После того, как Шамиль сдался в плен, Байсунгур, прорвав окружение, ушел в Чечню.

Осенью 1859 года царские войска сожгли Беной.

Байсунгур со своей семьей и соратниками скрываются в пещерах недалеко от аула. Неукротимый предводитель беноевцев совместно с Солтамурадом и лидерами других чеченских обществ готовят восстание. Одновременно и в контакте с ними в Аргунском ущелье энергично готовятся к выступлению «старый волк» Ума Дуев из Зумсоя и Атабай-мулла Атаев. Проведя за зиму подготовку, в мае 1860 года в ауле Беной и в верховьях реки Аргун чеченцы начинают вооруженное выступление.

Вот как описывают это восстание: «К июню 1860 года к движению беноевцев присоединились соседние аулы Ичкерии. Восстание грозило охватить всю Ичкерию. В начале января 1861 года против восставших выступили войска под командованием генерал-майора Мусы Кундухова, которому было приказано разгромить беноевцев, захватить их руководителя Байсунгура, выселить на плоскость жителей селения Энгеной, а другие аулы верхней Ичкерии разорить и жителей расселить по соседним крупным аулам. В конце января 1861 года в результате жестоких мер, принятых Кундуховым, численного и технического превосходства его войск восстание в Ичкерии было окончательно подавлено, около 15 аулов, причастных к нему, уничтожено» [Очерки истории, с. 126—127].

Известно, что когда Байсунгур поднял восстание, то бывший имам Шамиль по настоянию царя написал ему письмо, укоряя его в том, что тот напрасно губит людей в безнадежной борьбе, ибо силы царя неисчислимы. Байсунгур послал Шамилю ответ, в котором со свойственной ему резкостью и прямотой заявил, что Шамиль опозорил себя навеки тем, что променял борьбу за свободу на плен и рабство, и что он, Байсунгур, пока жив, будет сражаться за свободу своего народа.

Когда капитан Руновский спросил Шамиля, почему беноевцы так непримиримы и так ненавидят царскую власть, Шамиль ответил, что это будет продолжаться до тех пор, пока жив Байсунгур Беноевский.

17 февраля 1861 года Байсунгур со своим семейством и некоторыми участниками восстания был окружен и после боя захвачен в плен. 28 февраля генерал Кемпферт рапортовал в Петербург военному министру генералу Сухозанету: «...Несмотря на отчаянное сопротивление, взяли в плен Байсунгура и четырех его сподвижников... захвачены также семейства Байсунгура и Султан-Мурада — всего 14 человек».

Рассказывают, что той ночью Солтамурад увидел странный сон, которым он утром поделился с Байсунгуром:

— Байсунгур! Я видел сон, что ты, не слушая моих предостережений, вошел в какой-то темный лес. А я во сне был очень недоволен, ведь не было ни разу, чтобы ты сделал вопреки моему мнению. К чему бы это?

Байсунгур, склонив голову, задумался.

В этот день их окружили царские солдаты. Байсунгур на коне, вырываясь из окружения, помчался к одному склону, не слыша крика Солтамурада: «Не иди туда, там засада!» На том склоне, осыпаемом выстрелами, Байсунгур поскользнулся и упал на растущие внизу кустарники, получив сильный ушиб. Он тут же был схвачен царскими солдатами. Схватили и тех, кто был с ним. Поймали также жену брата Солтамурада Муны, дочь Байсунгура Мацу с сыном Гарда и грудным Гарби на руках. В тюрьме в Хасав-юрте они содержались до повешения Байсунгура.

Потомки брата Байсунгура Баршкхи рассказывают, что русские сумели пленить Байсунгура, применив коварство. К его жене, которая была родом из Белгатоя, они подослали ее родственников. Ее родичи, поверив обещаниям русских начальников, стали уговаривать жену Байсунгура, чтобы она помогла пленить своего мужа для его же пользы. «Русские начальники обещали отпустить и помиловать всех. Но Байсунгур, не желая примириться, мучает и себя, и свою семью, и других. Борьба его бесполезна. Так помоги же ему и своим детям». Обманутая женщина сделала так, как ее научили. Ночью она залила воду в ствол винтовки, пистолета и в ножны. В зимнюю стужу вода превратилась в лед. Узнав через жену о месторасположении Байсунгура и его соратников, царские солдаты окружили их. Во время боя Байсунгур так и не смог выстрелить из ружья и вытащить из замерзших ножен клинок. Лошадь под ним была убита, и раненым однорукого, одноногого и одноглазого Байсунгура схватили солдаты.

На участников восстания и их родственников обрушиваются жестокие репрессии. 29 января 1861 года из одного аула Беной было выселено 1218 человек. Их расселяли по 5—10 дворов в плоскостные селения Чечни. Всего из Ичкерии было выселено 7,5 тысячи человек обоего пола. По рассказам жителей Беноя (это селение сжигали 4 раза в XIX веке), днем царские войска выселяли семьи беноевцев, а ночью вокруг Беноя зажигались огни костров. Это тайно возвращались к родным пепелищам беноевцы.

Военно-полевой суд приговорил предводителя восстания Байсунгура Беноевского к смертной казни через повешение. Его семья и сыновья Олхазур и Тахир вместе с другими участниками восстания были сосланы в Сибирь.

В тот воскресный день на площадь перед церковью в Хасав-юрте согнали народ. Многие кумыки, горные дагестанцы, сами чеченцы шли посмотреть на знаменитого предводителя горцев. Под барабанный бой везли на телеге одноглазого, однорукого и одноногого чеченца. Кто знает, о чем думал этот человек перед казнью? Что хотел он сказать этим горцам в оборванных одеждах, в глазах которых теплилась надежда на чудо и которые не стесняясь утирали слезы? Что могли они теперь, безоружные и «покоренные».

Тяжело, только с помощью других передвигавшегося 67-летнего Байсунгура подвели к виселице. Стоявшие на площади горцы начали читать предсмертную молитву «Ясин». Раздавались команды офицеров, остановили барабанную дробь. Зачитали приговор. И тут царские палачи, решив унизить горцев, начали вызывать из толпы горца, желающего совершить казнь над Байсунгуром. В награду обещали деньги. Толпа угрюмо молчала. Никто не двинулся с места. Но нашелся один... (Предвидя неудачу, русские заранее подкупили одного из дагестанцев.)

Но Байсунгур не стал ждать и, сверкнув глазом, сам сошел со скамьи, уйдя в бессмертие...

Возглас ужаса пронесся над толпой. Многие мужчины плакали... Траур опустился на Беной. Родственники Байсунгура отправились просить власти о выдаче тела. Выдавать тела казненных было неположено, и лишь огромные деньги помогли нарушить это правило. Тело Байсунгура похоронили на одном из кладбищ близ Кеше-Ауха, водрузив холлам-шахид над его могилой.