Вскоре после возвращения в Рабаул корабль был отправ­лен в Давао, где он вместе с транспортом "Мёко-мару" при­нял на борт 2-й и 3-й батальоны 41-го пехотного полка, после чего повёз их в Рабаул, а оттуда — в Гона, где и выгрузил их 21 августа, после чего вернулся в Рабаул.

Конец августа — начало сентября 1942 г. "Киёкава-мару" про­вёл в Рабауле, периодически используясь в качестве плавучей заправочной станции. Впрочем, это не мешало его авиагруппе активно действовать — её самолёты долетали даже до Порт- Морсби. 18 сентября корабль покинул Рабаул и отправился в Йо­косука, куда прибыл 26-го числа. Там он получил нового коман­дира — капитана 1 ранга Хигути Ко, до того командовавшего зна­менитой истребительной авиагруппой "Тайнань".

2 октября "Киёкава-мару" покинул Йокосука и взял курс на Рабаул, но добраться до него без происшествий кораблю не удалось: 11 октября в проходе Сент-Джордж неподалёку от Рабаула его атаковал Локхид "Хадсон" из 6-й эскадрильи RAAF, заявивший о двух прямых попаданиях 113-кг бомб. После ре­монта, проведённого в середине октября с помощью плавмастерской "Хаккай-мару", гидроавианосец продолжал отстаи­ваться в Рабауле. Только один раз в начале ноября "Киёкава- мару" сходил в Буну с грузом боеприпасов и других предметов снабжения для японских войск на Новой Гвинее.

29 ноября "Киёкава-мару" вышел из Рабаула и направился в Японию, при этом его авиагруппа, оставшаяся на передовой, была включена в состав 958-й авиагруппы флота.

1 декабря 1942 г. приказом по внутренней службе №2212 гидроавианосец "Киёкава-мару" был исключён из списков флота. В тот же день приказом по внутренней службе №2213 судно было внесено в списки флота в качестве транспорта (приписка к BMP Йокосука при этом не изменилась).

Корабль прибыл в Йокосука 7 декабря, где и прошёл пере­оборудование в транспорт. При этом 13-го числа в командо­вание транспортом вступил капитан 1 ранга резерва Хара Сэйтаро.

В отличие от гидроавианосца "Киёкава-мару", транспорт "Киёкава-мару" путешествовал много, перевозя грузы и вой­ска по Тихому и Индийскому океанам. Так, уже 20 декабря 1942 г. "Киёкава-мару" покинул Йокосука и отправился на Трук, за­тем в Рабаул и на Шортленд, после чего вернулся в Сасэбо, а в конце января 1943 г. ходил в Шанхай.

Следующей задачей, поставленной перед транспортом, была перевозка подкреплений на Новую Гвинею. 3 февраля "Киёкава-мару" покинул Сасэбо и через два дня прибыл в Цин­дао, где на борт был погружен личный состав и снаряжение ча­стей 41-й дивизии. 7 февраля транспорт покинул Циндао и от­правился к островам Палау, куда прибыл 14-го числа. 21 фе­враля "Киёкава-мару" отправился с Палау в Вевак (остров Новая Гвинея) в составе небольшого конвоя, состоящего из транспортов "Киёкава-мару", "Ясукуни-мару" и "Укисима-мару", которых прикрывал эсминец "Исонами". В 12:20 24 фев­раля корабли прибыли в Вевак. После быстрой разгрузки конвой покинул порт в 04:30 следующего дня. 26-го конвой раз­делился, и "Киёкава-мару" отправился в Японию самостоятель­но (прибыл в Кобэ 13 марта).

В Японии транспорт прошёл ремонт и докование (в Йоко­гама; конец марта — середина апреля) и, кроме того, сменил подчинённость (с 1 апреля 1943 г. был подчинён 2-му Южно­му экспедиционному флоту, отвечавшему за центральную и восточную части Голландской Восточной Индии) и капитана (12 апреля должность принял капитан 1-го ранга резерва Фудзи­сава Такуо).

После этого "Киёкава-мару" отправился к островам Рюкю, а позднее — в Юго-Восточную Азию, где посетил Макассар и Сингапур. Вернувшись в Японию (Сасэбо) 26 июля, 12 авгус­та транспорт снова был отправлен на юг. Там его передали в подчинение Флоту Юго-Западного района (с 1 сентября 1943 г.), который отвечал за морскую оборону всей Юго-Восточной Азии.[* Фактически это был не флот, а группа флотов, поскольку его командованию подчинялись все Южные экспедиционные флоты.] Впрочем, обязанности "Киёкава-мару" от этого не из­менились (перевозка войск и грузов между базами), зато за­метно расширился район походов. В ноябре 1943 г. транспорт выходил даже в Индийский океан, дважды (6 и 23 ноября) до­ставляя грузы в Мергуи (Бирма) под эскортом миноносца "Кари". За время этой работы транспорту не повезло только один раз — 11 сентября у Макассара он получил незначитель­ные повреждения от атаки с воздуха.

26 декабря 1943 г. в командование транспортом вступил ка­питан 1-го ранга Оцука Мики, после чего "Киёкава-мару" про­должил путешествовать между портами Тихого (Сингапур, Сабанг, Амбон, Сурабая и т.д.) и Индийского (Порт-Блер на Ан­даманских островах) океанов. При этом с 23 по 30 июня 1944 г. транспорт прошёл ремонт в Сингапуре.

Поскольку военная промышленность Японии требовала всё больше ресурсов, 14 июля 1944 г. "Киёкава-мару", гружённый алюминиевой рудой, вышел из Сингапура в Модзи в составе кон­воя "ХИ-68". В составе конвоя, кроме 2 транспортов, было це­лых 5 танкеров, поэтому командование флота не поскупилось на эскорт, состоявший из минного заградителя и 5 кайбоканов. Конвой без приключений добрался до Манилы (в 13:00 20 ию­ля), которую покинул в 06:00 24-го. За счёт присоединивших­ся в Маниле судов конвой увеличился до 14 единиц, но вырос и эскорт, состоявший из авианосца "Кайё", 1 миноносца и 7 сто­рожевиков. Впрочем, даже такой эскорт оказался не в состоя­нии уберечь конвой от атак группы американских подлодок под общим командованием капитана 2 ранга Рёйбена Витаке­ра. При этом подлодка "Кревалле" (SS291), атаковавшая кон­вой в 15:40 25 июля, успеха не добилась, но зато "Флэшер" (SS249) самого Витакера, атаковавший конвой, по данным ра­дара в 02:11 26 июля, ухитрился шестью торпедами потопить 3 японских судна, в том числе танкер. Последней — в 03:58 26 июля — в атаку вышла подлодка "Энглер" (SS240). Из шести тор­пед, выпущенных лодкой из надводного положения, одна попа­ла в носовую часть "Киёкава-мару" в 04:00. С таким поврежде­нием корабль не мог угнаться за конвоем и в 06:55 отделился от него и отправился в Такао, куда прибыл на следующий день. В Такао его немного подлатали, но, похоже, возможности про­вести нормальный ремонт там не имелось. Поэтому 2 августа "Киёкава-мару" перешёл в расположенную неподалёку военно- морскую базу Мако (Бако),[** Ныне Магун на одноимённом острове в арх. Пэнхуледао (Пескадорские о- ва), в Тайваньском проливе.] где, наконец, отремонтировался. Покинув Мако 17 августа, транспорт осторожно двинулся в Японию, не стесняясь несколько раз бросать якорь в различных портах и бухтах. 28 августа "Киёкава-мару" пришёл в Курэ, где на следующий день на нём снова начались ремонтные ра­боты, совмещённые с усилением зенитного вооружения и на­несением (23-30 сентября) камуфляжной окраски. В результа­те "Киёкава-мару" покинул Курэ только 7 октября 1944 г. После нескольких рейсов между портами Японии 14 ноября транспорт снова включили в состав идущего на юг конвоя — "ХИ-81". Этот конвой подвергся форменному избиению американскими подводными лодками, но "Киёкава-мару" не пострадал и смог добраться до Такао, а потом также без повреждений в соста­ве конвоя "МАМО-5" добраться до Японии с грузом в 6000 тонн сахара.

После возвращения в Японию и очередного ремонта в Ку­рэ (в конце декабря) "Киёкава-мару" не покидал вод метропо­лии до 29 января 1945 г., когда вместе с конвоем "ХИ-93" вы­шел из Модзи на Хайнань. К тому времени опасность от аме­риканских подлодок была такой, что даже относительно неплохо защищённые конвои старались прижиматься к бере­гу и передвигаться только днём, останавливаясь на ночь в не­больших бухтах. В результате дорога до острова Хайнань и об­ратно в Японию заняла у "Киёкава-мару" почти месяц. Сразу по возвращении транспорт был отправлен в короткий рейс в Китай, по возвращении из которого Окада, ещё 15 октября 1944 г. произведённый в контр-адмиралы, был сменён на по­сту командира "Киёкава-мару" другим офицером.[*** Позднее Окада будет назначен командиром линкора "Нагато" и погибнет на его мостике 19 июля 1945 г. во время атаки стоящего на приколе линко­ра американскими авианосными самолётами.]