Позднее было установлено, что причиной первого взрыва стало касание кораблем одной или нескольких мин японского заграждения. В результате последовала детонация торпеды в носовом аппарате и запаса мин в минном погребе корабля. Эти взрывы полностью разрушили носовую часть броненосца вплоть до мостика. Затем сдетонировали снаряды главного калибра в носовом погребе, и в результате взрыва обрушился мостик, фок-мачта и были сорваны носовые башни. Под конец последовал взрыв котлов от соприкосновения с водой или от сильного сотрясения, вызванного взрывами. В 10.10 на мине подорвался и броненосец "Победа". Но корабль получил незначительные повреждения, принял 550 т воды и своим ходом вошел в гавань. Остальные корабли эскадры немедленно открыли огонь по воде, поскольку считали, что корабли были атакованы подводной лодкой.

Гибель Макарова имела катастрофические последствия как для артурской эскадры, так и для всего дальнейшего хода военных действий на море. Вместе с "Петропавловском" Россия потеряла не только талантливого флотоводца с грамотным штабом и мощный броненосец с хорошо подготовленным экипажем, была утрачена надежда на успешное завершение "маленькой победоносной войны". Перевес сил на море теперь окончательно склонился в сторону японцев, чем они сразу же и воспользовались, начав высадку своих войск.

В 8.00 2 апреля в Порт-Артур прибыл наместник и увидел безрадостную картину. Броненосцы "Цесаревич", "Ретвизан", "Победа", "Севастополь", крейсер "Паллада" и единственный минный заградитель эскадры "Амур" требовали ремонта. Из крупных кораблей эскадры в строю остались лишь два броненосца и четыре крейсера. Из 22 миноносцев в строю было лишь 12, пять находились в доке, остальные ремонтировались и исправляли повреждения. Настроение у всех было подавленным, гибель Макарова стала страшным ударом для личного состава эскадры. Людей снова охватило уныние, флот опять впал в бездействие, и ограничился лишь незначительными выходами в море у порта.

2 апреля крейсера "Ниссин" и "Кассуга" обстреляли Порт-Артур, после чего до 15 апреля японские корабли под Порт-Артуром не появлялись. На русской эскадре это время использовали для постановки минных заграждений с катеров и плотиков. В ночь на 16 апреля японские истребители ставили на рейде мины, но были отогнаны огнем кораблей и батарей. В ночь на 20 апреля японцы предприняли третью попытку загородить проход брандерами. В ней приняло участие 12 пароходов, вооруженных небольшими пушками. Их сопровождали 16 истребителей и 16 миноносцев.

Около 2 часов ночи с дежурного корабля заметили тени и по ним немедленно был открыт огонь с канонерских лодок "Гремящий", "Гиляк", "Отважный" и с береговых батарей. Отражение атак брандеров, которые подходили группами, продолжалось до 5 утра. Ни одному брандеру не удалось загородить фарватер. Это была последняя попытка японцев запереть русскую эскадру. В то же время, у Бицзыво проходила высадка японских войск на Квантунский полуостров. Создавалась реальная угроза блокады Порт-Артура, который теперь мог быть отрезан от русской армии с суши. Русская эскадра, к сожалению, не предприняла никаких действий, чтобы помешать высадке японцев. Вообще, в течение апреля ни один крупный корабль не покинул Порт-Артур. Миноносцы занимались лишь сторожевой службой, охраной фарватера и тралением.

В 11 часов утра 22 апреля наместник выехал из Порт-Артура в Мукден, назначив новым командующим эскадрой начальника Морского штаба контр-адмирала В. К. Витгефта. Наместник оставил ему инструкции, в которых рекомендовалось броненосцы в море не выводить, а действовать только крейсерами и миноносцами. Предписывалось также оказывать полную поддержку начальнику Квантунского укреп-района по обороне крепости. Это полностью ограничивало самостоятельность нового командующего o эскадрой, поэтому никаких активных действий он не предпринимал. По любому вопросу Витгефт немедленно собирал совещания флагманов и командиров кораблей, где эти вопросы обсуждали и решали. "Адмирал Витгефт — человек долга, но мягкий, безынициативный, не способный на быстрые и самостоятельные решения". "Он был большой труженик, но отнюдь не боевой адмирал, не рисковавший принять что-либо на свою ответственность…" — таково было мнение современников об этом человеке, возглавившем эскадру Тихого океана в очень сложный момент.

Бездеятельность русских кораблей позволила адмиралу Того приступить к морской блокаде Порт-Артура. К этому времени японцы смогли оборудовать удобную маневренную базу для своего флота на островах Эллиота в 70 милях от Порт-Артура, что позволило им пресекать возможные попытки русской эскадры атаковать место высадки японских войск и транспорты в море. Первую линию блокады осуществляли истребители, которые находились на внешнем рейде Порт-Артура. Эти корабли немедленно предупреждали Того о выходе русской эскадры и систематически осуществляли минные постановки на внешнем рейде. Блокирующий отряд состоял из крейсеров второй линии, находившихся на расстоянии 10–20 миль от порта. Основные силы японцев в основном находились на якоре у островов Эллиота или у берегов Кореи. Организация блокадной службы менялась в зависимости от задач японского флота и от характера деятельности русской эскадры. При получении данных о выходе русской эскадры осуществлялось развертывание основных сил японского флота с целью упреждения русской атаки на транспорты.

В начале мая, после того как Порт-Артур был отрезан с суши, целью блокады стало обеспечение безопасности подвоза японцами войск и грузов; недопущение выхода русских кораблей для оказания помощи русской армии на Ляодунском полуострове; лишение осажденной крепости подвоза питания и грузов; недопущение прорыва русской эскадры во Владивосток. Форма блокады осталась прежней. Был значительно увеличен состав блокирующих сил. Неподалеку от Порт-Артура теперь всегда дежурили несколько броненосцев, крейсера, истребители, канонерские лодки и сторожевые корабли. Состав блокирующих сил должен был во всех случаях превосходить силы блокируемых. Крупные корабли японцев постоянно базировались на островах Эллиота, а истребители перешли на острова Мяо-Тао.

Но русские крупные корабли так и стояли в Порт-Артуре. Активно продолжались лишь минные постановки. В начале мая Витгефт упустил реальный шанс повернуть чашу весов в войне на море в пользу России. Начало этим событиям было положено 29 апреля, когда на мине погиб японский миноносец № 48. 1 мая список японских потерь пополнил авизо "Мияко", погибший на мине в бухте Керр. В ночь на 2 мая столкнулись крейсера "Кассуга" и "Иосино", и через три минуты последний затонул, погибло 32 офицера, 284 нижних чина и 3 вольнонаемных. Но самый "черный день" японского флота наступил 2 мая. В этот день блокаду Порт-Артура осуществляли корабли второй бригады (броненосцы "Хацусе", "Сикисима", "Ясима", крейсер "Касаги", авизо "Тацута") под флагом контр-адмирала Насибы. В 9.55 в 11 милях от Порт-Артура флагманский броненосец "Хацусе" подорвался на мине, потом еще на одной. На корабле было затоплено рулевое отделение, поврежден гребной винт. Отряд изменил курс, но в 9.57 на мине подорвался "Ясима", получивший крен на правый борт. К нему для оказания помощи подошел крейсер "Такасаго". В 11.33 "Хацусе" подорвался на третьей мине и в 11.35 затонул. На броненосце погибло 36 офицеров, 445 нижних чинов и 12 вольнонаемных. Японцы спустили все шлюпки и стали спасать экипаж, им удалось поднять из воды контр-адмирала Насибу, 32 офицера и 317 нижних чинов. Эти события были хорошо видны с русских береговых батарей, и о них сразу стало известно Витгефту. Можно было одним ударом уничтожить половину японских броненосцев — в тот момент японцы имели под Порт-Артуром 2 броненосца, 5 крейсеров, 3 канонерские лодки и 2 истребителя, русские могли противопоставить 4 броненосца и 4 крейсера, 4 канонерские лодки, 16 миноносцев. Но Витгефт на выход эскадры не решился, и в 13.00 в атаку на японцев вышли только миноносцы, которые прикрывал крейсер "Новик". Их атаку японцам, собравшим корабли в отряд, удалось успешно отбить. В отражении этой атаки принимал участие и поврежденный "Ясима". Подошедшие японские корабли начали его буксировку в базу, но вечером он затонул в пяти милях от острова Энкаунтер-Рок. Оба японских броненосца погибли на минном заграждении (50 мин), поставленном "Амуром". Его командир капитан II ранга Ф. Н. Иванов ослушался Витгефта и поставил мины на две мили дальше, чем было приказано. Именно в этом месте и проходил маршрут отряда японских кораблей, блокирующих Порт-Артур.