Порт-Артурская эскадра занималась исправлением повреждений и активных действий не предпринимала. Хотя японский флот оказался в тяжелом положении: русская эскадра не была уничтожена, а японские корабли находились на боевом дежурстве в 600 милях от своих баз, и их снабжение и ремонт оказались затруднены. Японцы решили срочно создать морскую базу в Корее, но и она не решала всех проблем. Русская эскадра не воспользовалась этой ситуацией. Было лишь организовано дежурство кораблей на внешнем рейде, изредка проводилась разведка. Эскадра начала постановку минных заграждений — вечером 27 января из Порт-Артура вышел минный заградитель "Енисей", направленный в бухту Талиенван. Ему удалось поставить 400 мин, перекрывших фарватеры к порту Дальний, но днем 29 января он подорвался на всплывшей мине и в течение 15 минут затонул. Погибло 4 офицера и 93 нижних чина, в том числе командир капитан II ранга В. А. Степанов, опытный минер, отказавшийся покинуть свой корабль. В Дальнем услышали взрывы и решили, что это действуют японские миноносцы. Об этом сообщили в Порт-Артур, откуда на разведку был выслан крейсер "Боярин" и 4 миноносца. Посланные корабли не имели карт минных заграждений. В результате "Боярин" подорвался на нашем же минном заграждении, при взрыве погибло 9 матросов. Командир не стал бороться за живучесть крейсера и приказал оставить корабль, который еще можно было спасти. "Боярин" затонул лишь в шторм 1 февраля. Эти две потери оказали удручающее влияние на боевой дух русских моряков, а эскадра лишилась одного из двух минных заградителей и крейсера-разведчика. В ночь на 29 января миноносец "Боевой" столкнулся со "Стерегущим" и его пришлось ремонтировать с помощью кессона. 7 февраля столкнулись "Расторопный" и "Скорый". В ночь на 1 февраля "Ретвизан" атаковали японские истребители, но безрезультатно.

Бездействие русской эскадры позволило японцам провести операцию по закупорке фарватера брандерами в ночь на 11 февраля. Для этого были подготовлены пять пароходов, снабженных специальными приспособлениями для взрыва и скорейшего затопления. Каждый брандер был укомплектован минимальным количеством людей — командир, механик и 10–15 человек экипажа. Во время первой операции командирам брандеров было приказано не только перекрыть фарватер, но и атаковать сидящий на мели броненосец "Ретвизан". Первую операцию обеспечивало 16 миноносцев, которые подобрали экипажи всех пяти брандеров. Главные силы японского флота находились в районе операции на случай выхода русской эскадры.

В 2.40 с "Ретвизана" заметили корабли противника, и по ним был открыт огонь, поддержанный береговыми батареями. В результате один брандер выбросился на камни у горы Белый Волк, один затонул на рейде, а трем оставшимся так и не удалось загородить фарватер. Один из брандеров горел в течение суток.

Утром 13 февраля перед Порт-Артуром появились главные силы японцев, с которыми вступили в перестрелку береговые батареи и находившиеся на внешнем рейде крейсера "Баян", "Аскольд" и "Новик". В это время с разведки возвращались русские миноносцы. "Бесстрашный" прорвался в Порт-Артур, а "Внушительный" сел на камни в Голубиной бухте, его экипаж сошел на берег, а корабль был расстрелян японскими крейсерами. Русская эскадра, не предпринимая активных действий, продолжала нести потери. Эта ситуация вынудила сменить вице-адмирала О. В. Старка на посту командующего эскадрой.

Неудачное начало военной кампании, большие потери при полном бездействии флота вынудили военное руководство к проведению некоторых изменений и перестановок. Первая Тихоокеанская эскадра теперь стала флотом Тихого океана. На должность командующего флотом был назначен вице-адмирал Степан Осипович Макаров. Незадолго до этого назначения он говорил своим друзьям: "Меня пошлют туда, когда дела наши станут совсем плохи, а наше положение там незавидное". Получив 1 февраля уведомление о решении Николая II поручить ему командование флотом, Макаров не дожидаясь приказа (который вышел лишь через неделю), немедленно сдает дела в Кронштадте и 4 февраля выезжает на Дальний Восток. В Мукдене адмирал встретился с наместником и обсудил план кампании, а также предстоящие перестановки командиров кораблей и офицеров штаба. Утром 24 февраля Макаров прибыл в Порт-Артур. Один из участников осады так написал об этом событии: "Приезд адмирала Макарова заставил встрепенуться всю нашу эскадру. Все сразу почувствовали колоссальную энергию этого человека, все поняли, что он заставит работать. Появления такого начальника воодушевило всю молодежь, как офицеров, так и команду". С ним приехала "рабочая партия" Балтийского завода — 1 инженер, 1 механик, 1 чертежник, 189 мастеровых и 2 конторщика. Эти рабочие немедленно приступили к починке повреждений кораблей. Также прибыла партия рабочих с орудийного Обуховского завода под руководством полковника А. П. Меллера. Они стали собирать и приводить в порядок орудия из арсеналов крепости, обеспечивали их установку на батареи и ремонт корабельных орудий.

В тот же день успехом увенчались работы по снятию с мели броненосца "Ретвизан". После месяца бесплодных усилий броненосец сошел с мели. Его на буксире перевели в Западный бассейн, где немедленно начались работы по починке. Для ремонта использовали кессон — деревянное устройство, предназначенное для частичного осушения подводной части судна.

Кессон представляет собой, как бы большой открытый сверху ящик, изготовленный по форме обводов корпуса корабля и поэтому плотно прилегающий к его обшивке. За неимением дока кессон был единственным способом исправления повреждений на броненосцах в Порт-Артуре. Помимо "Цесаревича" и "Ретвизана", в ходе осады кессоны применялись также для ремонта "Победы" и "Севастополя" (дважды). В первые дни Макаров знакомился с положением дел на эскадре и в крепости, бывал на кораблях, батареях, в мастерских порта. Он старался узнать и изучить все нюансы сложившейся ситуации. Поняв значение происходящих событий, адмирал сделал выводы в своем рапорте наместнику от 27 февраля. Макаров писал: "Несмотря на всякие несовершенства и недостаток в исправных миноносцах, я нахожу, что мы могли бы рискнуть теперь же попробовать взять море в свои руки и преднаметив, постепенно увеличивать район действия эскадры. Я предусматриваю генеральное сражение, хотя благоразумие подсказывает, что теперь рано ставить все на карту, и в обладании морем полумеры невозможны". Его слова не расходились с делом. За 35 дней командования адмирала Макарова эскадра выходила в море шесть раз (при Старке лишь один раз — 27 января, при Витгефте дважды — 10 июня и 28 июля). Была начата разведка побережья, налажена дозорная служба, корабли стали активно выходить в море, ускорилось исправление повреждений кораблей. Кроме того, была организована перекидная стрельба по японским кораблям и проделаны значительные работы по усилению береговых батарей крепости. При нем флот стал флотом! Один из участников осады так написал о Макарове: "Со времени прибытия его все стали бодрее и веселее, воспрянули духом, начала расти уверенность в возрождение нашей эскадры, явилась надежда восстановить доблестную славу флота и наказать дерзкого врага… Только он мог дать и действительно дал флоту временно живую душу, внушив опытному и смелому врагу осторожность и должное внимание к нашим, теперь хотя и слабеньким, силам".

Флот начал действовать. Вечером 25 февраля миноносцы "Решительный" и "Стерегущий" вышли на разведку к островам Эллиота. Ночью они встретили корабли противника, но в бой не вступали, а вели наблюдение. При возвращении в Порт-Артур русские миноносцы встретились с четырьмя японскими истребителями ("Акебоно", "Сазанами", "Синономе" и "Усугумо"), Начался ожесточенный бой. Огонь японских кораблей сосредоточился на "Стерегущем", который получил сильные повреждения, орудия были разбиты, корабль потерял ход. "Решительный" также был поврежден, но сумел прорваться в крепость. На "Стерегущем" был убит командир миноносца лейтенант А. С. Сергеев, многие офицеры и матросы, но моряки продолжали вести огонь по противнику. В 7.10 бой прекратился, на борту миноносца не осталось орудий, корабль представлял собой дымящуюся груду металла: все мачты и трубы были сбиты, борта и палуба искорежены снарядами. На "Стерегущем" погибли 4 офицера и 45 матросов. Японцы также понесли урон. Были тяжело повреждены "Акебоно" и "Сазанами". В 7.25 к борту "Стерегущего" подошла шлюпка с "Сазанами", японцы высадились на русский корабль, подняли японский флаг и в 8.10 начали буксировку. На "Стерегущем" было найдено четверо раненых матросов, их переправили на японский истребитель. Вскоре буксирный трос лопнул, японцы попытались завести его заново и продолжить буксировку. В это время к месту боя приблизились русские крейсеры "Баян" и "Новик". Японцы были вынуждены бросить "Стерегущий" и уходить из-под огня русских крейсеров. Оставленный миноносец в 9.20 затонул в 7 милях от Ляотешаня. Подошедшие русские крейсера ничего не обнаружили и никого не спасли. Четверых раненых моряков со "Стерегущего" японцы доставили в Сасебо, где им было зачитано письмо от японского морского министра, в котором говорилось: "Вы, господа, сражались храбро за свое Отечество и защищали его прекрасно. Вы исполнили свой тяжелый долг как моряки. Я искренне хвалю Вас, вы — молодцы".