Содержание доносов, а также сведения, поступавшие к ней, Тайная экспедиция проверяла и дополняла: вызывались и допрашивались свидетели, устраивались очные ставки, составлялись «вопросные пункты». Обвиняемые или свидетели или собственноручно писали показания, или с их слов составлялся протокол допроса чиновниками Тайной экспедиции, наконец, для проверки сведений, содержавшихся в доносах или в показаниях обвиняемых и свидетелей, чиновники Тайной экспедиции посылались в места, так или иначе связанные с данным процессом. Кроме того, аресты обычно сопровождались обысками, при которых забирались вещественные доказательства, в виде записок, писем, документов всякого рода и пр.; широко применявшаяся тогда перлюстрация также часто доставляла Тайной экспедиции важные сведения для производимого ею следствия.
Таким образом, следствие в Тайной экспедиции как будто обставлялось всеми необходимыми гарантиями для выяснения истины, но тем не менее следственный материал, сохранившийся в делах экспедиции, во многих случаях страдает дефектами. Так, например, в ряде процессов его участники делали ссылки на различных высокопоставленных лиц. Но в делах экспедиции ни одного случая допроса таких лиц нет; это, очевидно, считалось неудобным и нежелательным. Затем, и это особенно важно, Тайная экспедиция часто не интересовалась мотивами поступков и теми целями, которые ставили перед собой обвиняемые.
Наоборот, главной своей задачей чиновники экспедиции считали добиться признания подсудимого и раскаяния в содеянном, хотя известно, что признание не всегда открывает истину: всё зависит от того, при каких условиях это признание вины получено и в силу каких побуждений оно могло быть сделано. И тут перед нами один из самых важных вопросов для оценки следственного материала Тайной экспедиции: какими средствами она добивалась признания людей, попавших в её руки?
Екатерина не раз имела смелость заявлять, что в Тайной экспедиции при допросах не применялись телесные наказания. Так, например, в письме к А.И.Бибикову в Казань относительно действий секретной комиссии по делу пугачёвского восстания она писала: «Также при расспросах, какая нужда сечь? Двенадцать лет Тайная экспедиция под моими глазами ни одного человека при допросах не секла ничем, а всякое дело начисто разобрано было; и всегда более выходило, нежели мы желали знать».
Ещё раньше в своём «Антидоте», который был ответом на книгу аббата Шанпа «Путешествие в Сибирь», вышедшую в Париже в 1768 году, Екатерина пыталась представить всё дело с политическим розыском в России таким образом, что будто после уничтожения Тайной канцелярии не стало политического органа её заменившего: «Французский король и даже его министры сажают в Бастилию и там подвергают судилищу, на это устроенному, или суду какой-нибудь комиссии, кого им вздумается; у нас Тайная канцелярия делала то же самое, но с 1762 года она уничтожена, а ваша Бастилия существует».
Совершенно бездоказательны также рассуждения Екатерины относительно суда в России и соблюдения законов. «Я знаю, – писала императрица, – что во многих странах господствует заблуждение, будто в России заговоры столь же обыкновенны, как грибы после дождя». Это основано, по её словам, на неправильном представлении о Тайной канцелярии и её деятельности… «Публика, не зная законов и редко имея сведения о прямых приказаниях, иногда отдаваемых этому судилищу втайне, заключала, что всё происходящее там весьма важно, между тем как там часто судились лишь мелочи. И как скоро была упразднена эта канцелярия, все мнимые или предполагаемые заговоры тотчас прекратились. Невозможно, чтобы вещи изменялись в столь короткое время; они остались приблизительно такими же, какими были прежде, а, однако, те события ясно показывают, что эта канцелярия была пугалом, бесполезным для страны и весьма вредным относительно чужих краёв, в которых она посеяла заблуждение о непрочности правительства».
Через несколько лет императрица официально признала, что телесные наказания в Тайной экспедиции применялись. В указе 1 января 1782 года «О нечинении подсудимым при допросах телесных наказаний» констатировалось, что в некоторых губернских канцеляриях и подчинённых им учреждениях «для дознания по показаниям преступивших о действиях их истины расспрашивали не только самих преступников, но и оговариваемых ими под плетьми». Указ предписывал, чтобы «ни под каким видом при допросах никаких телесных истязаний никому делано не было, но в изыскании истины и облики поступало было, как в помянутом нашем указе сказано, по правилам X главы Комиссного наказа».
Показания современников тоже говорят, что телесные наказания в Тайной экспедиций применялись. Потёмкин, встречаясь с Шешковским, спрашивал его, как он «кнуто-бойничает».
В делах Тайной экспедиции имеются прямые указания на применение пытки к подследственным. Так, например, поприказу Екатерины в 1762 году был ей подвергнут «для изыскания истины с пристрастием под батожьём расспрашивай» Пётр Хрущёв, а потом и Семён Гурьев.
На сознание и «раскаяние» людей, попавших в Тайную экспедицию, должна была также оказывать сильное влияние вся та атмосфера, в которой протекала деятельность экспедиции, та репутация, которой она пользовалась у населения.
Всё следствие протекало в обстановке большой таинственности с угрозами и запугиванием, у подсудимого и свидетелей бралась подписка, что они никогда, никому, ни при каких обстоятельствах не будут рассказывать, что слышали и о чём говорили. Ни защитника, ни прокурора, ни судей обвиняемые не видели. По окончании следствия им сообщался приговор, вынесенный генерал-прокурором.
Из многих отзывов о Тайной экспедиции современников, познавших на себе её силу и воздействие, приведу слова В.В.Пассека. Описывая своё освобождение в марте 1801 года, он рассказывал, что встретил в Петербурге двух лиц (А,С.Макарова и Е.Б.Фуиса), «облегчавших, сколько было в силах их, впадавших оклеветанными в ужасную и самую невинность в содрогание приводящую тайную эксибдицию. Сей гидры главы я нашёл уже отсечёнными и превращёнными в прах божеством севера».
Практика Тайной экспедиции очень рано выработала стереотипную норму приговора. Начиная с даты ссылки на высочайшее повеление и указания на лиц, его постановивших (Глебов и Панин, Вяземский и Панин и т. п.), приговор обычно в очень сильных выражениях изображал вину осуждённого, однако в очень общей форме, без указания на конкретные деяния, место, время и обстановку их совершения; в ряде случаев сущность вины того или другого осуждённого и совсем не объявлялась. Так, тот же Пассек был сослан в Казань по обвинению «в признании важных непристойных слов, о коих Её Императорскому Величеству известно».
Не случайно именно Тайная экспедиция и её московская контора возглавили розыск по делам участников пугачёвского восстания, которым они исключительно занимались в течение всего 1774 и большей части 1775 года. Этим же розыском занимались и другие учреждения – губернские канцелярии, главным образом, районов, охваченных движением, и временные секретные комиссии из гвардейских офицеров, названные Оренбургской и Казанской. В состав комиссий наряду с гвардейскими офицерами входили и чиновники Тайной экспедиции. В этих комиссиях на следственные дела составлялись экстракты, которые направлялись в Сенат, где по ним в Тайной экспедиции выносились решения после получения соответствующих указаний от Екатерины, которая принимала самое деятельное участие в розыске. Приговоры Тайной экспедиции приводились в исполнение секретными комиссиями на месте. Все остальные дела участников восстания, не попавшие по тем или иным причинам в сферу деятельности этих секретных комиссий, рассматривались в обычном порядке в Тайной экспедиции.
Первым по времени, судя по протоколам, было дело лейб-гвардии сержанта Петра Бабаева. Он обвинялся в том, что при взятии Сорочинской крепости войсками восставших публично именовал Пугачёва «Величеством Петром Фёдоровичем… целовал у него руку. А после, смотря на него пристально и по разным сходным с покойным государем Петром приметам, признал его точно за истинного Петра, о чём всюду и всем сказывал и уверял».
