Вместе с предложенными поправками Устав Русской Православной Церкви был принят Поместным Собором. Новый Устав ввел периодичность созыва Поместных и Архиерейских Соборов. Он предусматривает также расширение состава Священного Синода: число его временных членов увеличено до пяти. Возвращаясь к основным принципам "Определений" Собора 1917 — 1918 годов о епархиальном управлении, Поместный Собор в Уставе восстанавливает Епархиальные собрания. "Высшим органом, при содействии которого архиерей управляет епархией, является Епархиальное собрание", — сказано в Уставе.

Епархиальное собрание состоит из равного числа представителей клира и мирян. О Епархиальном совете в Уставе говорится, что он "образуется по благословению правящего архиерея и состоит не менее чем из четырех лиц в пресвитерском сане, половина из которых назначается архиереем, а остальные избираются Епархиальным собранием на один год".

Важнейшие изменения, в сравнении с действовавшим ранее "Положением об управлении Русской Православной Церковью", касаются приходов. По Уставу, клирики включаются в состав Приходского собрания, а председательство в Приходском собрании Устав предоставил настоятелю прихода. Приходской совет, по Уставу, является исполнительным органом Приходского собрания и как таковой подотчетен ему. В состав Приходского совета должны входить председатель, его помощник и казначей, избираемые на трехлетний срок. Председателем Приходского совета может быть и клирик, и мирянин.

На вечернем заседании Собора 8 июня был принят ряд других документов: "Обращение к чадам, не имеющим канонического общения с Матерью–Церковью", "Обращение ко всем, держащимся старых обрядов и не имеющим молитвенного общения с Московским Патриархатом", "Послание боголюбивым пастырям, честному иночеству и всем верным чадам Русской Православной Церкви".

В "Обращении к чадам, не имеющим канонического общения с Матерью–Церковью", составленном в духе христианской любви, говорится: "На соборных заседаниях… мы стремились объективно осветить и те события в церковной жизни, которые произошли в текущем столетии, в том числе разделения, не преодоленные, к нашей скорби, и до сего дня. Мы с вами знаем, что в основе существующих разделений лежат не вопросы веры, но внешние исторические обстоятельства, в обстановке которых между нами выросла стена отчужденности. Но мы должны верить, что общими благими усилиями эта стена может быть разрушена… Некоторые наши братья, находящиеся в разделении, имеют желание вступить с нами в диалог. Мы приветствуем это и надеемся, что такой диалог, милостью Божией, мог бы привести нас к столь желаемому восстановлению церковного общения, помог бы разрушить разъединяющие ныне нас преграды. Заверяем вас, что никоим образом мы не хотим ни стеснить вашу свободу, ни получить господство над наследием Божиим (1 Пет. 5,3), но всем сердцем стремимся к тому, чтобы прекратился соблазн разделения между единокровными и единоверными братьями и сестрами, чтобы мы все могли в единомыслии единым сердцем возблагодарить Бога у единой Трапезы господней… Поместный Собор призывает вас, дорогие братья и сестры, внять голосу этой любви, обращенному к вам в дни празднования тысячелетия

Крещения Руси. Мы не перестаем надеяться на то, что средостение недоверия будет упразднено благоразумием, и восторжествует между нами мир Божий…" (Кол. 3, 15)

9 июня члены Собора обсудили и приняли ряд новых документов: "Определения Поместного Собора", "Обращение ко всем христианам мира", "Заявление по насущным проблемам современности".

В своих "Определениях" Поместный Собор, среди прочего, постановил: "Одобрить деятельность Священного Синода во главе со Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Пименом… в период Поместного Собора 1971 года и до сего дня…". Поместный Собор провозгласил чрезвычайную важность попечения о нравственной чистоте клира, монашествующих и всех чад церковных. Необходимо отбирать в клир лучших кандидатов, воспитанных в христианском духе доброделания и высокой гражданственности, дабы они, восприняв благодать священства, в жизни своей показывали зримый пример (Мф. 5, 16)… На протяжении своего 1000–летнего исторического пути Русская Православная Церковь была неразрывно связана со своим народом. Она всегда воспитывала своих чад достойными гражданами земного Отечества. И ныне, руководствуясь заботой о благосостоянии Родины, она благословляет их ответственно вносить достойный вклад в процесс духовного, социального и экономического обновления советского общества.

Собор постановил также "…считать необходимым увеличение издания книг Священного Писания, творений святых отцов и молитвословов, а также катехизической, назидательной, богословской, церковно–исторической и другой литературы, необходимой для удовлетворения духовных нужд нашей многомиллионной паствы. Равным образом отметить важность увеличения наименований и тиражей церковных периодических изданий…, а также учебных пособий для духовных школ. Обратить внимание на необходимость церковного издания на языках народов, верующие которых являются членами Русской Православной Церкви… Отметить необходимость открытия новых учебных заведений, организации подготовки псаломщиков в епархиях, а также совершенствования учебного и воспитательного процесса в духовных школах, развития научно–богословской мысли в духе лучших традиций отечественной богословской науки. Считать необходимым изыскать возможные внебогослужебные формы для катихизации и духовного просвещения верующего народа… Отметить важное значение подготовки собственных церковных кадров художников–реставраторов… Признать необходимым всемерное развитие традиционного для нашей Церкви служения в области милосердия и церковной благотворительности…"

На заключительном заседании Собора с докладом от Мандатной комиссии выступил митрополит Сурожский Антоний.

Заключительное слово на Соборе произнес Патриарх Пимен. Святейший Патриарх, возблагодарив Господа, "благословившего успехом деяния… юбилейного Поместного Собора", и поблагодарив членов и гостей Собора, объявил Поместный Собор Православной Церкви закрытым.

В Неделю всех святых, в земле Российской просиявших, в Даниловом монастыре было совершено торжественное богослужение. Божественную литургию служили Патриарх Антиохийский Игнатий IV, Патриарх Иерусалимский Диодор I, Патриарх Московский Пимен, Католикос–Патриарх всей Грузии Илия II, Патриарх Румынский Феоктист, Патриарх Болгарский Максим, архиепископ Кипрский Хризостом. Молитвы и возгласы произносились на греческом, арабском, славянском, грузинском и румынском языках. За литургией молились почетные гости и десятки тысяч православных людей, собравшихся в древней обители на великое торжество.

В конце слова, произнесенного за литургией, Патриарх Пимен сказал: "Завершаются первые десять веков истории нашей Церкви. Господи! Благослови в мире и благочестии вступить во второе тысячелетие нашего бытия в доме Божием, который есть Церковь Бога Живаго, столп и утверждение истины" (1 Тим. 3,15).

Господи, "землю Русскую в мире сохрани и веру православную в ней утверди во веки веков. Аминь" (из службы Тысячелетия Крещения Руси).

В 1989 году Русская Церковь отмечала новый юбилей — 400–летие учреждения Патриаршества. В связи с этим юбилеем 5–8 сентября в Москве была проведена Международная научная церковная конференция.

С 9 по 11 октября в Даниловом монастыре заседал Архиерейский Собор.

Архиерейский Собор совершил прославление первого Патриарха Московского Иова и первого Предстоятеля Русской Православной Церкви после восстановления Патриаршества — святителя Тихона. Одновременно Собор поручил Комиссии по канонизации святых подготовить материалы для канонизации протоиерея Иоанна Кронштадского.

В своих "Определениях" Собор особое внимание уделил состоянию приходской жизни: "Собор связывает свои надежды на благотворные преобразования церковной жизни с возрождением жизни приходов, включающей в себя богослужение, диаконию, научение в вере, взаимную поддержку его членов". Собор принял решение о реорганизации системы духовного образования, признав целесообразным преобразовать духовные семинарии в высшие школы. По решению Архиерейского Собора, должны быть возрождены печатные органы духовных академий.