Согласно Шанкаре, содержание и цели пурва- и уттара-мимансы независимы. Пурва-миманса исследует вопрос о моральном долге человека и раскрывает перед его взором картину будущего мира, который зависит от нашего поведения здесь, на земле. Эта картина показывает наивысшее, но лишь мимолетное счастье. Веданта же помогает нам в постижении истины. Ее цель не достижение счастья на земле или на небесах (абхьюдая), а свобода от перерождения (нихшреяса). Эта цель не может быть достигнута, пока мы полагаемся исключительно на нашу веру в будущее. Исследование Брахмана относится к реальности, которая существует вечно и не зависит от наших действий[124].

Как правило, Шанкара подвергает критике философские взгляды соперничающих школ, но не их религиозные догмы. Шанкара считает, что религиозная концепция системы бхагавата основана на авторитете шрути и смрити, но возражает против взгляда, что индивидуальные души порождаются богом[125]. Он признает верховенство персонального Ишвары как причины свободы и зависимости индивидуума. Шанкара полагается на волю божию[126], когда встречается затруднение, как например в вопросе о том, каким образом в человеческом уме возникает познание Брахмана, которое не может быть обусловлено логическими исследованиями относящимися к сфере авидьи.

Как мы видели, Шанкара подверг критике расплывчатые опрометчивые взгляды мыслителей философской школы санкхья, а также эмпирические тенденции системы ньяя-вайшешика. Он отмежевался от метода здравого смысла последователей философии ньяйи и заменил его логической критикой, столь же тонкой и проницательной, как и у буддистских мыслителей.

Метафизика представляет собой рассмотрение того, что предполагается фактами опыта. Она занимается не наблюдением и регистрацией фактов сознания, а выяснением того, что означают существующие факты с точки зрения природы реальности. Шанкара не отдает предпочтения ни психическим, ни естественнонаучным фактам, но ставит более глубокий вопрос – о предпосылке этих фактов; он подходит к этой проблеме с субъективной и объективной сторон, которые в конечном счете близки друг другу. Во "Введении" к своему комментарию на "Веданта-сутру" Шанкара ставит следующий вопрос: имеется ли в опыте что-либо такое, что можно рассматривать как основополагающее, и есть ли смысл рассматривать все факторы опыта, претендующие на эту роль? Наши чувства могут нас обманывать, а память может быть иллюзией. Прошлое и будущее могут оказаться абстракциями. Формы мира могут явиться чистой фантазией, и вся наша жизнь может оказаться трагической иллюзией. Ничто не мешает нам рассматривать опыт, получаемый в состоянии бодрствования, по аналогии с миром сновидений, где мы также бываем во дворцах, имеем дело с призраками, боремся с духами и помним все наши приключения в сказочной стране. Если сновидения факты, то и факты вполне могут быть сновидениями. Хотя все объекты познания могут быть предметами веры и поэтому подвергаться сомнению, однако в опыте, по-видимому, должно быть еще нечто трансцендентное, выходящее за его пределы. Если кто-либо обнаруживает в самом себе нечто, не произведенное окружающей его средой, но создающее и формирующее ее, если в самой возможности познания и оценки чувственного мира подразумевается то, что не может быть извлечено из чувственного мира, тогда логика требует обязательного признания реальности этого трансцендентного, присутствующего в самом себе. Скептицизм ограничивается я, из которого мы непосредственно и сознаем. Каждый сознает существование своего собственного я, и никто не думает: "я не существую"[127]. Подобно Декарту, Шанкара находит основу истины в непосредственной достоверности я, которая не подлежит никакому сомнению, относящемуся к другим вещам[128]. Если бы существование нашего я не было известно, то каждый думал бы: "я не существую", что, однако, неправильно. Я предшествует потоку сознания истине и лжи, реальности и иллюзии, добру и злу.

"Все средства познания (праманы) существуют лишь в зависимости от ощущения своего я, и, поскольку подобного рода ощущения составляют свое собственное доказательство, нет необходимости в доказательстве существования я". "Само наличие рассудка и его функций предполагает разумность, известную как я, которое отличается от функций рассудка, которое само обосновывает свое существование и которому подчинены эти функции"[129].

Каждая функция и способность, вещественное тело и жизненное дыхание, чувства и внутренний орган, а также эмпирическое "мне" появляются только на основе и в связи с Атманом. Все это служит находящейся вне их цели и зависит от некоторой более глубокой основы существования. Атман не может подвергаться сомнению, "ибо это существенная природа того, кто отрицает это"[130].

Шанкара утверждает, что мы не можем познать я посредством мышления, поскольку сама мысль является частью потока, принадлежащего к сфере не-я. Если мы постигнем его путем своеобразного усыпления всех наших способностей к критике и толкованиям, то мы окажемся не в состоянии приобрести познание в желательной форме. И тем не менее мы не можем мыслить без я, ибо помимо него невозможно никакое сознание или опыт. Хотя я и свободно от познания, но не полностью. Я – это объект понятия "я"[131], при этом известно, что оно существует как свое собственное непосредственное представление[132]. Оно недоказуемо, так как служит основой всякого доказательства и устанавливается до всякого доказательства[133]. Логически я это постулат. Мы должны принимать его как само собой разумеющееся[134].

Шанкара пытается выделить истинное я из объекта утверждая, что субъект и объект противоположны, как свет и тьма, и что поэтому субъект никогда не сможет стать объектом. С точки зрения метафизики понятие "самосуществование" включает в себя идеи вечности, неизменности и полноты. Истинно реальное есть бытие в себе и для себя[135], так что утверждать реальность Атмана, или перманентного я, значит утверждать реальность вечного Брахмана, Атма ча Брахма[136]. Реальность Брахмана доказывается ссылкой на то, что он является основой я каждого человека[137].

Хотя мы знаем, что я существует, но нам неизвестно, что оно собой представляет, – является ли оно конечным или бесконечным, знанием или блаженством; существует ли оно как единственное я или как одно среди многих других ему подобных, как простой свидетель или в качестве наслаждающегося, или как ни то, ни другое. Поскольку имеются противоречивые мнения о природе я, Шанкара утверждает, что я и познаваемо и непознаваемо. Необходимо отличать я от не-я, включающего в себя не только внешний мир, тела и их органы, но также и весь механизм рассудка и чувств. Мы рассматриваем умственные состояния в обычном смысле как субъективные и физические состояния – как объективные. Однако с метафизической точки зрения обе сферы явлений, как материальных, так и умственных, в равной мере объективен[138]. Материалисты отождествляют я с телом или чувствами. Но сознание и материя представляют собой различные виды реальности, которые не могут быть сведены друг к другу. Равным образом мы не можем отождествлять я с внешними чувствами, ибо тогда было бы так же много я, сколько внешних чувств, и в результате распознавание тождества личности превратилось бы в целую проблему. Кроме того, если я составляют различные чувства, тогда должно быть одновременное пользование чувствами зрения, слуха, вкуса и т.п. Согласно теории йогачаров, я есть не что иное, как целый ряд непостоянных умственных состояний[139]. Но по этой теории мы не можем принимать в расчет факты памяти и познания.