Противоречия между старым и новым течением в ордене оказались неразрешимыми. Основатели не могли принять новых порядков, а новые братья — вернуться к старым.

Большая часть членов ордена поддерживала ученых клириков, потому что они ратовали за введение более мягких правил и выступали за переход к оседлому образу жизни. Сторонники смягчения устава пользовались поддержкой церковных властей.

Новый францисканский устав — основной документ, регулирующий жизнь ордена, — был утвержден в 1221 году, а в 1228, вопреки завещанию Франциска, Папа Римский заменил существующий устав на другой, менее строгий. Начиная с Григория IX, Папы меняли правила францисканского ордена, стараясь укрепить свою власть над ним.

Новые францисканцы считали, что без развитой системы образования орден не сможет успешно развиваться. Поэтому требовались школы, для их организации которых нужны были денежные средства и оседлый образ жизни.

Франциск не мог спокойно относиться к подобным переменам. Не имея сил исправить создавшееся положение, он отошел от руководства, которое взяли в свои руки министры, назначаемые церковью. Основатель ордена сделался рядовым членом францисканской общины и вместе с небольшой группой верных сторонников стал жить по первоначальному варианту устава.

Однако все попытки личным примером наставить на путь истинный братство миноритов не имели успеха.

Никто из новых членов общины не желал выполнять строгие и жесткие правила, установленные орденом.

Франциску было больно наблюдать, как созданная им община превращается в монашеский орден в традиционном смысле этого понятия. Францисканцы стали занимать церковные должности, у них появилась собственность и материальные интересы. Основатель ордена все чаще уединялся и, как раньше, в одиночестве бродил по окрестностям Ассизи. Постоянные посты, пренебрежение ко всяким удобствам не могли не сказаться на его здоровье. Он стал часто болеть, но не желал изменить образ жизни. В 1224 году ежедневные молитвы и религиозный экстаз вызвали у Франциска появление стигматов — незаживающих язв на тех местах, где предположительно находились раны распятого Христа. В 1226 году после продолжительной болезни Франциск умер.

После смерти основателя ордена в Ассизи, над его могилой, был выстроен первый францисканский храм в готическом стиле. Через два года после смерти Франциск был канонизирован Папой Григорием IX. Появилось множество рассказов и легенд о жизни основателя ордена, которые вошли в сборник «Цветочки».

Старые сподвижники Франциска всегда оставались в меньшинстве, хотя и у них прибавлялись сторонники; с каждым годом все непримиримее становились противоречия в руководстве ордена. Братья, оставшиеся верными заветам Франциска, стали подвергаться гонениям после того, как во главе ордена встал Илья Кортонский.

Хотя все владения францисканцев формально находились в собственности католической церкви, обет нищеты фактически был нарушен. У ордена не было, как у других, обширных земельных угодий, однако размеры движимого имущества существенно увеличились; доходы от пожертвований, по-прежнему именуемые милостыней, значительно возросли. Основа апостольского идеала — бродячая жизнь — подверглась ограничениям.

Таким образом, от первоначальной простоты и чистоты францисканского ордена сохранилась только видимость. Перемены, произошедшие во внутреннем устройстве, замечали далеко не все — мало кто из простых людей и даже из самих членов ордена понимал, насколько велика разница между старыми и новыми порядками.

С каждым годом внутри ордена нарастали противоречия. Ревнители чистоты учения Франциска — зилоты — противостояли ученому клиру. В свою очередь, эти два направления боролись против сторонников неограниченного смягчения францисканских правил.

В 1247 году генеральным министром францисканского ордена стал Иоанн Пармский, сторонник зилотов. Прежде чем занять этот пост, он учился в Париже, где познакомился с трудами популярного в среде ревнителей учения Франциска Иоахима Флорийского (Иоахима дель Фьоре). В результате этого в среде зилотов появился и распространился особый вид псевдоиоахимовской литературы, которая предсказывала приближение падения церкви и наступление Царства Святого Духа. Франциску при этом отводилась важнейшая роль преемника Христа.

Иоахиты обличали недостатки церкви, корысть и стяжательство ее служителей, указывали на пап как на извратителей учения Франциска. Церковь не оставалась в долгу — преследовала иоахитов и оказывала еще большую поддержку правлению ордена. Написанный францисканцем Герардином трактат «Введение в вечное Евангелие», где произведения Иоахима толковались в свете учения зилотов, был сожжен, а его автора отправили в тюрьму до конца жизни.

К концу XIII века во францисканском ордене окончательно оформляется течение спиритуалов, противостоящее большинству — конвентуалам. Спиритуалами, то есть духовными людьми стали называться иоахиты, несмотря на то что сами они давно не выполняли многих заветов Франциска: жили на одном месте, владели имуществом, занимались научной работой. Тем не менее иоахиты свято отстаивали свои идеалы.

В Южной Франции главным представителем спиритуалов в конце XIII века был Петр Оливи, в Марке Анконской ими руководили Анджело Кларено и Либерал, в Северной Италии и Тоскане предводителем спиритуалов был Убертино да Казале.

Группа спиритуалов Марки Анконской сумела отделиться от ордена, приняв имя «бедных еремитов Целестина» по имени Папы Целестина V, который покровительствовал им. После смерти Целестина его преемник Бонифаций VIII запретил это братство и спиритуалы вынуждены были вернуться в орден францисканцев.

Петр Оливи не стремился порывать с церковью, толкуя теорию Иоахима не так, как радикальные иоахиты, — он считал, что переход к Царству Святого Духа не будет осуждением церкви, а естественным ее развитием. Последователи же Петра Оливи находились на более резких по отношению к церкви позициях, чем он, и не прочь были отделиться от францисканцев.

Самое радикальное направление представлял Убертино да Казале, который считал пап слугами Антихриста из-за того, что они изменили заветам Франциска. Он обличал недостатки современной ему церкви и осуждал конвентуалов за нарушение обета нищеты.

Огромное сходство со спиритуалами было у сторонников различных движений за пределами францисканского ордена. Герардо Сегарелли в 1260 году организовал орден апостольских братьев, которые проповедовали на улицах Пармы и просили милостыню. Церковь отнеслась к этому ордену очень отрицательно и упразднила его в 1285 году. В 1300 году Герардо Сегарелли сожгли на костре.

Уцелевшие апостольские братья собрались вокруг Дольчино, который выражал не только религиозные, но и социальные устремления народа. Это революционное движение также потерпело фиаско, а в 1307 году Дольчино повторил судьбу Сегарелли — был сожжен.

Во Франции и Германии также возникли группы еретиков — фратичеллы, бегины и бегарды, часть из которых вышла из францисканских терциариев. Они были очень близки по духу спиритуалам и терпели за это гонения от церковных властей.

Между двумя течениями в ордене францисканцев — спиритуалами и конвентуалами — все время возникали распри и споры. Папа Климент V выпустил специальную декларацию, чтобы восстановить единство ордена, но успеха не добился. Иоанн XXII пошел другим путем. Он издал официальное постановление, в котором заявил, что Иисус Христос и апостолы собственностью владели, и, следовательно, стремление к нищете нельзя оправдывать их примером. Каждого, кто не соглашался с этим утверждением, Иоанн XXII объявлял еретиком.

В 1323 году Иоанн XXII передал все имущество, которое прежде находилось только в пользовании францисканцев, в их полную собственность. Спиритуалы стали подвергаться преследованиям как еретики, некоторые из них за отрицание права папы изменять францисканский устав были сожжены в Марселе.

Действия Иоанна привели к расколу ордена на две части — большая часть францисканцев отошла от папы и стала искать защиты у императора Людовика Баварского. Передача имуществу в собственность означала для миноритов потерю прочных связей с церковью и ее покровительственного отношения, но это было не самым главным. Став собственником, орден должен был поставить крест на своей, пусть давно формальной, нищете. Для францисканцев это было неприемлемо, и они долго вели борьбу с Римом.