Узнав о случившемся, Ши Дакай, находившийся в это время на войне, снял войска с передовых позиций и в октябре объявился у стен Нанкина. Происшедшее вызвало его крайнее осуждение, которое он и не пытался скрывать. Вэй готовил расправу и над Ши Дакаем, надеясь таким образом избавиться от основных соперников в борьбе за главную роль в тайпинской державе.

Ши Дакаю чудом удалось избежать смерти. Получив сообщение о готовящейся расправе над ним, он бежал из города. По одним сведениям, его верные люди помогли ему спуститься с городской стены по веревке, по другим — телохранители вынесли его за пределы Нанкина в корзине, в которой обычно зеленщики доставляли в город овощи. Тогда по распоряжению Вэя была совершена расправа над членами семьи Ши Дакая, оставшимися в городе.

Однако победа Вэй Чанхуэя была непродолжительной. Через месяц по требованию Ши Дакая и других многочисленных руководителей тайпинов он был лишен жизни вместе с несколькими сотнями своих приверженцев. Ши Дакай с триумфом вернулся в Нанкин.

Не совсем ясна роль, которую в этих событиях играл Хун Сюцюань. Скорее всего, он являлся участником заговора, направленного против Яна, но впоследствии стал опасаться чрезмерного усиления власти того, кто, выполняя его волю, расправился с Восточным ваном. Тем не менее устранение Вэй Чанхуэя, а которого и была возложена вся ответственность за трагические события, помогло ему сохранить ореол верховного правителя, чрезмерным доверием которого воспользовались враждебно настроенные приближенные.

Последовавшие государственные перевороты и контрперевороты были поистине ужасны. Погибли тысячи людей, составлявшие цвет тайпинского военного командования и политического руководства. По данным источников, их число составило более 20 тыс. человек.

Все это вызвало рост взаимного недоверия в тайпинском руководстве и в конечном счете привело к расколу движения. В 1856 г. Ши Дакай, очевидно не без оснований опасавшийся за свою безопасность, покинул Нанкин и со своими вооруженными приверженцами (около 100 тыс.) отправился в самостоятельный поход, надеясь основать новый центр тайпинского движения в богатой провинции Сычуань.

События осени 1856 г. нанесли тайпинскому движению удар, от которого оно по-настоящему так и не смогло оправиться. Однако, несмотря на это, тайпины продолжали оказывать упорное сопротивление, отстаивая территорию своего государства еще почти 10 лет. За это время выдвинулись новые талантливые руководители и государственные деятели, которые вынашивали проекты реформ, способных изменить облик традиционного китайского общества, сделав его более современным.

Одним из наиболее выдающихся руководителей тайпинского государства на этапе его поздней истории стал Ли Сючэн (1824— 1864), с именем которого связано немало удачных военных операций. С проектом реформ, выдержанных в духе западных влияний, в 60-е гг. выступил двоюродный брат Хун Сюцюаня Хун Жэньгань (1822—1864), ставший последователем его идей еще в 40-е гг. Впоследствии, спасаясь от преследований, он вынужден был укрыться в Гонконге. Хун Жэньгань предлагал ввести в Китае современные средства связи, выступал за строительство железных дорог, развитие банков, промышленности, торговли.

Между тем силы, боровшиеся против тайпинов, все увеличивались. Главное бремя гражданской войны несли на себе региональные вооруженные формирования, значение которых все более росло. Под командованием Ли Хунчжана (1823-1901), служившего несколько лет в армии «хунаньских молодцов» Цзэн Гофаня, в начале 60-х гг. образуется Хуайская армия. В нанесении решающих ударов по тайпинам принял участие Цзо Цзунтан (1812—1885), возглавивший действовавшую против них армию в пров. Чжэцзян.

Эти армии, вооруженные и обученные на европейский манер, далеко превосходили тайпинские войска по оснащенности, но уступали им в боевом духе. С начала 60-х гг. иностранцы, отказавшись от политики нейтралитета, которого они придерживались с начала восстания, также начинают вмешиваться в военные действия, выступая на стороне пекинского правительства. С их точки зрения, тайпины, отказавшиеся подтвердить положения Нанкинского договора 1842 г., являлись менее удобными партнерами, чем маньчжурское правительство. На стороне маньчжуров воевали отряды европейских наемников. Позднее были созданы специальные подразделения, в которых иностранцам была отведена роль офицерского корпуса, рядовыми же бойцами были китайцы.

В 1862 г. Щи Дакай, стремясь превратить в новую базу тайпинского движения пров. Сычуань, был блокирован на берегах горной реки Дадухэ превосходящими силами противника. Положившись на обещание, данное цинским командованием, в случае добровольной сдачи сохранить его бойцам и ему самому жизнь, он сдался на милость победителей. Однако слова они не сдержали. Рядовые бойцы были преданы мечу, а сам Ши Дакай перевезен в Чэнду и там казнен.

В начале 1864 г. столица Небесного государства была подвергнута блокаде правительственными войсками. Весной подвоз продовольствия в город прекратился, стала реальной угроза голода.

Хун Сюцюань, глубоко уверенный в том, что вмешательство Божественных сил поможет его державе преодолеть все испытания, отказался обсуждать, возможно, разумные предложения о прорыве блокады и уходе на юг, откуда и началось само движение.

К лету 1864 г. стало очевидным, что помощи ждать неоткуда. Видимо, приняв яд, 1 июня 1864 г. Хун Сюцюань скончался, а в конце июля начался решающий штурм столицы Небесного государства. Сигналом к штурму города был подрыв неприятелем части мощных оборонительных стен, окружавших Нанкин. Пятнадцатилетний сын Хуна, коронованный в качестве Небесного вана, несмотря на помощь опытных и верных советников, был бессилен что-либо сделать.

Тем не менее юному правителю в окружении небольшой группы наиболее преданных и близких сановников (в нее входили Ли Сючэн и Хун Жэньган) вместе с вооруженным отрядом удалось вырваться из Нанкина, где последние защитники тайпинского государства вступили в уличные бои с войсками цинского правительства. Они сражались до последнего человека.

В октябре Небесный ван был захвачен и казнен (Ли Сючэн попал в плен и был предан смерти еще ранее). Но разрозненные тайпинские отряды продолжали сопротивление и после гибели своих предводителей. Одни из них боролись на севере, на территории провинций Аньхуэй и Шаньдун, другие — оказывали сопротивление на юге. Одна из групп тайпинов под давлением правительственных войск даже перешла границу с Вьетнамом и впоследствии приняла участие в событиях франко-китайской войны 1884-1885 гг.

Последствия Тайпинского восстания были поистине трагичны. Обширные районы страны обезлюдели и лежали в руинах. За время гражданской войны по разным оценкам погибло 15—20 млн. человек.

Имели ли тайпины шансы одержать победу в борьбе и если да, то как могла "повлиять их победа на дальнейший ход китайской истории? Думается, что такой шанс у них был, достаточно сослаться на пример, связанный с историей прихода к власти минской династии. И сами факты истории тайпинского государства убеждают, что в 1856 г. правление цинской династии едва удерживало власть. С другой стороны, некоторые обстоятельства заставляют усомниться в том, что в случае прихода к власти тайпинам удалось бы удержать ее надолго. Слишком радикальным был вызов, брошенный ими устоям китайской государственности и культуры, что сделало их врагами и шэньши, недовольных правлением маньчжурской династии, и простых крестьян, которые не хотели отказываться от привычных верований предков. Тем не менее победа тайпинского дела означала бы не что иное, как восстановление, правда, в иной форме, но все-таки традиционной китайской деспотии.

Тайпинское восстание значительно ослабило цинскую державу перед лицом угрозы внешнего вторжения. Этой ситуацией спешили воспользоваться западные государства, стремившиеся навязать Китаю новые неравноправные соглашения, закрепить успех, достигнутый в период первой «опиумной» войны и добиться новых уступок со стороны цинского правительства. Однако в начале 50-х гг. XIX в. страны Запада были связаны войной на востоке Европы, в которую оказались вовлечены Россия и Османская империя. После поражения России в Крымской войне (1853-1856) их руки оказались развязанными, и они, в первую очередь Англия, приступили к осуществлению планов дальнейшего проникновения в Китай.