В таком положении орден оставался до конца XV века, когда буллу Иоанна XXII отменили и францисканцы вновь оказались под покровительством папы. На Констанцском соборе церковные власти вынуждены были для прекращения раздоров в ордене определить особое устройство для сторонников строгого следования учению святого Франциска — обсервантов. В 1517 году обсерванты полностью отделились от конвентуалов и организовали собственный орден, из которого в 1529 году, в разгар Реформации, выделились капуцины и алькантарские францисканцы, соблюдающие наиболее строгие уставы.

Многие монашеские ордена в период Реформации были вынуждены реорганизовываться, так как не могли справиться с возрастающей конкуренцией протестантов. Капуцины начали свою деятельность в Италии и постепенно распространились по многим странам Европы. Они проповедовали среди простого народа и во многом следовали заветам Франциска. Капуцины завоевали большую популярность; благодаря им католическая церковь смогла сохранить свое влияние на широкие массы народа.

Кроме францисканцев, которые принесли монашеские обеты, существовали и такие, которые продолжали жить в миру, заниматься своим делом и иметь семьи.

Они назывались терциариями и давали обет выполнять только некоторые обязательства религиозного свойства; к терциариям относили и женщин.

Организация францисканских терциариев была узаконена буллой Папы Николая IV в 1289 году. Количество членов, состоящих в организации при ордене францисканцев, в несколько раз превышало число самих монахов.

Объединения мирян существовали у многих монашеских орденов. Терциарии при францисканском ордене должны были регулярно читать молитвы, соблюдать посты и посещать церковь. В их обязанности входила помощь собратьям по ордену и всем бедным. Терциариям запрещалось служить в любых войсках, приносить клятвы, без которых можно обойтись, обманывать или клеветать и вести чересчур роскошную и веселую жизнь.

Каждый месяц члены организации собирались в церкви на мессу, по окончании которой им читал проповедь кто-то из монахов-францисканцев. У терциариев существовали должности руководителей, которых каждый год переизбирали, и общий денежный фонд, куда платили взносы все члены.

Если кто-то из терциариев заболевал, его собратья по очереди приходили проведать его, умершим организовывали похороны и заупокойные службы на общие деньги. Терциарии оказывали друг другу не только материальную, но и моральную поддержку, возносили молитвы за каждого из братьев.

Сначала организация терциариев находилась в ведении епископов, но со временем она была передана в полное распоряжение ордена францисканцев. Часто власти городов и деревень, в которых проживали члены организации, выражали недовольство тем, что терциарии не выполняют некоторых гражданских обязанностей, запрещенных им уставом, но папы направляли всю свою власть на то, чтобы уладить конфликты в пользу братства.

Для того чтобы вступить в организацию терциариев, не требовалось отказываться от собственности, следовало лишь помириться с врагами и все имущество, приобретенное неправедным путем, возвратить владельцам или раздать бедным. Женщинам для вступления в организацию требовалось разрешение от отца или мужа.

В конце XIII века у терциариев появились новые задачи. Теперь, кроме соблюдения всевозможных религиозных обязанностей, им было предписано всеми силами ограждать церковь от влияния ересей и каких-либо посягательств на ее права от светских властей.

В среде терциариев были широко распространены идеи спиритуалов, которые приобретали здесь самый радикальный характер. Многие терциарии в борьбе за чистоту учения Франциска организовывали еретические движения.

В братство терциариев в свое время входили многие известные люди: Христофор Колумб, Рафаэль Санти, Микеланджело Буонаротти, Елизавета Венгерская, Людовик Святой, Алессандро Вольта, Луиджи Гальвани и другие.

С 1257 года францисканцам было разрешено преподавать в университетах, и они, наряду с доминиканцами — своими вечными соперниками в области образования — достигли в науке и схоластической философии значительных успехов.

Орден францисканцев и организация терциариев при нем дали миру множество известных схоластических философов и ученых. Среди них можно выделить Роджера Бэкона (ок. 1214–1294), Уильяма Оккама (ок. 1285–1349), Дунса Скота (1270–1308) и генерала Бонавентуру (1221–1274).

Роджер Бэкон был разносторонне образованным человеком, имел обширные знания в математике, географии, физике и восточных языках. Но несмотря на широту взглядов, которая отличала его от других средневековых схоластов, он не оказал значительного влияния на современную науку из-за недоверчивого отношения к нему других философов.

Уильям Оккам входил в число наиболее выдающихся схоластов Средневековья, принимал деятельное участие в противостоянии францисканского ордена Риму во время раскола. Он был автором многих политических трактатов, где поднимал вопросы о разнице между светской и церковной властью.

Дунс Скот был одним из главных идеологических противников Фомы Аквинского, взгляды которого пользовались большой популярностью в доминиканском ордене. Учение Дунса Скота о свободе воли и о том, что бытие и сущность совпадают, нашло многих сторонников среди францисканцев.

Джованни Фиданца, или Бонавентура — глава ордена францисканцев, обладавший огромным авторитетом, — был причислен в XV веке к лику святых. Он являлся поклонником идей святого Августина и ярым противником Роджера Бэкона. Бонавентура считается одним из самых значительных церковных философов.

Францисканцы принимали активное участие в миссионерской деятельности, начало которой положил святой Франциск, — уже в конце XIII века один из францисканцев, Иоанн Монтекорвино, прибыл в Китай и основал там отделение ордена; примерно в то же время францисканцы посетили земли татар, славян и других народов.

Многие талантливые и образованные члены ордена помогали папам в достижении разных политических целей. Папа Римский Урбан IV в 1263 году отправил в Константинополь посольство из шести францисканцев с целью добиться примирения восточной и западной церквей, Григорий X также посылал в Византию в качестве своих представителей францисканских монахов — Раймунда Беренгария, Иеронима Эскудского, Бонавентуру и Бонифация. При Папах Иоанне XXI и Николае III послы-францисканцы продолжали свою деятельность в Константинополе.

Наряду с доминиканцами, францисканцы занимались делами инквизиции. В последнее десятилетие XIII века члены францисканского ордена были освобождены из-под юрисдикции местных епископов Папой Бонифацием VIII.

Они стали подсудны только собственным министрам и генералу. Таким образом папы превратили монахов в верных воинов, стоящих на защите Рима. Григорий IX в 1241 году разрешил братьям пользоваться покровительством и защитой людей, отлученных от церкви. Это разрешение давало возможность францисканцам жить в областях, не подвластных Папе Римскому, и беспрепятственно шпионить в пользу церкви.

Францисканцы приобрели большое могущество и стали участвовать в различных интригах, затеваемых папами против светских правителей. В этом им помогало то, что они были невероятно популярны среди народа и убеждены в правоте своего дела. Францисканцы по приказанию папы поддерживали или, наоборот, старались уничтожить неугодного Риму монарха, занимались розыском еретиков, торговали индульгенциями.

Члены доминиканского и францисканского орденов путешествовали из города в город и собирали свидетельские показания, позволяющие выявлять несогласных с церковными догматами и предавать их суду. Францисканские инквизиторы действовали в центральной части Италии, Провансе, Венсенне, Арле, Богемии и Далмации, иногда объединяясь с доминиканцами. Представители этих нищенствующих орденов казались папам наиболее подходящими для уничтожения несогласных с официальной церковью, так как не имели материальных и личных выгод от ареста подозреваемых.