У 1591 році, коли Годунов послав його на чолі урядової комісії до Углича розслідувати заплутане діло з буцімто убивством засланого туди сина Івана Грозного, царевича Дмитрія, Шуйський і тоді вивернувся. Царевич був законним претендентом на трон — як син царя Івана. У той час як Борис Годунов законних прав на трон, який захопив, не мав. І доки царевич Дмитрій був би у цьому світі, доти Годунов і почувався б непевно. Годунов багнув знищити царевича як свого суперника, але намагався те зробити руками інших, аби не заплямувати себе на царстві. Для нього єдино прийнятливою була б версія загибелі царевича Дмитрія. А чутки тоді ходили різні. Одні заявляли, що Дмитрій таки загинув, інші — що він дивом таки уцілів. І це нервувало Годунова. Шуйський це добре знав, тож урядова комісія під його орудою ухвалила і винесла вердикт (той, що був зело потрібний Годунову!): буцімто царевич Дмитрій справді загинув — зарізавшись ножиком під час дитячих ігор, коли на нього напала падуча. Виходило, що царевич таки загинув, і загинув від нещасного випадку, бо ніхто його не убивав.
Це було офіційне рішення офіційної урядової комісії, і воно мало переконати, що: а) царевича немає в цьому світі, і отже, він не буде претендувати на трон; б) він сам «зарізався», цар Борис — як дехто пасталакає — тут ні при чім.
Борис Годунов рішенням слідчої комісії, що її очолив Василій Шуйський, лишився задоволений. І навіть похвалив Шуйського. Ще й по-панібратському поплескав його по плечу: правильно служиш, боярине і князю, так і далі служи.
І Шуйський служив.
Борис Годунов мовби став йому нарешті довіряти більше... І звідтоді Василій Іванович твердо-твердо підтримував цю версію, вердикт своєї комісії, що царевич Дмитрій мертвий і стояв на цьому горою, але...
Доти, поки при владі був Борис Годунов. Щойно він загадково й нагло помер у 1605 році, як колишній голова слідчої комісії по розслідуванню справи загибелі царевича Дмитрія раптом різко змінив свою думку. Але перед цим, у році 1604-му, ще за життя Годунова, як царевич Дмитрій з’явився на руському прикордонні, Шуйський на Красній площі при великому збіговиську народу кілька разів заявляв про те, що це самозванець, адже він, Василій Шуйський, ось цими руками хоронив справжнього царевича в Угличі. Заспокоєний цими запевненнями, цар Борис у січні 1605 року послав Шуйського з військом проти Дмитрія на допомогу пораненому князю Мстиславському. Новий воєвода, якого з Москви виряджало багато чиновних стольників і стряпчих, знайшов військо біля Стародуба в лісах, між засіками, де воно, підсилене дружинами, все ж ховалося від супротивника, дещо занепале духом від попередньої поразки.
Шуйський виступив до Севська, у нього тоді було 70-тисячне царське військо. Проти п’ятнадцяти тисяч у Дмитрія. І все ж претендент на руський престол завдав відчутного удару Шуйському та Мстиславському, хоч і змушений був відступити. Але Шуйський з Мстиславським, маючи значну перевагу в живій силі, чомусь не стали переслідувати Дмитрія, що й порятувало царевича від розгрому, а затіяли чи не до весни облогу міста Кроми. А тим часом у квітні раптово помер Годунов. Царем став його син Федір і відкликав Шуйського з Мстиславським до Москви як нездатних перемогти Дмитрія. Чи таких, що не хотіли цього робити. Швидше друге.
А в травні до Москви надійшла вістка, що царське військо присягнуло Дмитрію — грім серед ясного неба прогримів над Кремлем! А першого червня приїхали до столиці посли від претендента на царський престол — Наум Плещев та Гаврило Пушкін — і з Лобного місця зачитали грамоту на ім’я Шуйського і Мстиславського. Народ почав хвилюватися: а раптом Дмитрій і справді син царя Івана? Але інші запевняли, що насправді царевич несправжній, самозванець. Ось тоді й послали за Шуйським оголосити всенародно правду: чи справді він поховав царевича в Угличі в році 1591-му? Шуйський примчав і при всьому народові відповів, що царевич тоді врятувався від убивць, а замість нього був убитий і похований якийсь попович. Це й вирішило долю Годунових. Натовп увірвався до Кремля, Федора стягли з престолу й відправили під вартою до боярського дому Бориса, а через кілька днів молодий цар і його мати були задушені людьми Дмитрія. А брати Шуйські разом з князем Мстиславським спішно виїхали навстріч Дмитрію. Царевич їх прийняв в Тулі, спершу говорив з ними невдоволено, але згодом, змилостившись, простив їх...
А пізніше, як царевич із своїм військом і народом, що його вітав, підходив до Москви, Василь Шуйський знову заявив, що царевич тоді, у 1592 році, залишився в Угличі живим. Що нині до Москви йде не якийсь там Лжедмитрій, збіглий монах Гришка Отреп’єв, як розповсюджують чутки прихильники Годунових, а — СПРАВЖНІЙ ЦАРЕВИЧ ДМИТРІЙ ІВАНОВИЧ, СИН ЦАРЯ ІВАНА, а отже, законний претендент на російський престол. І Шуйському повірили — все ж таки колишній голова слідчої комісії, — і Москва зустріла урочисто царевича Дмитрія і проголосила його царем Росії.
Цар Дмитрій залишився задоволений такою заявою князя Шуйського — хрест князь цілував при всьому народові! — і пообіцяв його приблизити до себе і дати йому велику владу.
Василій Іванович теж лишився задоволений — обіцянками нового царя і тим, що він не прогадав, як почалася Смута, а правильно зорієнтувавшись, прийняв єдино вірне рішення, приставши на бік царевича Дмитрія. (Чи вцілів тоді в Угличі у 1591 році малолітній син царя Івана чи ні, Шуйський на той час вже й сам не пам’ятав достеменно, та й суть була не в тому, пам’ятав він чи ні, а в тому, що вибрав того, хто переміг і став царем.)
Шуйському вірили.
Шуйський старався, — а міг він багато що, — вірно служив новому цареві, але... Час ішов, спливали місяці, а новий цар всупереч своїм обіцянкам все не приближував Шуйського до себе і до влади. Він за нього просто забув — в ейфорії своєї перемоги, а потім багатоденного весілля з царицею Мариною...
Шуйський образився (а він був надто образливим, хоч і вмів, як треба було, приховувати свої образи) і затаїв проти царя ненависть: ти мене обманув, пообіцявши вділити мені влади, не виконуєш своїх обіцянок тим, хто тобі допоміг, — постривай же! Ти ще згадаєш Шуйського. Порожні твої обіцянки-цяцянки вилізуть тобі боком. Не вмієш цінувати вірних слуг, матимеш зайвих ворогів, а тобі вони зараз ні до чого.
І ось через торгових людей Москви (конкретно через торгівця Федора Конєва і якогось Костю-лікаря) поповзли чутки вражаючі. Буцімто їм сам Шуйський доручив таємно розповсюджувати в народі чутки, що насправді цар Дмитрій Іванович є самозванцем. І ті чутки стали поширюватися і поширюватися: Шуйський, мовляв, свідчить, що в Москві на престолі Лжедмитрій, який, захопивши владу, намагається викорінити православ’я, а навзамін йому запровадити католицизм... Влада заходилася розплутувати клубки тих чуток, вони й привели до князя Шуйського.
Князя Шуйського велено було схопити.
Князя Шуйського й схопили. Яко злочинця. Багато хто з бояр дивувався: коли ж це князь Шуйський говорив правду? Чи тоді, коли в угоду Годунову стверджував, що царевич в Угличі «насправді зарізався» і він сам поховав його «своїми руками», чи тоді, коли, рятуючись від можливих репресій — царевич Дмитрій вже підходив до Москви, — оголосив, що він, претендент на російський престол, є істинним сином царя Івана (замість нього тоді в Угличі, мовляв, було «зарізано» і поховано іншого, якогось поповича), чи тепер, коли він, знову помінявши свої показання, заявляє, що насправді цар Дмитрій є самозванцем?..
Земський собор заходився розбирати справу. Але як не піднімали на дибі князя Шуйського (а Москва здавна славилася своїми майстрами заплічних справ), він не видав своїх однодумців.
Князя Шуйського Земський собор засудив до смертної кари — за брехливі свідчення, що їх він міняв, та за розповсюдження шкідливих чуток, що їх він поширював, аби опорочити руського царя.
Справа, як кажуть, запахла смаленим.
Одночасно із засудженням Василія Шуйського до страти засудили і його братів — але тільки до позбавлення волі.
