В 1962 году архиепископ Черниговский Андрей (Сухенко) был приговорен к 8 годам заключения по обвинению в экономических злоупотреблениях и "безнравственном поведении". Архиепископ Василий (Кривошеий) пишет: "Думаю, что это обвинение столь же необоснованно, как и в случае с архиепископом Иовом". Освобожден он был досрочно и после выхода на свободу некоторое время пребывал на покое в Псково–Печерском монастыре. Потом, в 1969 году, был назначен на Омскую и Тюменскую кафедру.
Священники, лишенные возможности совершать богослужение из-за закрытия приходов, увольнялись за штат или на покой. Большинство среди них составляли лица пожилого возраста. Некоторые из священников среднего и младшего возраста уходили на светскую службу. Хотя и редко, но все-таки среди них оказывались и ренегаты, которые, в отличие от первых вероотступников конца 50–х годов, чьи действия получили огласку на всю страну, довольствовались обыкновенно выступлениями в местной печати.
На рубеже 50–х и 60–х годов, одновременно с резким ухудшением положения, в котором жила и исполняла свою миссию Русская Православная Церковь, более интенсивными становятся ее контакты с зарубежным христианским миром.
Новый подход к экуменическому движению выразился уже в докладе, с которым председатель Отдела внешних церковных сношений митрополит Николай выступил на торжественном акте в Московской духовной академии 13 мая 1958 года: "…Православная Церковь, — сказал он, — никогда не отгораживалась от инославных христиан стеной нетерпимости. Напротив, руководимая духом любви, она в 1902 году, в лице Вселенской Патриархии, обратилась ко всем поместным православным церквам с предложением облегчить путь к единению с западными исповеданиями… Правда, когда появилась возможность заняться экуменическим вопросом, наша Церковь совместно с другими церквами–участницами Московского церковного совещания 1948 года, отказалась послать своих представителей на Амстердамскую ассамблею… Этот отказ имел весьма серьезные основания… Экуменическое движение оказалось чрезвычайно противоречивым. В его широкой и разнородной деятельности исканиям обетованной земли христианского единства с самого начала сопутствовали ярко выраженные социально–политические планы, которые в период Амстердамской ассамблеи явно преобладали над задачей догматического единства… Благодаря участию одних православных церквей и неучастию других, в экуменическом движении за последние десять лет произошли значительные изменения, свидетельствующие о его эволюции в сторону церковности. В этом смысле весьма показательны огромные сдвиги в сфере немецкого протестантского богословия, открывающие мистические глубины Православия и преодолевающие традиционный рационализм… Вот почему Русская Православная Церковь считает возможным пойти навстречу желанию Всемирного Совета Церквей и встретиться с его руководителями…"
В 1958 году в Утрехте состоялась первая официальная встреча представителей Русской Церкви с деятелями Всемирного Совета Церквей. В 1959 году наблюдатели от нашей Церкви участвовали в работе Всемирного Совета Церквей. Архиерейский Собор 1961 года одобрил вступление Русской Церкви в эту экуменическую организацию. В обращении к участникам III Ассамблеи Всемирного Совета Церквей, состоявшейся в Дели уже в 1961 году, Патриарх Алексий I подчеркнул готовность Русской Церкви работать во всех органах Всемирного Совета Церквей, "помогая всестороннему развитию христианской деятельности, посильно служа человечеству утверждением на земле, братства, любви… справедливости… и мира… между народами". С 1962 года при Всемирном Совете Церквей существует представительство нашей Церкви. Русская Церковь приняла участие и в IV Ассамблее Всемирного Совета Церквей, состоявшейся в Упсале в 1968 году.
Русская Церковь являлась одной из основательниц образовавшейся в 1959 году религиозной экуменической организации — Конференции Европейских Церквей.
Теплые отношения с Англиканской церковью, сложившиеся в конце мировой войны, когда русско- и англоязычные народы сражались против общего врага, получили в 60–е годы более интенсивный характер. В 1958 и 1968 годах представители Русской Церкви присутствовали наблюдателями на Ламбетских конференциях епископов Англиканской Церкви. С 1959 года проводились собеседования между русскими богословами и богословами лютеранских и евангелических церквей Германии и Северной Европы. С начала 60–х годов устанавливаются контакты с реформатскими церквами Европы и Северной Америки.
В рамках Всемирного Совета Церквей представители Русской Церкви участвовали в 1964, 1967 и 1970 годах в консультациях с богословами нехалкидонских Церквей.
Особенно важное значение Священноначалие Русской Православной Церкви придавало своим контактам с самой многочисленной христианской Церковью — Католической. Русская Церковь направила своих наблюдателей на II Ватиканский Собор, продолжавшийся с 1962 по 1965 год, в Ленинградской духовной академии состоялось первое собеседование русских богословов с делегацией Римско–Католической Церкви.
16 декабря 1969 года Священный Синод издал "Определение", по которому старообрядцам и католикам дозволено было причащаться в православных церквах. Впоследствии "Определение" Синода было отменено. Председатель Отдела внешних церковных сношений митрополит Никодим, разъясняя это решение Синода, сказал, что оно касается членов Старообрядческой Церкви, имеющей трехстепенную иерархию, а также членов Римско–Католической Церкви, когда они "в случае болезни или по иной причине, обращаются к священнослужителям Русской Православной Церкви с просьбой о духовном утешении и за совершением Святых Тайн. (Это может быть в тех случаях, когда последователи старообрядческого и католического исповеданий не имеют возможности обратиться к священнослужителям своих Церквей.) В этих случаях духовенству Русской Православной Церкви надлежит проявить пастырскую заботу и преподать нуждающимся духовное утешение и Святые Таинства. Но практика эта не получила распространения в Церкви.
Важнейшей стороной нашей внешней церковной деятельности в 1960–е годы оставались взаимоотношения с братскими Православными Церквами. В 1960 году Патриарх Алексий во второй раз совершил паломничество на Восток и нанес визит Патриарху Константинопольскому Афинагору. В 60–е годы в Москву неоднократно приезжали представители автокефальных Православных Церквей. По инициативе Константинопольского Патриархата в 1961 году на острове Родосе было проведено Первое Всеправославное Совещание Поместных Церквей. Его задачей явилась подготовка Великого Всеправославного Собора. В 1963 году на Родосе проведено Второе, а в 1964 году, там же — Третье Всеправославное Совещание. Главной темой Совещания был богословский диалог с Римско–Католической, Старообрядческой и Англиканской церквами. Вопросы, связанные с подготовкой Всеправославного Собора, рассматривались на Всеправославном Совещании, проведенном в 1968 году в Женеве.
Между тем, в положении Русской Церкви внутри страны в середине 60–х годов произошли благоприятные перемены. Начало им было положено отставкой Н. С. Хрущева, состоявшейся 14 октября 1964 года в Праздник Покрова Божией Матери. Пришедшее к управлению страной более трезвое руководство, осознавая утопичность многих проектов Хрущева, встало на почву реальности и в своей политике по отношению к верующим, которые по–прежнему составляли значительную часть населения страны.
Массовое закрытие религиозных общин, в том числе и православных церквей, было прекращено. Но церкви, закрытые в годы хрущевских гонений, за все 20 "застойных" лет не были возвращены верующим. В связи с массовым оттоком сельского населения в город, некоторые сельские приходы теряли прихожан и закрывались; в то же время возможности для открытия новых приходов в городах, население которых стремительно росло, оставались крайне затруднительными. За вторую половину 60–х годов число православных приходов убавилось с 7523 в 1966 году до 7274 в 1971 году.
