Чтобы избежать преследований со стороны церкви, Франциск вместе с несколькими учениками в 1210 году посетил Рим и добился аудиенции у Римского Папы Иннокентия III. Франциск отдавал себе отчет в том, что будет трудно убедить папу в чистоте своих намерений, и очень беспокоился за исход встречи.

Иннокентий III далеко не сразу поверил в искренность Франциска и его учеников, которые не желали ничего, кроме позволения продолжать свою деятельность на избранном поприще — то есть жить в нищете, просить милостыню и проповедовать Слово Божие простому народу. Францисканцы вручили папе для утверждения устав братства, в основу которого легла Нагорная проповедь Христа; они хотели только следовать Евангелию «по букве и без перетолкований», как сказал Франциск. Кардиналов и папу очень удивили столь скромные просьбы просителей.

Один из кардиналов долго уговаривал Франциска отказаться от намерения создать собственную религиозную общину. Чтобы проверить искренность необычного проповедника, за ним даже установили слежку, но не смогли обнаружить никакого подвоха.

Франциск был не слишком силен в богословских вопросах, но все-таки ему удалось заставить кардинала поверить в то, что он преследует только благие цели. Возможно, прелат осознал, что францисканцы смогут принести пользу католической церкви, укрепив ее престиж, и постарался убедить в этом папу.

В конце концов Иннокентий III, на которого произвели впечатление обаяние и внутренняя сила Франциска, ответил согласием на его просьбу, но при этом заставил выбрить на голове тонзуру по примеру других монахов и принести клятву верности папе. Каждый из членов братства должен был почитать священников, причащаться и исповедоваться. Минориты, ставшие теперь служителями церкви, уехали из Рима счастливыми.

Францисканцы проповедовали во всех селениях, которые встречались им по дороге домой. Они с таким воодушевлением говорили о простых вещах — покаянии, сострадании и любви к ближнему, что слушающие их люди не могли оставаться равнодушными. Нищие и оборванные проповедники мгновенно начали пользоваться популярностью у простого народа.

Вернувшись на родину, францисканцы избрали местом проживания небольшой заброшенный дом, называемый Риво Торто, который находился в окрестностях Ассизи. Благословение Папы Римского очень возвысило миноритов в глазах горожан, которые уже не вспоминали о том времени, когда издевались над Франциском. Ему даже предложили читать свои проповеди в соборе.

Когда Франциск начал призывать к покаянию с кафедры собора, у него появилось огромное количество новых последователей. Францисканцам стало тесно в Риво Торто, и в их владение передали часовню Марии Порциункулы, возле которой минориты построили несколько хижин. Лес, окружавший часовню, служил местом для собраний.

Францисканцы странствовали по Италии, распространяя евангельское учение, и несколько раз в год собирались у церкви Порциункулы, чтобы поделиться друг с другом впечатлениями о странствиях и побеседовать о Боге. Братья проводили на одном месте несколько дней, а затем снова отправлялись в путь.

Со временем количество членов францисканского ордена увеличилось до такой степени, что все братья уже не могли собраться у Порциункулы даже один раз в три года. Францисканцы вышли далеко за пределы Италии — в 20-х годах XIII века они странствовали уже по Германии, Франции и Испании. На собрания теперь стали приезжать только представители от отдельных францисканских объединений. В 1220 году общины миноритов появились в Англии, в 1228 — в Венгрии, затем в Польше, Бельгии, Норвегии, Дании и Исландии.

С согласия Франциска возникла женская организация миноритов, которую возглавила Клара, впоследствии канонизированная церковью. Она была дочерью одного зажиточного жителя Ассизи, но отказалась от своего богатства и пошла за Франциском.

За время путешествий миноритам часто приходилось останавливаться в одном и том же месте по несколько раз; поэтому у них постепенно начали завязываться отношения с местным населением, появились постоянные места ночлега, называемые еремиториями. Так как количество странствующих братьев все время увеличивалось, еремитории редко оставались пустыми и с течением времени превращались в относительно постоянные места проживания францисканцев.

Франциск, увидев, насколько большой популярностью пользуется созданная им община у широких народных масс, загорелся идеей распространить христианство в мусульманских странах. В 1219 году Франциск поехал в Египет и попытался обратить в свою веру султана, который, хотя и принял проповедника очень хорошо, но отказаться от ислама не пожелал.

За время отсутствия Франциска в основанном им ордене произошли серьезные изменения. Минориты отошли от первоначальных идеалов нищенствующего ордена; они даже выстроили себе обитель. Франциск был огорчен тем, что его наставления забылись, но Папа Григорий IX убедил основателя ордена смириться с существованием обители.

В связи с ростом францисканского братства возникла необходимость изменения его устройства. Во главе отделений францисканцев теперь стояли провинциальные министры, которые подчинялись генералу. Время от времени для решения общих вопросов созывались соборы. Орден францисканцев стал напоминать традиционные монашеские организации.

В 1220 году Папа Гонорий III (1216–1227) издал буллу, которая регламентировала порядок вступления в братство миноритов. Если раньше можно было свободно войти в братство и также свободно выйти из него, то теперь новичку следовало выдержать год испытательного срока, после которого он становился членом ордена и уже не мог покинуть его. В этой же булле папа поместил предупреждение о том, чтобы братство не принимало в монахи людей, не признающих авторитета церкви.

Наряду с увеличением числа братьев, изменялся их социальный состав. Если раньше в ордене состояли в основном выходцы из крестьян, то теперь в него стали вступать образованные люди, в частности представители духовенства.

Некоторых людей минориты привлекали тем, что они посылали надежду и утешение, которых не могла и не хотела дать церковь. Рост популярности францисканцев привел к тому, что к ним стали присоединяться люди, привлеченные исключительным положением ордена. Для многих новичков тяжело было отказаться от привычного образа жизни и выполнять жесткие требования ордена. Новые члены ордена быстро оказались в большинстве и начали оттеснять от руководства первых францисканцев.

При такой расстановке сил основатели организации миноритов не имели возможности как следует разъяснить учение Франциска всем вновь прибывшим, и новые члены ордена понимали его по-своему. Это привело к искажению первоначальных идеалов учения Франциска и смягчению требований, предъявляемых к членам ордена.

Большинство новых братьев приветствовало всевозможные уступки и послабления. Они не могли и не хотели понять; что строгость устава и нищета основы францисканского ордена, без которых он станет практически неотличимым от прочих монашеских организаций.

Внутри ордена наметился раскол — появилось новое течение, которое возглавили достаточно образованные клирики. Церковнослужителей всю жизнь учили понимать Евангелие в переносном смысле, поэтому буквальное следование заветам Христа для них казалось не обязательным.

Представители духовенства считали, что важнейшей задачей францисканцев является противостояние различным ересям и повышение авторитета католической церкви. Клирики полагали, что хорошему проповеднику требуется не только вдохновение, но соответствующее образование и умение вести дискуссии на религиозные темы.

Франциск, привыкший воздействовать на людей только энтузиазмом, считал, что не подкрепленная искренней верой образованность может принести только вред. Однако новые францисканцы не желали оставаться в ограниченных рамках проповеди покаяния и стремились расширить сферу влияния. С тех пор как минориты проникли в такие крупные культурные центры, как Париж, первых францисканцев начали постепенно отстранять от проповеднической деятельности.