Комиссия «всячески старалась извлечь из него признание, увещевала его сама и через священника и, наконец, водила в застенок для устрашения пыткою, но ни тем, ни другим до желаемого сведения он не был доведён, а утвердился на своём показании». Трудно сказать, что побудило старого солдата стоять на своём. Возможно, здесь сказалась огромная вера в справедливого «надежду-государя». По приговору Тайной экспедиции, утверждённому Екатериной, Бабаев был наказан кнутом в «четырех местах, в том числе напоследок в Сорочинской крепости, где от него вышесказанное разглашение последовало».
Москва в 1774 году полна была слухами о Пугачёве. В такой напряжённой обстановке Тайная экспедиция, и особенно её московская контора, развернули активную деятельность против всяких проявлений сочувствия к восставшим. К 1774 году относится много дел о привлечении к следствию дворовых, ремесленников и другого люда за распространение слухов. В апреле в розыск был взят крестьянин Панкрат Абакумов, говоривший: «…был он на низу, и что Томского полку целая половина пропала, а оставшаяся половина супротивляется».
Тогда же производился розыск по делу Федора Гориянова, дворового человека отставного поручика Усова. На вопрос целовальника: почему у него, Гориянова, сапоги худы, Гориянов убеждённо отвечал: «Дай Бог здоровья Петру Фёдоровичу, а у него сапоги будут». Во время розыска выяснилось, что и другие дворовые часто говорили между собой о Пугачёве, что он подлинно Пётр III, что у него много войска, что он скоро будет в Москве и «они все будут за него стоять, и если бы они были отданы в солдаты, то они бы все пошли к нему на службу». Повар Ремесленников добавлял, что Пугачёв не только скоро будет в Москве, но что он ещё «белопузых дворян всех перерубит». Дворовых людей били плетьми.
В июне 1774 года Тайную экспедицию поступил донос от отставного прапорщика Зубова на крестьянина Петра Пономарёва, работавшего у него плотником. На вопрос Зубова, почему он в худом кафтане, плотник ответил, что «взять негде, потому что часто с него на казначейские расходы сходится по рублю. Вот уж придёт государь, то что-то им будет», – добавил он. На вопрос, какой государь придёт, Пономарёв отвечал: «Государь наш и новый царь».
Солдаты Нарвского пехотного полка Ларион Казаков и Никита Копнин в мае 1774 года были осуждены Тайной экспедицией к наказанию шпицрутенами «через полк шесть раз», что фактически означало верную смерть, за намерение бежать из полка к Пугачёву.
Солдаты Преображенского полка, расположенного в Петербурге, Ляхов, Мясников и Филиппов были пойманы уже в Новгородской губернии. В Тайной экспедиции они сознались в намерении «идти на службу… к Пугачёву… чая получить от него… награждение». Они были наказаны в экспедиции плетьми и отправлены на каторгу в Таганрог, где должны были употребляться «в тяжких казённых работах».
Оброчный крестьянин Пётр Емельянов, находясь по торговым делам своего помещика в Голубенской станице на Дону, говорил местным крестьянам: «У нас де ныне большая попутка, разве у вас не слышно, что государь Пётр Фёдорович явился в Оренбург и набрал до семисот тысяч. Пишет он, чтобы государыня не дожидалась его, а шла в монастырь. А крестьян он всех хочет от бояр отобрать и иметь их только своим именем». Схваченный за такие разговоры в Воронеже, Емельянов был доставлен в Казанскую секретную комиссию и умер под кнутом.
Те же надежды высказывал и другой крестьянин Ульян Филатов, называя Пугачёва государем и говоря: «Он всех бояр будет казнить, и ежели бы де была его, Филатова, воля, и он бы боярский род перевёл». По розыску стало известно, что подобные разговоры Филатов вёл уже несколько недель. В последнем разговоре он делился: «Слава де Богу, недолго нам за господами жить, потому что ныне идёт к нам Пётр Фёдорович и всех крестьян отпишет на себя, а господ перевешает».
Распространение крестьянской войны на внутренние губернии и успехи повстанцев вызвали панику среди правящих кругов России.
«Мысли о Пугачёве не выходят у всех у нас из головы, – писал Андрей Болотов, – и мы все удостоверены были, что вся… чернь, а особливо все холопство и наши слуги, когда не въявь, так втайне, сердцами своими были злодею сему преданы, и в сердцах своих вообще все бунтовали, и готовы были при малейшей возгоревшейся искре произвести огонь и пламя. Пример бывшего незадолго в Москве страшного мятежу был у нас ещё в свежей памяти, мы не только подобного тому опасались, но и ожидали того ежеминутно… Мы на верность и самих наших слуг не могли никак полагаться, а паче всех их, и не без основания, почитали ещё первыми и злейшими нашими врагами, а особливо, слыша, как поступили они в низовых местах со своими господами, и как всех их либо сами душили, либо предавали в руки и на казнь…»
В сентябре 1774 года после поражения крестьянской армии у Сальникова завода Воронежской губернии был пойман крестьянин дворцового села Кирсанова Тамбовского уезда Иов Мосякин, выдававший себя за Петра III, и группа его сторонников: отставной капрал Иевлев, однодворец Алексеев, священник Фёдор и другие. Называя себя Петром III, Мосякин выдавал крепостным вольные от помещиков. Дело это рассматривалось Тайной экспедицией как имеющее крупное политическое значение, к розыску было привлечено много лиц, о нём докладывалось Екатерине. Приговор, вынесенный Мосякину, был жесток – «оного злодея казнить в Воронеже отрублением наперёд рук и ног, а потом головы и положить злодейский труп его на колесо, а голову и руки, и ноги отослать в село на колесе, воткнуть на спицы».
В июне 1774 года из села Долгие Колодцы Ливенского уезда от своего помещика к Пугачёву бежала группа крепостных. И «пришли к городу Казани дня за два до разорения того города, – показал один из них, Неустроев, после поимки. – Пугачёв дал им каждому по два пистолета, по сабле и по казачьему платью, да денег по 20 рублей» и послал «его, Неустроева, и ещё помещичьих беглых людей шесть человек в разные места с письмами уговорить народ, чтобы собирались и приходили к нему. Почему они все семь человек и поехали, а именно: первый – в Малороссию с письмом от Пугачёва и от майора Савенкова, а к кому – не знает, второй – к Тамбову в деревню помещика Исакова, третий – в Воронеж к однодворцам, четвёртый – в Орловский уезд в деревню прапорщика Скорятина, пятый – в Рыльский уезд, шестой – в Чугуевский и Изюмский уезды в слободу Гнилую к сотнику Жирошкину. А он, Неустроев, поехал с такими же письмами в Полтаву». Находясь на Украине, Неустроев «встречающимся людям в разговорах сказывал, чтобы шли к Пугачёву, уверяя их, что там и денег много дают и будет всем воля, чем и сманил трёх человек».
Сыск по этому делу не был закончен полностью – Неустроев умер под пытками. Тайная экспедиция ограничилась посылкой извещений «о посланных от… Пугачёва с письмами людях» воронежскому и белгородскому губернаторам, в Малороссийскую коллегию, графу Панину и к князю Долгорукову.
Не все агитаторы Пугачёва кончали свою жизнь в застенках. Многие из них, успешно выполнив свою задачу, бесследно растворялись в народной массе. Об одном таком агитаторе Тайная экспедиция получила известие в марте 1774 года во время розыска по делу Ивана Козмина – дьячка Архангельской церкви села Семеновского Владимирского уезда. Козмин обвинялся в том, что, получив от едущего из Казани незнакомого ему серпуховского купца «известную выдуманную злодеем Пугачёвым бумагу и видя во оной злой Пугачёва вымысел, он не только оного купца не задержал, но ещё с самой той мерзкой бумаги списывал копию и читал при крестьянах…» Дьячок отделался неожиданно лёгким приговором. Ему было зачтено в наказание «крепкое в заключении более четырех месяцев содержание», потому что «по следствию открылось, что та бумага не самим им выдумана, но подлинно списана по глупому его любопытству». Дьячок был из-под караула освобождён. «А самого того бездельника, – с сокрушением отмечается в протоколе экспедиции, – у которого он (Козмин) ту бумагу списывал копию, не сыскано».
После подавления крестьянской войны и казни Емельяна Пугачёва Тайная экспедиция развернула широкую карательную деятельность. С 1774 года в Тайную экспедицию из Оренбургской и Казанской секретных комиссий начали доставляться протоколы; и розыскные дела. За это время экспедиция вынесла решения по 685 розыскным делам участников мятежа. Из них 177 были делами крестьян, 24б делами казаков, 22 – работных людей (преимущественно молотовых рабочих), 55 – башкир, татар, чувашей и других инородцев, 13 – солдат, 140 – священников и 29 – дворян (главным образом офицеров).
