В конце концов раздраженный Байсунгур высказал в присутствии других все, что народ говорит об имаме, попросил его быть ближе к народу и не верить подхалимам. Но возгордившийся имам не воспринял слов верного наиба. Вспыхнула ссора, после которой Байсунгур вернулся домой и решил больше не появляться во дворце эмира в Ведено.

Однако вскоре царские войска осадили аул Гергебиль в горном Дагестане, и Байсунгур с несколькими десятками беноевских муртазеков выехал в Дагестан.

Одноглазый и однорукий Байсунгур со своим отрядом держал оборону в районе садов. Царские военачальники время от времени предпринимали штурм аула. В одной из атак чеченскому наибу пушечным ядром оторвало ногу. Истекающего кровью, потерявшего сознание 53-летнего полководца в наступивших сумерках подобрали царские солдаты.

Весть о пленении Байсунгура мгновенно облетела горы. Шамиль тяжело переживает это известие, он лично оказывает всемерную помощь друзьям и родственникам Байсунгура в организации побега из плена.

Солтамурад, отдав распоряжения по наибству, тут же выехал вместе с братом Байсунгура Бирой и со своими братьями Муной и Ханмурадом в Дагестан. С помощью дагестанских наибов через разведку они установили местопребывание плененного Байсунгура. Также они узнали, что русские врачи полностью ампутировали ему ногу. В середине июня 1847 года раненого наиба перевезли из темир-хан-шуринского гарнизонного госпиталя в тюремный госпиталь. Вскоре Солтамураду стало известно, что в начале июля Байсунгура отправят с оказией в штаб начальника левого фланга в крепость Грозную. Оказию должна была сопровождать рота Куринского полка. Солтамурад принял решение отбить Байсунгура в пути. Из Беноя к нему двинулись отборные муртазеки. Вместе с ними к Солтамураду прибыл доверенный имама с деньгами для выкупа Байсунгура.

Нападение воинов Солтамурада было удачным. Одноглазый, однорукий и одноногий Байсунгур был вырван из плена.

Не успев излечиться от ран, он принимает участие в обороне Салтов. Но дагестанский аул Салты после героической защиты пал.

Железная воля и ненависть к царским поработителям вдохнули силы в искалеченного Байсунгура. О таких, как он, «рыцарях свободы» под впечатлением победы горцев в Ичкерии в 1845 году Маркс писал в «Коммунистическом журнале»: «Храбрые черкесы снова нанесли русским несколько серьезных поражений... Народы, учитесь у них, на что способны люди, желающие остаться свободными!»

Еще при его жизни о Байсунгуре слагали легенды. По преданию, его привязывали к лошади кожаными ремнями, и не ведающий страха наиб, выхватывая единственной рукой шашку и сверкая единственным глазом, мчался в самую гущу врагов. Народная память донесла до нас некоторые эпизоды из жизни этого замечательного борца за свободу.

«Как-то во времена Шамиля встретились два войска: царское и шамилевское. Из рядов царских войск выехал один храбрый казак, известный среди чеченцев своим мастерством ведения боя, и стал кричать по-чеченски, призывая на бой противника из горцев. Тогда было традицией таким образом показывать свою удаль. Из ряда чеченцев вызов сразу же принял беноевский Байсунгур (бенойн Бойсхар). Он был одноглазым, одноруким и одноногим. Выхватив шашки, противники поскакали навстречу друг другу. Подскакав, они одновременно взмахнули шашками, казак остался сидеть в седле, как ни в чем не бывало, а Бойсхар вернулся обратно. Имам Шамиль увидел у наиба на груди страшную сабельную рану. Имам воскликнул:

— Байсунгур! О тебе все говорят как о знаменитом прославленном мужчине. Как ты мог опозорить себя и всех нас, ведь смотри: казак сидит в седле, а ты вернулся с этой раной.

— Подожди немного, имам, — ответил Бойсхар. — Лошадь казака еще не тронулась с места.

Вернувшись к казаку, наиб посмотрел в глаза его лошади, та дернулась и отошла на несколько шагов. Голова всадника отвалилась...»

После поражения в Крымской войне царизм пытается взять реванш на Кавказе. Мирный договор в Париже дает возможность самодержавию бросить против горцев огромные силы.

Шамилю противостоит 300-тысячная армия. Изнуренное вековою войной население, с трудом, напрягая последние силы, оказывает отчаянное сопротивление.

В кровопролитных боях царские войска постепенно занимают территории Чечни и Дагестана. 12 мая 1859 года практически вся Чечня, за исключением одного Беноя и прилегавших к нему хуторов, была занята царскими войсками. Шамиль покидает Чечню, вместе с ним уходит в горный Дагестан и непокорный Байсунгур со своим отрядом. Теснимый многочисленными царскими войсками, Шамиль с 400 защитников и 3 пушками укрепляется на горе Гуниб. Байсунгур с несколькими оставшимися верными имаму дагестанскими наибами и с сотней беглых русских солдат и казаков организовывает оборону Гуниба. 25 августа 1859 года после осады и предложения сдаться имам Шамиль сдался в плен. О том, что произошло в тот день в Гунибе, в Чечне сложены песни. Вот одна из них: