески поощрялось Церковью. Так, в 1063–1064 гг., как уже упоминалось, французские рыцари вместе с испанцами отвоевали у неверных Барбастро, город в Арагоне. Папа Александр II поддержал их участие индульгенциями, выпустив специальную буллу (Eos qui in Hispaniam) и описывая осаду как богоугодное и оправданное Господом дело. Впоследствии эта булла стала образцом для папских документов, оправдывавших крестовый поход, так что эти экспедиции сыграли свою роль в подготовке крестоносного движения.