Позже в Тайной экспедиции появились новые лица. В 1794 году дела стал приводить в порядок А.С.Макаров. Эти дела после Шешковского оказались в большом «неустройстве», и Макарову понадобилось несколько месяцев. Макаров вступил в службу в 1759 году, был секретарём при рижском генерал-губернаторе Броуне, а потом служил в Петербурге при генерал-прокуроре Самойлове. При императоре Павле он был начальником Тайной экспедиции. Ермолов отзывался о нём как о человеке «благороднейшем и великодушном».
В том же 1794 году в процессе В.В.Пассека и других процессах этого года фигурировал В.СПопов, бывший в течение многих лет правителем канцелярии князя Потёмкина, а потом состоявший при кабинете императрицы. Но, по-видимому, эти лица не изменили того порядка, который сложился в Тайной экспедиции при Шешковском и князе Вяземском: и порядок ведения следствий, и форма приговора, и приведение его в исполнение оставались прежними.
Таковы были люди, которым принадлежала руководящая роль в проведении политических процессов в последней трети XVII века. Всё это были посредственные фигуры, действовавшие по шаблону, по трафарету. Ни Глебов, ни князь Вяземский, ни Самойлов не были, что называется, государственными людьми, и потому деятельность их носила узкий, ведомственный характер. Поэтому и следствия, которые велись под их руководством, не ставили и не раскрывали принципиальных вопросов; всё внимание следователей было направлено обыкновенно на мелочные вопросы, имевшие, конечно, значение для судьбы узников Тайной экспедиции, но не представляющие общего интереса. Шешковский был незаурядной ищейкой, неразборчивым в средствах добывания сведений, нужных начальству. Его методы следствия были грубы, топорны. Принципиальная сторона поступков людей, попавших в его руки, Шешковского не интересовала. Конечно, крупной фигурой среди перечисленных был граф Н.И.Панин. Но по всем данным, руководящей роли в проведении политических процессов последней.трети XVIII века он не играл (за исключением дела Мировича). Включение его в решение вопросов по «тайным делам» было ловким тактическим шагом Екатерины.
Н. И.Панин был сторонником регентства Екатерины, и у него, видимо, было немало приверженцев в этом вопросе; мысль о том, что по достижении Павлом совершеннолетия власть должна перейти к нему, была очень живучей в 60-х и в начале 70-х годов. Екатерина не любила Панина и боялась. Сделав Панина членом коллегии Тайной экспедиции, Екатерина обезвреживала его. С другой стороны, его авторитетом прикрывалась деятельность учреждения, которое было так же непопулярно, как и Тайная канцелярия. Наконец, это был своего рода контроль над действиями генерал-прокуроров. Но, конечно, если бы Панин занялся, так сказать, вплотную делами Тайной экспедиции, он мог бы внести в постановку их немало принципиального. И по политическим, и по личным соображениям (современники считали его ленивым человеком) он этого не делал.
Центр всего делопроизводства Тайной экспедиции находился в Петербурге; в Москве был её филиал, непосредственно подчинённый московскому главнокомандующему. Императрица писала графу П.С.Салтыкову, что вследствие уничтожения Тайной канцелярии всё её делопроизводство переходит к Сенату и к его конторе в Москве. «Но, если бы их всем собранием производить, то была бы в том крайняя неудобность и затруднение, а иногда и такие между тем скаредные и вымышленные обстоятельства выходят, что к сведению многим персонам неблагопристойны». Поэтому ему предписывалось в отсутствие императрицы в Москве «по всем поступающим из разных мест важным делам в сенатскую контору, кои до сего принадлежали до Тайной канцелярии, иметь единственно Вам производство, не делая на то общих сенатской конторы определениев, а что по следствиям оказываться будет, писать к нам с приложением своего мнения и не чиня экзекуции, ожидать от нас конфирмации». Письмом от 12 февраля 1764 года Екатерина предписывала Салтыкову ведать дела по Тайной экспедиции одному с помощью коллежского советника Хрущёва, взяв, кроме того, потребное число канцелярских служителей.
В отдельных случаях в Москву посылались в помощь главнокомандующему «по тайным дел.ам» особые лица. Так, например, 3 марта 1774 года Екатерина писала князю Волконскому, что досылает гвардии Преображенского полка капитана Волоцкого и прикомандировывает к нему находящегося в Москве прапорщика Семеновского полка Городчакова, «чтоб употребили Вы их при допросах по тайным делам, с тем, дабы они никому ни малейшего истязания при допросах не делали» (если это приходилось оговаривать, то, очевидно, такие истязания имели место).
Но следствия «по тайным делам» велись (во всяком случае, начинались) также и в губернских и провинциальных канцеляриях, решения же по многим таким делам выносились в Москве и Петербурге. Но известны процессы, производство по которым начиналось и кончалось на месте. Таковы, например, процессы самозванцев Ханина и Богомолова. В отдельных, исключительных случаях состав следственного и судебного аппарата Тайной экспедиции расширялся. Так, по делу 1урьевых и Хрущёвых была образована особая комиссия в составе гетмана графа ГРазумов-ского, сенатора В.И.Суворова и генерал-поручика Ф.Вадков-ского, доклад и решения которой были переданы в Сенат, а на основании его сентенции был издан манифест 24 октября. В особом, чрезвычайном порядке были проведены процессы (после следствия в Тайной экспедиции) Мировича и Арсения Мациевича. Дело флигель-адъютанта Бибикова рассматривалось особой комиссией в составе князя К.Голицына, князя Вяземского и Елагина. Но в громадном большинстве случаев дело начиналось и заканчивалось в недрах Тайной экспедиции.
Не станем выяснять всю процедуру следственно-судебного процесса Тайной экспедиции. Но важно выяснить, как добывались сведения, которыми оперировала экспедиция, какими методами эти сведения проверялись и уточнялись и на основании чего выносились те или иные решения.
Тайная экспедиция, видимо, не располагала сетью агентуры, которая держала бы её в курсе всех важнейших явлений в области общественной мысли и общественного движения. Правда, в письме императрицы сенатору Суворову по делу Хитрово было сказано: «Впрочем, по полкам имеете уши и глаза», а московский главнокомандующий князь Волконский доносил ей о своём распоряжении обер-полицмейстеру «употребить надёжных людей для подслушивания разговоров публики в публичных сборищах, как то: в рядах, банях, кабаках, что уже и исполняется, а между дворянством также всякие разговоры примечаются». Но это, видимо, был случайный материал, не отражавший настроений и фактов жизни хотя бы двух столиц империи с их населением в несколько сотен тысяч человек, не говоря уже о всей остальной России.
Следственные документы Тайной экспедиции определённо говорят, что главный материал, на котором строились процессы – это доносы. Широко развитые в практике русской жизни в течение всего XVIII века доносы в последней трети этого века получили особое значение во всех судебных процессах, и в политических в частности, изменив только после манифеста 13 октября 1762 года свою форму. Этим манифестом было запрещено произносить «Слово и дело», но все подданные императрицы обязывались доносить в указанные места обо всём, что им станет известно по «первому» и «второму» пунктам; устанавливалась ответственность за недонесение, за ложный донос; последними в практике судебных процессов стали считаться такие доносы, которые не подтверждались или сознанием обвиняемого, или уликами третьих лиц. Поэтому донос о чём-либо сказанном с глазу на глаз был очень рискованным, он легко мог стать ложным, в то же время умолчание о таком факте могло повлечь тяжёлые последствия, если автор сказанного сам мог рассказать об этом кому-нибудь третьему и донос поступал от того. Требовалось, чтобы донос следовал непосредственно за получением сведения о проступке.
В практике Тайной экспедиции было немало процессов, где констатирован ложный донос, и потому такие дела оканчивались тем или иным наказанием доносчика.
