Летчик-испытатель В.И.Хомяков считал, что в целом мотор работал удовлетворительно. Его основными претензиями были: жара и отсутствие вентиляции в кабине, быстро утомлявшие пилота, а также сильная вибрация всех приборов, установленных на приборной доске, из-за тряски мотора. Совершенно недостаточной оказалась дальность радиосвязи самолета с землей. При полете на высоте 1000 м можно было разобрать передаваемую информацию лишь на расстоянии 35-40 км, в то время как по техническим условиям эта величина должна была составлять не менее 80-100 км.

В заключении говорилось, что головной серийный самолет Як-9У прошел государственные испытания неудовлетворительно. На нескольких листах военные инженеры и летчики НИИ ВВС изложили перечень основных претензий к самолету, особо подчеркнув те, которые необходимо было устранить в срочном порядке, до поступления серийных самолетов в действующую армию.

Остановимся на двух важных документах, относящихся к самолету Як-9У. 12 марта 1944 г постановлением ГКО N95376 в производство этих истребителей вовлекался еще один завод – №153 им. В.П.Чкалова в Новосибирске. Огромному предприятию устанавливали достаточно «мягкий» график освоения новой машины: первые три Як-9 с мотором ВК-107А должны были сойти со сборочной линии в мае 1944 г., правда в конце этого года завод должен был выйти на темп выпуска 10 таких истребителей в сутки. При этом Правительство требовало, чтобы работа велась «без снижения достигнутого уровня выпуска в 17 Як-9 ежесуточно». Пятый, и наиболее крупный из «яковлевских» авиазаводов включался в освоение машин последнего поколения.

26 июня 1944 г., до окончания государственных испытаний головного серийного самолета завода №166, вышел совместный приказ наркома авиапромышленности и командующего ВВС №414/0011, где определялись основные мероприятия по устранению дефектов новых истребителей. Условно можно разделить приказ на пять разделов. Тот, который адресовался моторостроителям – В.П.Баландину и В.Я.Климову – требовал в первую очередь устанавливать на моторах уплотнения на носках валов редукторов и дополнительные маслопомпы. От А.С.Яковлева и директоров серийных заводов требовалось внести шесть существенных изменений в конструкцию, направленных на улучшение работы масло- водосистем и обдува потоком воздуха подкапотного пространства. Срочно включались в работу представители советской науки и, прежде всего, из ЛИИ, Опять же, А.С.Яковлеву поручалось к 10 июля 1944 г. подготовить к испытаниям эталон для серии Як-9У. И, наконец, в эксплуатации для всех самолетов вводились некоторые ограничения, из которых главным было запрещение использовать боевой режим работы мотора (3200 об/м).

Действительно, 10 июля 1944 г. на испытания в НИИ ВВС поступил доработанный Як-9У (зав. №25-019), который на самом деле был выпущен чуть раньше чем проходивший испытания в НИИ ВВС истребитель с зав. №25- 021. Однако эталоном для серии и этот самолет считать было нельзя, так как он отличался от последнего лишь измененными конструкцией выхлопных патрубков и положением заслонок радиаторов. В задачу испытаний теперь входило не только определение основных летных данных, но и оценка маневренности, устойчивости и управляемости.

Испытания показали, что в диапазоне эксплуатационных центровок, серийный Як-9У устойчив как с зафиксированным, так и со свободным управлением. Продольная управляемость аналогична самолету Як-9 с мотором М-105ПФ, а правильный вираж (без скольжения) на высоте 1000 м истребитель выполнял за 21,7 сек. По приемистости и вертикальной маневренности до высоты 7000 м Як-9У ненамного превосходил немецкий Bf109G-4. Так, советский истребитель с высоты 1000 м набирал за боевой разворот 1280 м, в то время как немецкий – 1150 м.

В то же время, ведущий летчик-испытатель капитан Л.М.Кувшинов, как, впрочем, и другие летчики облета, отмечали, что при пилотаже значительно возросли нагрузки от органов управления самолетом. На скоростях более 500 км/ч особенно велики стали нагрузки на ручке от элеронов..Признанный корифей советской авиационной науки профессор В.С.Пышнов написал заключение:

«Градиент усилия по перегрузке при центровке 23 САХ (средней аэродинамической хорды, – Прим. авт.) около 3,5 кг на единицу перегрузки. Желательно иметь величину 1,5- 2,0 кг, а это может быть получено при центровке 25 САХ. Однако, при такой центровке, самолет с брошенной ручкой становится неустойчивым. Таким образом, улучшение продольной управляемости нужно вести по линии компенсации, причем следует иметь ввиду, что компенсация может дать не только прямое снижение усилий, но и косвенное, улучшив устойчивость со свободным управлением.»

Многочисленные изменения, которые требовалось внести в конструкцию «сырых» самолета и мотора, значительно сказались на сроках серийного производства. Ситуацию осложнял тот факт, что многие доработки выполнялись, фактически, на уже построенных истребителях. Так, никак не удавалось . отрегулировать карбюраторы, чтобы моторы устойчиво работали и на номинальных и на крейсерских режимах. Или в одном, или в другом случае не работала почти половина цилиндров. Плохо работали пулеметы УБС: при отстреле одного боекомплекта происходило по 15-20 задержек. Чтобы устранить защемление ленты пришлось сократить боекомплект со 170 до 150 патронов.