Уже в 2003 г. «Яндекс» признан самым посещаемым (по версии «КОМКОНа») интернет-порталом в России: «Яндекс» — 48,9 % (от общего числа месячных пользователей Рунета), «Рамблер» — 39,8 %, Mail.Ru — 31,7 %, Mult.Ru — 9,9 %, Yahoo! — 8,6 %.

По состоянию на лето 2003 г. аудитория Рунета ранжировалась следующим образом (по данным ВЦИОМ): месячная — 9,9 млн человек, недельная — 6,9 млн человек, суточная — 3,2 млн человек.

Количество ежемесячных ответов «Яндекса» на поисковые запросы превысило 147 млн, что составило примерно половину всех запросов в Рунете. Оставшиеся поделили между собой «Рамблер», Mail.Ru, «Апорт», Lycos и другие. В этой связи 1 мая 2003 г. «Яндекс» заявил, что готов давать каждому жителю страны по одному ответу в месяц. Волож сказал следующее: «Для оценок аудитории применяют два метода: первый — инженерный (просто просчитывается количество загруженных страниц), второй — опросный (“КОМКОН”, Gallup). По их оценкам, к нам обращено до 75 % запросов».

В 2003 г. поисковая база «Яндекса» состояла из 15 млн проиндексированных сайтов Рунета.

9 июля 2003 г. «Яндекс. Новости» преобразились. Сравнив процесс перевоплощения новостного сервиса с симфонией, Аркадий Волож следующим образом прокомментировал событие: «Это первый в Рунете опыт полностью автоматического составления новостной картины дня. Теперь посетитель главной страницы портала будет видеть пять главных новостей, заголовки которых обновляются в режиме реального времени. Все новости от полутораста источников, попадая в нашу ленту, группируются по сюжетам. Появилась также возможность отдельно просмотреть все тексты, фотографии, аудио— и видеофайлы, входящие в сюжет. Изменился и формат результатов поиска по новостям. Пользователь может получить новости, сгруппированные по темам. Для профессионалов по-прежнему бесплатно доступны подписки на новости по ключевым словам. Нам особенно приятно, что при подготовке новых новостей не пострадал ни один живой редактор — все делает автомат, и результаты получаются очень даже вменяемые. С некоторых пор я уже не смотрю вечером телевизор. Потому что все узнал из “Яндекса”».

2003 г. — победный год в жизни Воложа. Ощущение востребованности и даже простого человеческого счастья не покидало его. Именно в 2003 г. открылись знаковые сервисы — «Яндекс. Карты» и «Яндекс. Афиша», неизменно привлекающие миллионы посетителей портала. Среди новых сервисов отмечены поиск по блогам и форумам. В марте 2003 г. изменены алгоритмы «Яндекса», отвечающие за релевантность выдачи, что привело к изменениям в результатах поисковых запросов. «Яндекс. Карты» станут не просто одним из базовых сервисов компании. Карты городов, стран, изображения домов и офисов (2008), панорамы улиц (2009), народная карта (2010), ДТП, пробки, построение маршрута на общественном транспорте и время в пути, голосовой и мобильный картографический поиск — этот набор по сей день является одним из важнейших крючков привлечения пользователей и рекламодателей на всех рынках, где работает «Яндекс». Причем «Яндекс. Карты» станут одним из самых популярных сервисов, уступая разве что поиску, картинкам и почте, но превосходя погоду по числу уникальных пользователей. Покупка в 2010 г. ООО «ГИС Технологии» позволила приступить к монетизации сервиса и получить лицензию на картографическую деятельность в России; а контракт со «Сканэкс» в 2011 г. дал возможность охватить около 10 млн квадратных километров земной поверхности. Ориентир для «Яндекса» очевиден: сервис Google.Maps содержит карты всех стран. Впрочем, в первой половине 2000-х гг. и Google в качестве национального конкурента не просматривался, и глобальных планов еще не стояло на повестке дня.

Но именно тогда незаметно, исподволь, рождалась новая эпоха, новая культура, новое поколение людей, которые не смотрят телевизор, потому что они все могут получить в Интернете.

И в этом смысле роль «Яндекса» в современной общественной жизни — это роль пионера, первопроходца, законодателя, основоположника. Роль, востребованная обществом, востребованная без назидания, давления и агрессии. Просто потому, что так удобнее, современнее, естественнее.

Период безраздельного господства «Яндекса» продлился около трех лет, когда компания была недостижимым лидером Рунета. Золотой век «Яндекса» был недолгим, но и нельзя сказать, что беззаботным.

Впервые «Яндекс» по-настоящему стал нуждаться в подготовленных программистах и менеджерах по продажам еще в 2003 г. Сотрудников, по словам Воложа, было «вдвое меньше, чем надо… в “Яндексе” сейчас полторы сотни человек, треть из которых — разработчики, но этого недостаточно, чтобы развивать два десятка продуктов».

Спустя десять лет эти цифры кажутся мизерными. Но кадровый голод был настоящий. Ушла безвозвратно в прошлое инерция счастливого советского времени, когда был переизбыток не просто талантливых, но и профессионально подготовленных специалистов во всех отраслях.

Структура компании, по словам Воложа, выглядела на тот момент следующим образом: «Примерно треть состава — программисты. Далее отдел эксплуатации — это сотни серверов. Отдел менеджеров. И ассистенты менеджеров, следящие за качеством контента: одних новостных источников около полутысячи. Ну и, конечно, служба поддержки пользователей. Они получают сотни писем в день. И благодарят, и просят помощи, и ругают. Последнее — очень полезно. Если человек не смог разобраться с какой-то кнопкой, то значит с ней надо разбираться нам, авторам».

Но и эта структура была из прошлого. Динамика развития бизнеса, а главное, давление рынка уже выдвигали новые требования к структуре компании, ее управляемости, ее адекватности. Настал критический момент, который случается в любой компании: содержание перестало соответствовать форме. Правильный ответ на этот вызов означал новый вектор судьбы в жизни «Яндекса» и Воложа. Неверный ответ означал деградацию.

24 июля 2002 г. в рамках совместной с группой PayCash компании ООО «ПС Яндекс. Деньги» был запущен знаковый проект — электронная платежная система «Яндекс. Деньги», крупнейший на сегодняшний день сервис электронных платежей в Рунете.

PayCash привнесла в проект технологию платежной платформы, а «Яндекс» — массовую аудиторию. Запуск программного комплекса потребовал $2–5 млн. Платежи в системе «Яндекс. Деньги» приватны. Чтобы подключиться к сервису, поначалу надо было бесплатно установить на своем компьютере программу «Интернет. Кошелек», к которой автоматически открывался счет (в 2005 г. будет реализована технология, которая позволит не скачивать программу: достаточно будет просто зарегистрироваться в системе). Деньги на этот счет можно было отправить любым способом, точно так же, как на счет в банке. При этом, например, при покупке товаров через Интернет у клиента остается полноценный электронный документ, подтверждающий обязательства продавца. Электронные деньги переоформляются в реальные, и сделать это можно было разными способами: отправить на свой обычный банковский счет, перевести на пластиковую карту, снять наличными. За вывод денег из системы «Яндексом» бралась комиссия в размере 1 %, также была комиссия агента (от 0 до 8 %; 0 % — в Сбербанке). Сроки проведения операции вывода — от 1 до 7 дней (почтовым переводом — до 14 дней). 14 ноября 2002 г. «Яндекс. Деньги» получили первое в истории России специализированное банковское свидетельство для системы интернет-платежей.

Со временем «Яндекс. Деньги» станет крупнейшей в России системой электронных денег, причем вполне успешно противостоящей конкурентам, включая пришедшие со временем в Россию иностранные платежные системы, среди которых Webmoney, «Qiwi кошелек», Delta Key, IntellectMoney, Money Money, MoneyMail, RBK Money, WebCreds, Webtransfer, ZPayment, «Монета. Ру», «Рамблер-Плюс» и т. д.

Выкупив в начале 2008 г. 50 %-ную долю платежной системы «Яндекс. Деньги» (за $1–2 млн) у компании PayCash, управляющая структура Yandex N.V. стала стопроцентным владельцем компании ООО «ПС Яндекс. Деньги», созданной вместо ООО «Яндекс. Деньги». На тот момент среднемесячный оборот «Яндекс. Денег» приблизился к 500 млн рублей. А годовой оборот «Яндекса» в 2007 г. достигнет $167 млн.