Затем Моголы приступили к завоеванию Биджапура. Столица этого государства была дважды осаждена, но вследствие голода, начавшегося в лагере осаждавших (разоренные окрестные деревни не могли поставить продовольствие), а также разногласий среди могольских военачальников войска отступили.

В 1636 г. походы Моголов в Декан возобновились. Деканские государства по-прежнему враждовали между собой, при дворах царили интриги, феодалы истребляли друг друга, а могольские армии тем временем проходили по стране как насильники и грабители, оставляя за собой разоренные города и опустошенные деревни. Биджапур и Голконда не смогли оказать достаточно сильного сопротивления, они признали себя вассалами Могольской империи, обязались уплатить контрибуцию и вносить ежегодную дань.

Наместником Декана был назначен второй сын Шах Джахана — Аурангзеб. Для упорядочения сбора налогов в разоренной стране диван (глава налогового ведомства) Аурангзеба Муршид Кули-хан ввел новую налоговую систему, названную «дхара Муршид Кули-хана». Целью ее было привлечь крестьян на опустевшие земли путем раздачи денежных авансов — такави. Были также введены низкие ставки налога с орошаемых земель; сумма налогообложения устанавливалась путем переговоров между чиновниками и крестьянами, т. е. учитывалась возможность крестьян платить налог. Хотя феодалы кроме основного поземельного налога взимали еще около 14 прочих сборов, все же дхара Муршид Кули-хана постепенно привела к восстановлению крестьянских хозяйств на Декане.

Выступления против Моголов не прекращались, хотя хронисты и не отметили в то время крупных народных движений. В Пенджабе продолжали укрепляться сикхи, несмотря на три карательные экспедиции, направленные против них Шах Джаханом (1629, 1630, 1631 гг.). В Бенгалии непрерывно продолжалась вооруженная борьба с «разбойниками». В Доабе имели место крестьянские волнения, и против крестьян в 1629 г. были посланы войска, а в 1650 г. там же восстало племя мевати, которое бежало в джунгли; 10-тысячная армия Моголов, прорубив дорогу в джунглях, сожгла деревни мевати, а их самих увела в плен.

Народные выступления вели к сокращению поступлений налогов в казну. Голконда не платила Моголам той дани которую обязалась выплачивать в 1636 г. Между тем оскудевшая могольская казна рассчитывала на эту дань, поскольку Голконда была богатым государством. Характерной особенностью экономической жизни Голконды была сдача почти всего поземельного налога и всяческих сборов на откуп. Эта система была разорительна как для крестьянского, так и для городского населения. Однако она давала богатому человеку больше возможностей купить себе важную должность и стать сановником-феодалом. Так, разбогатевший персидский купец Мухаммад Сайд Ардистани содержал в Голконде крупный военный отряд, отвоевал часть Карнатика у княжества Виджаянагар, начал разрабатывать алмазные копи и стал главой финансового ведомства (мир джумла) Голконды. Он вошел в историю под этим должностным наименованием, которое и стало впоследствии его именем. Постепенно сосредоточив в своих руках все высшие должности, Мир Джумла превратился фактически в правителя государства. Между шахом Голконды и его могущественным сановником начались трения. В результате Мир Джумла тайно перешел на службу к Моголам.

Тогда шах Голконды заключил в темницу сына Мир Джумлы (1656 г.), что стало предлогом для вторжения Аурангзеба. Могольские войска ворвались в столицу Голконды — Бхагнагар (ныне Хайдарабад); шах заперся в крепости. Моголы осаждали ее два месяца, пока не был подписан мир, по которому часть территории Голконды отошла к Моголам, а население вынуждено было платить большую контрибуцию. Разграбление столицы и тяжелая дань привели к резкому повышению налогов; с этого времени начался экономический упадок Голконды.

После подчинения Голконды Аурангзеб с помощью войск Мир Джумлы вторгся в Биджапур. Однако в то время (1656 г.) тяжело заболел Шах Джахан. Поскольку в Индии не существовало права первородства и каждый сын падишаха имел равные права на престол, между сыновьями Шах Джахана началась борьба за трон. Любимцем Шах Джахана был его старший сын Дара Шукох, очень образованный человек, склонный к мистицизму. Он был связан с индусскими «святыми людьми» и писал суфийские сочинения, мечтая о слиянии ислама и индуизма. Однако он не имел боевого опыта, так как Шах Джахан продержал его всю жизнь при дворе. Его опорой были индусы-раджпуты, ожидавшие с его воцарением возврата к Акбаровой политике веротерпимости.

Другой сын Шах Джахана — Шах Шуджа был много лет наместником Бенгалии. Получив ложное сообщение о смерти Шах Джахана, он сразу же короновался и направился со своей армией в Агру. Дара Шукох разбил его войска. Однако, пока армия Дары была занята в Бенгалии, против него выступили другие сыновья Шах Джахана — Мурад, наместник Гуджарата, и Аурангзеб, наместник Декана. Борьба между четырьмя сыновьями Шах Джахана продолжалась больше двух лет и закончилась победой Аурангзеба, нетерпимого мусульманина, который действовал не столько силой, сколько хитростью и жестокостью.

Большую помощь Аурангзебу в борьбе за престолонаследие оказал Мир Джумла. Вступив на престол, коварный Аурангзеб поспешил удалить Мир Джумлу, назначив его наместником Бенгалии. Здесь Мир Джумла повел себя довольно активно. Он завоевал соседнее государство Ахом (в Ассаме). После смерти Мир Джумлы ассамцы восстали и изгнали из своей страны могольcкие гарнизоны.

Во время своего длительного правления (1658–1707 гг.) Аурангзеб непрерывно воевал войска то на север, то на восток, то на подавление все время вспыхивавших восстаний. Численность могольских войск возрастала, доходя до 170 тыс. конных воинов и нескольких сот тысяч обозников. Вместе с тем боевые качества могольских армий продолжали ухудшаться. Аурангзеб все чаще одерживал победа не умением воевать, а с помощью подкупа. На все это требовались огромные средства.

Военачальников и гражданских служащих стало гораздо больше, чем при Шах Джахане, и уже не хватало земель для раздачи в джагир. Доходы джагирдаров резко уменьшились, поскольку казна стала требовать с них различные дополнительные поборы; к тому же многие джагирдары были разорены военными действиями. Они не могли больше содержать полагающееся число всадников. Воины не получали жалованья иногда по нескольку лет, живя в это время главным образом за счет грабежа населения. Джагиры все чаще стали передаваться по наследству, хотя вплоть до XVIII в. джагир считался владением условным, служебным. Как и прежде, по смерти джагирдара его имущество поступало в казну, которая производила окончательный расчет. Но на это могло уйти много лет. В результате джагирдары стали просить, чтобы джагиры заменили выдачей жалованья из казны. Правительство отказало им в этой просьбе.

Правительство, испытывавшее недостаток средств, джагирдары, лишившиеся большей части своих доходов, армия, подолгу не получавшая жалованья, — все стремились поправить свои дела главным образом за счет земледельцев. Если при Акбаре нормой поземельного налога считалась 1/3 урожая, то при Аурангзебе — уже половина, а в действительности тяжесть налогов возросла еще больше. Чем больше взимали с крестьян, тем труднее было собирать налоги. Крестьяне во многих местностях уже не могли вести хозяйство и уходили с насиженных мест. В хрониках того времени содержится очень много жалоб на разорение и заброшенность деревень.

Недоимки старались собрать с оставшихся крестьян, все чаще применяя принцип круговой поруки. Не удивительно, что голод постоянно поражал то одну, то другую область страны. Особенно сильным был голод в Декане в 1702–1704 гг., когда погибло больше 2 млн. человек Поправить экономическое положение можно было, только снизив налоги и сделав труд земледельца приносящим хоть какой-нибудь доход. Но правительство, вынужденное изыскивать средства на военные расходы, не желало уменьшать налоговое бремя. Феодальные круги, наоборот, все увеличивали свои налоговые требования к крестьянству.