21 февраля 1960 года был уволен с поста Председателя Совета по делам Русской Православной Церкви Г. Г. Карпов, при котором в военные и послевоенные годы происходило массовое открытие православных приходов. Его преемником стал В. А. Куроедов. Впоследствии, в декабре 1965 года, Совет по делам Русской Православной Церкви был соединен с Советом по делам религиозных культов. Новое учреждение, которое возглавил В. А. Куроедов, получило наименование "Совет по делам религий при Совете Министров СССР". Происходили перемены и в составе высших органов церковного управления. 21 июня 1960 года митрополита Крутицкого и Коломенского Николая в должности Председателя Отдела внешних церковных сношений сменил архимандрит Никодим (Ротов), возведенный в сан епископа Подольского. 19 сентября 1960 года Священный Синод уволил митрополита Николая на покой. На Крутицкую кафедру был переведен из Ленинграда митрополит Питирим (Свиридов), а на Ленинградскую был назначен митрополит Минский и Белорусский — Гурий (Егоров).
18 июля 1961 года, в день памяти преподобного Сергия Радонежского, в Троице–Сергиевой Лавре сразу после Божественной литургии состоялся Архиерейский Собор. Собор открыл Патриарх Алексий. Главной темой повестки дня было внесение изменений в "Положение о Русской Православной Церкви" в части, касающейся приходского управления. Доклад по этому вопросу был сделан Управляющим делами Патриархии архиепископом Тульским Пименом (Извековым). Архиерейский Собор установил новую организацию приходского управления. Настоятель вместе с клириками устранялись от участия в приходском собрании и приходском совете. "Настоятель храма, — говорилось в новой редакции "Положения", — памятуя слово апостола: "А мы постоянно пребудем в молитве и служении слова" (Деян. 6, 4) - осуществляет духовное руководство прихожан, наблюдает за благолепием и уставностью богослужений, за современным и тщательным удовлетворением религиозных нужд прихожан". Хозяйственные и финансовые попечения о приходе и храме возложены были на исключительно мирянское по составу приходское собрание и приходской совет во главе с председателем–старостой. Реформа приходского управления была вынужденной мерой. Проводилась она в тяжелые для Церкви дни, когда давление на нее резко усилилось. Выставлено было требование привести "Положение об управлении Русской Православной Церковью" в строгое соответствие с Постановлением ВЦИК и Совнаркома РСФСР 1929 года "О религиозных объединениях", которое устраняло священнослужителей как лиц, лишенных избирательного права, от участия в хозяйственных делах религиозных общин. После издания Конституции СССР 1936 года, предоставившей всем гражданам одинаковые права, "Постановление" это вступило в противоречие с Основным Законом государства.
По докладу митрополита Крутицкого Питирима Архиерейский Собор принял постановление о расширении состава Священного Синода включением в число его постоянных членов управляющего делами Патриархии и председателя Отдела внешних церковных сношений. После Архиерейского Собора 1961 года постоянными членами Синода, кроме митрополита Киевского Иоанна, Ленинградского Гурия и Крутицкого Питирима, стали архиепископы: Тульский Пимен (Извеков) и Ярославский Никодим (Ротов).
Заслушав доклад архиепископа Никодима, Собор одобрил постановление Синода о вступлении Русской Православной Церкви во Всемирный Совет Церквей, вынесенное 30 марта 1961 года.
Архиерейский Собор заседал в то время, когда по всей стране происходило закрытие церквей. Делалось это под разными предлогами: то потому, что церковь была открыта в войну на оккупированной территории по разрешению немецких властей, то из-за того, что вблизи храма расположена школа, или под предлогом, что церковь мешает движению транспорта.
В Кировской епархии из 75 православных приходов, существовавших в 1969 году, к 1964 году осталось всего 35; 7 деревянных церквей было разобрано, одна каменная, в епархиальном городе, взорвана; в остальных 32–х — богослужебные книги и иконы были сожжены, сами храмы разорены дотла. В Московской епархии с 1959 по 1963 годы закрыто было более половины церквей. В Москве летом 1964 года впервые за послевоенное время был разрушен храм — Малого Преображения, в которой еще недавно совершал богослужение митрополит Крутицкий Николай. Особенно тяжко пострадали Белоруссия, Украина, Молдавия. В Днепропетровской и Запорожской епархии в 1959 году было 285 приходов, а к 1961 году осталось всего 49. В Киеве у Церкви отнят был Андреевский собор. Всего по стране за время хрущевских гонений была закрыта почти половина приходов. В 1959 году Русская Церковь насчитывала около 14 тысяч приходов, в 1961 году число приходов сократилось до 8 тысяч (к 1966 году сохранилось 7523 прихода).
Соответственно уменьшилось и число служащих священников и диаконов. К 1961 году оставалось лишь 8252 священника и 809 диаконов; к 1967 году — 6694 священника и 653 диакона. Сокращался прием в духовную семинарию. В конце концов 5 семинарий: Ставропольская, Саратовская, Киевская, Луцкая, Жировицкая — были закрыты. В 1959 году Русская Церковь имела 47 монастырей, а к середине 1960–х годов осталось только 16; число монашествующих сократилось к этому времени с 3 тысяч до примерно полутора тысяч.
Особенно тяжелым ударом по Церкви явилось закрытие в 1963 году древней святыни Руси — Киево–Печерской Лавры, в пещерах которой находятся мощи великого сонма святых угодников, на поклонение которым ежегодно стекалось до полумиллиона паломников. Предлогом для закрытия ее послужила необходимость ремонта и реставрации. Лавра была временно закрыта на ремонт, но реставрацию не начинали, храмы и пещеры оказались в угрожающем состоянии как раз после прекращения в ней богослужений и ухода из монастыря монахов. Предпринята была попытка закрыть и Почаевскую Успенскую Лавру, но насельники обители во главе с настоятелем архимандритом Севастианом сумели ее отстоять.
В эти годы сократилось и число епископов Русской Православной Церкви; многими епархиями стали управлять архиереи, занимавшие соседние кафедры. Эта участь постигла Новгородскую, Ульяновскую, Днепропетровскую, Сумскую, Донецкую епархии.
Решительное отличие хрущевских гонений от тех, которые обрушились на Церковь в 20–е и 30–е годы, заключалось, однако, в том что они прошли без кровопролития и почти без арестов. Под суд было отдано, правда, несколько священнослужителей, которые обвинялись, как правило, в финансовых преступлениях, чаще всего связанных с неуплатой или недоплатой налогов.
В 1960 году на 3 года заключения был осужден архиепископ Казанский Иов (Кресович), который пытался противодействовать закрытию церквей в епархии. Он разъезжал по селам и призывал паству твердо стоять за свои храмы. Архиепископ Иов был обвинен в неуплате налогов и сокрытии доходов.
В беседе с архиепископом Брюссельским Василием (Кривощеиным), состоявшейся в июле 1960 года, митрополит Николай (Ярушевич) объяснял: "Согласно с установившимися порядками архиереи платят налоги со своего жалования. Кроме того, они получают на представительство (куда часто входит содержание машины, секретаря, поездки и так далее). Эти суммы налогом не облагаются и в инспекцию не заявляются. А вот к архиепископу Иову придрались, что он эти суммы на представительство скрывал и налогов с них не платил. Но даже в таких случаях, когда кто-нибудь скрывает доходы и не платит налогов, за это не сажают сразу в тюрьму, но предлагают уплатить недостающий налог, и только в случае отказа могут подвергнуть наказанию. Архиепископ Иов предложил все уплатить, что с него требуют. Тем не менее его приговорили к 3 годам!" Потом, в 1971 году, в беседе с архиепископом Василием сам архиепископ Иов, в то время занимавший Уфимскую кафедру, сказал: "Да, все это сущая правда. И знаете, когда я попал в тюрьму, все меня бросили, все отреклись от меня… Испугались. Один митрополит Николай (Ярушевич) не испугался. И до суда и после суда и осуждения поддерживал меня чем мог, писал мне. Он один!.. После трех лет лагеря… я три года не был у дел".
