Обе системы долго трактовались как части одного целого. Иногда считают, что они обособились как две независимые друг от друга ветви какого-то самостоятельного учения, исследовавшего мир познанных вещей и средства познания. По этому вопросу трудно сказать что-либо определенное. Позднейшие работы рассматривают эти системы как самостоятельные части одной дисциплины[4]. Даже в "Ньяя Бхашья" Ватсьяяны системы не различаются. Вайшешика используется как дополнение к ньяйе[5]. "Ньяяварттика" Уддьйотакары пользуется доктриной вайшешики. Якоби замечает, что "слияние этих двух школ началось рано и было, по-видимому, полным, когда была написана "Ньяяварттика"[6]. Многие сутры ньяйи предполагают основные положения вайшешики. Они называются саманатантра, или дружественными системами, поскольку обе верят в множественность душ, в личного бога, в атомистическую вселенную и используют много общих аргументов. Но хотя и не может быть сомнения, что обе эти системы слились очень рано, все же различие в положении центра тяжести исследования на логической и физической стороне проблем отличает их друг от друга[7]. В то время как ньяя исследует процессы и методы рационального познания объектов, вайшешика развивает атомистическую теорию вещей, которую ньяя принимает без особых возражений[8].

Философия ньяйи пользовалась большим почетом в течение очень долгого времени. Ману включает ее в число шрути. Яджнявалкья рассматривает ее как одну из четырех частей вед[9]. Классическая система образования индусов охватывает пять предметов: кавью (литературу), натаку (драму), аламкару (риторику), тарку (логику) и вьякарану (грамматику). Обучающийся мог позднее приниматься за любые специальные занятия, но первоначальный курс обязательно включал логику как основу всего обучения. Каждая система индийской мысли принимает основополагающие принципы логики ньяйи, и даже в критике системы ньяйи используется терминология и логика ньяйи. Ньяя служит введением во всякую систематическую философию[10].

Анвикшики, как мы видели, есть сознательно-критическая трактовка высших вопросов духа. Она употреблялась в широком смысле как включающая в себя все систематические попытки разрешения вопросов философии – санкхьи, йоги и локаяты. Вскоре внимание было направлено на природу логических операций и критики, используемых в общем всеми этими системами мысли. Всякое знание есть "ньяя", что буквально означает "вхождение в предмет" или "аналитическое исследование". Система ньяя, которая изучает общий план и метод критического исследования, может быть названа наукой наук. Такие чисто логические занятия поощрялись мимансаками которые были не просто экзегетами, но и логиками. Очень возможно, что логика возникла из потребностей жертвенной религии, а именно из потребности правильного толкования ведийских текстов, имевших отношение к жертвенным ритуалам, правилам и процедурам, и возможно, что именно в связи с этим мыслители, развивавшие и обосновывавшие учение мимансы, содействовали развитию логики[11]. Когда Гаутама осветил логическую сторону учения более тщательно, чем другие мыслители, его взгляды были отождествлены с учением анвикшики. Таким образом, термин, который очень долго употреблялся в общем смысле систематической философии, приобрел более узкое значение[12].

Среди обстоятельств, предшествовавших возникновению ньяйи, большое место должно быть отведено диалектическим дискуссиям[13]. Ньяя иногда называется "таркавидья", или наука спора, "вадавидья", или наука дискуссии. Дискуссия, или "вада", представляет дыхание интеллектуальной жизни. Мы вынуждены пользоваться ею в поисках истины, сложной по своему характеру и уступающей только совместным усилиям многих умов[14]. Упанишады говорят об ученых собраниях, или паришадax, где проводились философские диспуты[15]. Греческая логика во многом обязана софистическому движению, которое пользовалось способом спора, называемым диалектикой, способом вопросов и ответов. Упражняясь в искусстве дискуссий, софисты не только открывали принципы рассуждения, но и изобретали софизмы и трюки в доказательствах. Из диалогов Платона мы узнаем, что Сократ пользовался искусством спора в целях выявления истины. Аристотель посвятил два из своих логических трактатов "Топику" и "О софистических доказательствах" – наставлению диспутантов, задающих вопросы и отвечающих, хотя он и отличал логику от риторики, принципы рассуждения от правил спора. Не может быть сомнения, что логика Гаутамы восходит к диалектическим турнирам, отзвуки которых проникали во дворцы царей и в школы философов. Попытка урегулировать практику споров привела к развитию логической теории. Гаутама, подобно Аристотелю, систематизировал принципы рассуждения, осуществил различение правильного от ложного и произвел анализ различных форм софизмов и трюков в доказательствах. Шестнадцать тем, упомянутых в первой сутре, могут рассматриваться как выражение стадий в диалектическом споре, имеющем целью приобретение знания[16]. Многие из более поздних работ по логике обсуждают правила спора[17], хотя всех их относят к проблемам диалектики[18].

Джаянта утверждает, что хотя наиболее удовлетворительную разработку предмета дает работа Гаутамы, все же логика была и до Гаутамы, так же как миманса существовала до Джаймини и грамматика – до Панини[19]. Чандогья упанишад ссылается на Ваковакью[20], которую Шанкара толкует как "Таркашастру"[21] "Махабхарата" ссылается на "Таркашастру" и "Анвикшики"[22] и устанавливает, что Нарада был знаком с силлогизмом ньяйи также, как и с принципами конъюнкции и присущности. Вишванатха приводит отрывок из некой пураны, в котором ньяя включается в число дополнений (упанга) к веде[23]. Хотя система Будды была наиболее рационалистической, тем не менее мы не встречаем сколько-нибудь систематического исследования логической теории в ранних канонических работах. Имеются, однако ссылки на людей, искусных в логике. "Брахмаджала сутра" упоминает Такки (софиста) и Виманси (казуиста)[24]. Название "Ануманасутра" Мадджхима Никайи, возможно, указывает на употребление слова анумана в значении вывода. "Катхаватту" употребляет термины пратинна, упаная, ниггаха в их техническом значении[25]. "Ямака" знает о распределенности терминов и о правилах обращения. Пратисамбхи дамагга ссылается на анализ слов и вещей. "Неттипакарана" обнаруживает высокую оценку логической теории. В "Вопросах Милинды" система ньяйи, возможно, имеется в виду под названием нити[26]. "Лалитавистара" упоминает логику под названием хетувидья. Джайнские агамы удостоверяют древность индийской логики. "Ануйозадвара", составленная Арьяракшитой, жившим около I века н.э., имеет то же деление ануманы на пурвават, шешават и саманьятодришиту, как и сутра Гаутамы. Арьяракшита, по-видимому, был только редактором более ранней работы, на которую имеются ссылки в "Бхалавати-сутре", одной из книг джайнского канона, составленного на Совете Паталипутры в начале III века до н.э. Возможно, что учение о трех видах вывода относится ко времени до III века до н.э.