Донесение наших разъездов о переправе французов через Неман и о занятии ими Ковно получено было в Вильне вечером 12 июня во время бала в Закрете, данного императору его генерал-адъютантами. Но Александр уже имел сведения о готовящейся переправе французов и еще днем отдал чрез Барклая де Толли приказ о сосредоточении войск 1-й армии позади Вильны, у Свенцян. Тогда же послано было повеление Багратиону о начатии военных действий. 13 июня отдан был следующий приказ по армиям: «С давнего времени примечали Мы неприязненные против России поступки французского императора, но всегда кроткими и миролюбивыми способами надеялись отклонить оные. Наконец, видя беспрестанное возобновление явных оскорблений, при всем нашем желании сохранить тишину, принуждены Мы были ополчиться и собрать войска Наши, но и тогда, ласкаясь еще примирением, оставались в пределах Нашей империи, не нарушая мира, а быв токмо готовыми к обороне. Все сии меры кротости и миролюбия не могли удержать желаемого Нами спокойствия. Французский император нападением на войска Наши при Ковно открыл первый войну. Итак, видя его никакими средствами непреклонного к миру, не остается Нам ничего иного, как, призвав на помощь Свидетеля и Защитника правды, Всемогущего Творца Небес, поставить силы Наши против сил неприятельских. Не нужно Мне напоминать вождям, полководцам и воинам Нашим о их долге и храбрости. В них издревле течет громкая победами кровь Славян. Воины! вы защищаете веру, отечество, свободу. Я с вами. На зачинающего Бог».
В рескрипте, данном на имя князя Н. И. Салтыкова, оставленного в Петербурге во главе управления, находились знаменательные слова: «Я не положу оружия, доколе ни единого неприятельского война не останется в царстве моем».
Впрочем, тогда же император Александр попробовал вновь вступить в переговоры с Наполеоном на условии, чтобы он вышел из пределов России. С этою целью он отправил на встречу Наполеону с собственноручным к нему письмом генерал-адъютанта Балашова. Задержанный на пути маршалом Даву, Балашов представлен был Наполеону уже по прибытии его в Вильно, в том самом кабинете, откуда отправлял его несколькими днями ранее император Александр. Упоенный успехами завоеватель обошелся с Балашовым высокомерно. В разговоре с ним Наполеон жаловался на ненависть к себе русского императора, грозил высылкой в Россию родственных ему германских владетелей и наотрез отказал в требовании отступить за пределы России». «И теперь еще есть время примириться, — сказал он: — начните переговоры с Лористоном (французским посланником в Петербурге), пригласите его в вашу главную квартиру или отправьте к нему в Петербург канцлера; между тем, заключим перемирие, но ни в каком случае я не отступлю из Вильны». «Не за тем я перешел чрез Неман, чтобы возвращаться», прибавил он, заканчивая разговор. Если император Александр, отправляя Балашова, имел мысль на личном свидании с Наполеоном обсудить все спорные вопросы, то этот ответ должен был показать ему, что бывший его союзник не был расположен повторить Тильзитское свидание. После этого император Александр отказывал уже Наполеону в каких бы то ни было личных сношениях с ним даже чрез посланцев до самого его падения.
Если верить рассказу Балашова о подробностях свидания его с Наполеоном, то русский посланец удачно ответил на вопрос его, какая дорога ведет в Москву: «в Москву ведет много дорог; Карл XII избрал дорогу на Полтаву».
Наполеон вступил в Вильну почти беспрепятственно уже 16 июня, преследуя отступавшая к Дриссе русские войска. Поляки встретили его восторженно, объявляя его восстановителем Польши. Но Наполеон холодно принял депутацию польского сейма, прибывшую к нему из Варшавы с просьбою о восстановлении Польского королевства в древних его границах, сказав ей, что поляки должны сами своими усилиями достигать желаемой ими цели. Он хотел только заставить поляков принести все жертвы для успеха своего похода. Не довольствуясь войсками Варшавского герцогства, он приказал начать в литовских губерниях формирование 5 пехотных и 4 конных полков, назначая командирами и штаб-офицерами в них знатных дворян, а на низшие должности — обер-офицеров и унтер-офицеров из войск Варшавского герцогства. Он учредил в Вильне из семи членов-поляков комиссию временного правительства великого княжества литовского под наблюдением французского комиссара. Целью этой комиссии было управление, именем Наполеона, занятыми им, русскими областями, продовольствие французских войск, взимание податей, устройство почт, организация ополчения и пожертвований. В городах образована была народная стража и жандармские команды. Поляки на каждом шагу, пользуясь всеми удобными случаями, старались показывать ненависть к России и раболепство пред Наполеоном. За поляками французы не видели исконных насельников края — литвинов и белорусов, которые не только не сочувствовали им, но проклинали пришельцев за их насилия и грабежи. Уже тотчас по переходе чрез Неман французская армия начала страдать от голода и климатических условий страны. Продовольственные запасы, заготовленные для своих войск Наполеоном, не могли поспевать за быстрым движением его армии, а литовские губернии уже были истощены долгим пребыванием среди них русских войск. Когда пайки, находившиеся при солдатах, были съедены, французы почувствовали острую нужду в продовольствии. Начались грабежи мирных жителей, и селения, находившиеся на пути французов, быстро опустели: жители спасались среди лесов и болот. Особенно свирепствовали солдаты, отставшие при скором марше армии, и дезертиры. 20 июня Наполеон отдал приказ по армии, в котором сам засвидетельствовал начинавшееся разложение своей армии. «В тылу армии, — писал он, — совершаются преступления бродягами и солдатами, недостойными имени французов. Они затрудняют сообщения и препятствуют устройству продовольствия»; он приказал предавать их суду, а для поимки их образовать три маршевые колонны. Кроме того, в половине июня начались бури и ливни, размывшие дороги. Лазареты наполнились больными солдатами, до 10 000 лошадей пало в одну ночь. Наполеон, таким образом, с самого начала похода, должен был увидеть, что поход в бедной, мало населенной стране, с суровым климатом, представляет иные задачи, иные трудности, чем прежние походы его в Западной Европе. Чтобы привести в порядок хозяйственную часть армии, он принужден был отказаться от быстрого преследования русских войск и прожить в Вильне целые две недели, остановив здесь и значительную часть армии. Но пресечь зло в корне Наполеону не удалось, и при дальнейшем походе оно развилось еще более, главным образом от недостатка средств в продовольствии.
Между тем, наши войска отступали в глубь России. Целью отступления их полагалось соединение 1-й и 2-й армий, разъединенных стратегическим планом Наполеона. «Барклай де Толли и Багратион более не увидятся», насмешливо говорил Наполеон, не предвидя того, что французы сами не будут в состоянии совершать быстрых движений. Действительно, русские войска находились в тяжелом положении. Войска 1-й армии быстрыми маршами успели сосредоточиться 27 июня в Дрисском лагере, но здесь обнаружились все его недостатки, делавшие из него своего рода ловушку для русских войск, которою Наполеон не замедлил бы воспользоваться. В день вступления в Дрисский лагерь в приказе по войскам, было объявлено, что «Дрисский лагерь является целью, к которой они стремились» и что «теперь предстоит новый случай оказать известную их храбрость и приобрести награду за понесенные труды», и таким образом выражена была готовность принять сражение с Наполеоном; теперь ожидали только известий от князя Багратиона, чтобы отступать еще далее, к Полоцку. Известия эти также были печальны. Подавляемый превосходными силами неприятеля, не допускавшими, его соединиться с Барклаем, Багратион, отбивая на каждом шагу нападения врага, отступал к Могилеву на Днепре и таким образом не мог сблизиться с 1-й армией. Вследствие этого и 1-я армия 4 июля вышла из Дрисского лагеря и двинулась по правому берегу Двины к Витебску, оставив на Двине для защиты Петербургской дороги корпус войск под начальством графа Витгенштейна, численностью до 30 000 человек.