В том числе приговоры были вынесены по делу Юлая Азналина и Салавата Юлаева, пугачёвских полковников и есаулов. За исключением 109 человек яицких казаков во главе с Петром Булдыгиным, освобождённых от наказания, потому что они «не только сами явились, но и привезли его (Пугачёва) с собой в Уральск, предали правосудию», т. е. в руки правительства, почти все руководители восставших были казнены. Что же касается рядовых участников восстания, то они были подвергнуты различным наказаниям. Крестьян обычно после наказания кнутом или плетьми отправляли к их помещикам или на каторгу в Таганрог и Рогервик, где их должны были «во всю жизнь содержать в оковах», или в Сибирь на поселение.
Такой же расправе подвергались и работные люди, принимавшие участие в крестьянской войне. В числе их жестоко был наказан плетьми и сослал «в тяжкую каторжную работу» предводитель отряда работных людей Боткинского завода молотовный мастер Семён Пономарёв. В отдельных случаях работные люди после наказания посылались на различные заводы, причём мастера – в качестве простых рабочих с условием, «что в мастера всю жизнь их не произведут».
Священников, как правило, не подвергали телесным наказаниям, но в большинстве случаев «лиша священства, посылали в Нерчинск на каторжную работу вечно». Иногда священников после лишения сана отправляли в солдаты, «а буде негодны, то положив в подушный оклад, причисляли во крестьянство».
Жестоко расправлялась Тайная экспедиция с теми из дворян, которые изменили интересам своего класса или недостаточно их защищали. В феврале 1774 года экспедиция осудила к лишению всех чинов и дворянского звания, записанию в солдаты и наказанию шпицрутенами поручика Илью Щипачева, прапорщика Ивана Черемисова, подпрапорщика Богдана Буткевича; первого – за то, что, оставшись старшим офицером Самарской крепости, сдал её без сопротивления повстанцам и присягнул Пугачёву, второго – за сдачу повстанцам без сопротивления отряда пленных польских конфедератов и также за присягу Пугачёву, третьего – тоже за присягу Пугачёву.
Рассматривая и окончательно решая эти дела, Тайная экспедиция совершенно не интересовалась выяснением причин участия в крестьянской войне того или иного обвиняемого. У чиновников не было сомнения, что война являлась «неестественным» возмущением крепостных против своих «законных» господ. Они ограничивались лишь установлением степени участия обвиняемого в восстании и добровольным ли это участие было.
Тайной экспедиции также долго пришлось вести борьбу с разными слухами, главным образом о том, что Пугачёв жив. В мае 1775 года за слова, что «хотя перепела и поймали, но соловушка ещё жив», был схвачен и доставлен в Тайную экспедицию яранский купец Матвей Поте-хин. Примерно в то же время кунгурский татарин Шун-карь Андрюшин "разглашал, что якобы «злодей не пойман». В июле того же года в «Переволочинской округе бродя по селениями малороссиянин Попович произносил между простолюдством разглашение… Сказывал, будто бывший третий император Пётр Фёдорович под именем казнённого Пугачёва жив и находится на море между войсками, который-де там обретается в образе называемого простым народом Метлы. А сам он, Попович, послан в здешний край от Пугачёва для разведывания, какое, где об нём эхо происходит. И будет до вскорости много беды некоторым господам и священникам, позабудут они бедный народ забижать». За эти слова Попович был наказан плетьми и сослан на каторгу.
Уже спустя много лет по окончании крестьянской войны, в 1786 году, тобольский губернаторский прокурор сообщал в Тайную экспедицию о розыске по делу беглого крестьянина Петра Хрипунова в подговоре им к бегству дворового человека Фёдора Алексеева. Хрипунов подговорил Алексеева бежать с ним в Барнаул, рассказав, что он, Хрипунов, «был на линиях Иртышских пять лет и что-де около Барнаула, в степи, верстах в 100, стоит лагерем на 80 вёрст великая команда, при коей и царь Пётр Фёдорович». Сообщив, что в своё время он был у Пугачёва атаманом «и чин его в команде не потерян», Хрипунов обещал Алексееву, что когда они придут к государю, то «ты-де будешь со мною дома и холопом не будешь, да и все холопы будут вольные».
В связи с крестьянской войной Тайная экспедиция уделила значительное внимание выявлению родственников Пугачёва. В августе 1776 года киевским генерал-губернатором Байковым в Тайную экспедицию был прислан брат Емельяна донской казак Дементий Пугачёв. Во время розыска было установлено, что Дементий «с Пугачёвым ни малейшего в действиях его участия не имел и служил во время турецкой войны порядочно, с должною верностью». Тайная экспедиция приговорила освободить брата Пугачёва и отправить его в войско донское, но с тем, «чтобы его впредь в войске Пугачёвым не называть, а именовать Дементием Ивановым… Ему же, Иванову, за доброе его поведение и верную службу выдано в награждение сто рублей». Известно, что ЕЛугачева допрашивали несколько раз, сперва в Яицком городке, а затем в Москве. Однако наиболее исчерпывающим, с точки зрения Екатерины II, был допрос, сделанный фактическим главою Тайной экспедиции С.И.Шешковским.
В 1796 – 1797 годах, после смерти Екатерины, когда, как это часто бывает при переменах царствования, в крестьянстве снова пошли слухи об освобождении от крепостного права и началась полоса восстаний, Тайная экспедиция сыграла крупную роль в их подавлении. Восстания охватили губернии: Белорусскую, Владимирскую, Вологодскую, Воронежскую, Калужскую и многие другие. В течение почти двух лет экспедиция вела розыск по этим делам и заканчивала их вынесением жестоких приговоров, значительную часть которых приводила в исполнение в районах восстаний.
Одновременно с функцией подавления народных движений Тайная экспедиция, как в своей время Тайная канцелярия, ведала политическими преступлениями по «первым двум пунктам» указа 1731 года. Деятельность Тайной экспедиции в этой области началась сразу же после вступления Екатерины на престол.
В сентябре 1762 года в дни коронации новой императрицы, в Тайной экспедиции производился предварительный розыск по крупному политическому процессу – делу гвардейских офицеров, братьев Гурьевых, Петра Хрущёва и коллежского асессора Алексея Хрущёва, замышлявших путём дворцового переворота возвести на престол Ивана Антоновича. К вынесению приговора по этому делу Тайная экспедиция имела слабое отношение. Решение было вынесено Сенатом. Пётр Хрущёв и Семён Гурьев, после лишения чинов и публичного шельмования, бьии сосланы на Камчатку в Болыперецкий острог. В Якутск сослали Ивана и Петра Гурьевых. Алексею Хрущёву было предписано «жить в своих деревнях, не выезжая в столицы». В январе 1764 года императрица пересмотрела решение и предписала Алексея Хрущёва сослать в Тобольск. Из ссылки братья Гурьевы были освобождены только в 1772 году, то есть ровно через 10 лет после их ареста.
Если в 1762 году розыск по этому крупному политическому делу вёлся в Тайной экспедиции лишь частично, то в следующем 1763 году по аналогичному делу солдата Преображенского полка Михаила Кругликова всё розыскное дело от начала до конца велось в Тайной экспедиции. Кругликова обвиняли в распространении слухов о состоявшемся якобы собрании пятисот Преображенских солдат, «которые другую ночь не спят для Ульриха» – отца бывшего императора Ивана Антоновича принца брауншвейг-ского Ульриха-Антона. Во время розыска выяснилось, что слова Кругликова были чистым вымыслом. Несмотря на это, Екатерина встревожилась. В записке к Панину она указывала: «… при наказании оного служивого прикажите хотя Шешковскому, чтобы ещё у него спросили, где оные 500 человек собираются и видел ли Он их или слышал от кого?»
Крутикова приговорили к наказанию батогами и ссылке в сибирский гарнизон.
В 1769 году по доносу «майорши» вдовы Анны Постниковой, было открыто намерение офицеров Преображенского полка Озерова, Жилина, Попова и Афанасьева совершить государственный переворот и возвести на престол Павла Петровича. После предварительного следствия это дело было рассмотрено судом особой комиссии в составе генерал-полицмейстера Чечерина, Елагина, генерал-прокурора Вяземского во главе с Паниным. Обвиняемые были приговорены к лишению всех чинов, дворянства и звания, к ссылке в Нерчинск на вечную работу, на Камчатку и заключению в Дианементскую крепость.
