История "Стерегущего" до сих пор полна загадок. Не сохранилось ни одной фотографии этого корабля — уникальный случай в истории нашего флота! По-прежнему неясны и обстоятельства его гибели. Общеизвестная версия, впервые опубликованная в газете "Новое время" звучала примерно так: "При приближении японцев двое русских матросов выскочили из боевой рубки, скрылись в трюме и заперлись там. Никакие убеждения не могли заставить их выйти оттуда. Когда миноносец затонул, потонули те два матроса. Полагают, что они открыли кингстоны, наполнив родной миноносец водой, и погребли себя вместе с ним в морских пучинах". Эта версия гибели корабля, вызвала большой резонанс не только в нашей стране, но и во всем мире. Эффект оказался не меньшим, чем от подвига "Варяга". Но версия эта, по-видимому, является не более, чем романтической легендой. После окончания русско-японской войны Историческая комиссия при Морском Генеральном Штабе, изучившая подробности всех боев, по поводу причин гибели "Стерегущего" отметила, что "показания живых свидетелей боя настолько сбивчивы и разноречивы в подробностях, что считать их достоверными нет оснований. Вода вливалась в пробоины, и внутренность миноносца была затоплена по показаниям, как наших матросов, так и японского офицера. Поэтому сомнительно, что можно в это время пробить трубу холодильника (конденсатора), так как кингстонов затопления в машинном отделении миноносца не было". Впрочем, это ничуть не умаляет подвиг русских моряков. И в решении той же комиссии было совершенно справедливо сказано: "Пусть легенда живет и живит новых героев на будущие беспримерные подвиги, но признайте же, что 26 февраля 1904 г. в борьбе с сильнейшим врагом миноносец "Стерегущий" после часового, до последнего снаряда, боя пошел ко дну, изумляя врага доблестью своего экипажа".
26 февраля к Порт-Артуру подошли главные силы японского флота. С 10.00 до 13.20 японские броненосцы обстреливали крепость, выпустив 200 снарядов. Попадания получили броненосцы "Ретвизан", "Севастополь" и крейсер "Аскольд". Макаров распорядился усилить береговые батареи и приказал организовать перекидную стрельбу кораблей эскадры по японским кораблям.
27 февраля Макаров вывел эскадру в море в составе 5 броненосцев, 4 крейсеров, 2 минных крейсеров и 7 миноносцев. Эскадра впервые вышла на внешний рейд во время прилива все го за два часа, хотя раньше на это уходило более суток. В море корабли провели маневрирование и осмотрели острова в поисках японских баз.
8 марта для того, чтобы помешать японским брандерам атаковать проход, на внешнем рейде крепости были затоплены два парохода. 9 марта главные силы японцев вновь появились перед Порт-Артуром и начали обстрел крепости и гавани. Он продолжался с 9.40 до 11.00, японцы выпустили 208 снарядов. Им отвечали броненосцы "Ретвизан" и "Победа", причем "Победе" удалось добиться попадания в броненосец "Фудзи", нанеся ему тяжелые повреждения. В море вышли "Баян", "Аскольд", "Диана", "Новик", "Всадник", "Гайдамак" и 12 миноносцев. К ним присоединились "Петропавловск", "Полтава", "Победа", "Пересвет" и "Севастополь". Японцы не рискнули атаковать русские корабли, маневрировавшие под прикрытием береговых батарей. 13 марта Макаров вновь вывел эскадру в море для осмотра островов Мяо-Тао и совместного маневрирования, в ходе которого "Пересвет" ударил носом в корму броненосца "Севастополь" и погнул ему лопасть правого гребного винта. Ремонт корабля продолжался до 15 мая. В это время "Севастополь" еще дважды выходил в море с эскадрой, но его скорость была ограничена 10 узлами.
В ночь на 14 марта японцы предприняли вторую попытку загородить фарватер брандерами. В ней приняли участие четыре парохода, которые сопровождали 10 истребителей и 6 миноносцев. В 2.20 прожектор с береговой батареи осветил приближающиеся брандеры и русские дежурные корабли открыли по ним огонь. Брандеры вновь были расстреляны — один затонул неподалеку от фарватера, а остальные выбросились на берег у Золотой горы. В отражении этой атаки отличились канонерская лодка "Отважный", катера и миноносцы "Решительный" и "Сильный". Последний торпедировал один из брандеров, но в миноносец попало несколько снарядов, 8 человек погибло, 13 ранено, корпус начал пропускать воду и корабль выбросился на берег у Золотой горы. Днем 14 марта "Сильный" удалось снять и привести в крепость на ремонт.
14 марта русская эскадра вновь выходила в море в составе 4 броненосцев, 4 крейсеров, 2 минных крейсеров и 13 миноносцев. Во время этого выхода "Гайдамаком" была вытралена по курсу эскадры японская мина, ее отбуксировали к берегу, а позднее отправили в Санкт-Петербург. 24 марта на разведку выходил броненосный крейсер "Баян" — самый мощный крейсер артурской эскадры. Продолжились работы по защите фарватера от атак брандеров — 24, 27 и 28 марта на внешнем рейде русские корабли ставили мины, а 27 марта на внешнем рейде были затоплены еще 2 парохода. Вечером 28 марта "Амур" выходил на очередную минную постановку, но задев один из затопленных пароходов вернулся. 29 марта эскадра вновь выходила в море "для эволюции" в составе 5 броненосцев, 4 крейсеров, "Всадника", "Гайдамака" и 13 миноносцев.
Столь активные действия русского флота обеспокоили японское командование. Японцами планировалась крупномасштабная десантная операция, поэтому им необходимо было полностью контролировать действия русских на море. Японцы решили усилить минные постановки в районе маневрирования русской эскадры. В ночь на 31 марта такую постановку на внешнем рейде Порт-Артура успешно осуществил минный заградитель "Кориу-Мару" под прикрытием 8 истребителей и 4 миноносцев.
В эту же ночь на разведку к островам Эллиота были посланы 8 русских миноносцев. В темноте русские миноносцы потеряли друг друга и возвращались в крепость поодиночке. Миноносец "Страшный" по ошибке пристроился в кильватер к японским истребителям. С рассветом японцы это обнаружили и немедленно начали обстрел русского корабля. "Страшный" оказал упорное сопротивление, но силы были неравны и, получив значительные повреждения, он вскоре потерял ход. Остановившийся корабль окружили японские истребители. На русском миноносце в ходе боя погибло 4 офицера и 53 нижних чина. Уже не из чего было отстреливаться, продолжала действовать лишь картечница Норденфельдта. "Страшный" начал тонуть. Узнав о происходящем бое, Макаров выслал на помощь крейсер "Баян", который отогнал японские истребители и поднял из воды 5 моряков "Страшного". Вскоре "Баяну" пришлось вступить в бой с шестью японскими крейсерами и для его поддержки Макаров начал выводить в море эскадру. Первыми вышли "Диана", "Аскольд", "Новик" и броненосец "Петропавловск", под флагом Макарова. Они отогнали японские крейсера, но на горизонте уже появились главные силы японцев. На стороне японцев был численный перевес. Макаров приказал эскадре, вышедшей из гавани на внешний рейд, построиться в боевой порядок под прикрытием береговых батарей. В 9.39, на находящемся в двух милях от Тигрового полуострова "Петропавловске", раздался сильный взрыв. Он произошел в носовой части под правым бортом между кат-балкой и носовой башней главного калибра. Над броненосцем мгновенно вырос громадный, раза в два превышающий высоту мачт, столб черно-бурого дыма и пламени, который полностью окутал носовую часть и надстройку "Петропавловска". Следущий взрыв произошел через несколько секунд после первого и сопровождался вылетевшей из середины броненосца массой огня с желто-зеленым и бурым дымом. Корабль сразу накренился на правый борт и стал уходить носом под воду. Силою взрывов были сорваны носовые башни, мостик, передняя труба и часть кожуха. Фок-мачта обрушилась на остатки мостика. Корма поднялась высоко в воздух. В это время в кормовой части произошел третий взрыв, в результате которого образовалось густое облако пара. В 9.41 все было кончено — "Петропавловск" затонул, оставив после себя медленно рассеивающееся в воздухе облако бурого цвета. Из людей, находившихся на корабле, было спасено 7 офицеров и 73 нижних чина. Удалось поднять из воды и великого князя Кирилла Владимировича. Погибли вице-адмирал С. О. Макаров, вице-адмирал М. П. Молас, 29 офицеров корабля и штаба, 652 нижних чина и знаменитый художник-баталист В. В. Верещагин.
