Вероятно, первым официальным документом, в котором слово «патриарх» употреблено как высший иерархический титул, является «Конституция» Зенона от 477 года[250].

В канонах титул Патриарха появляется спустя столетие, впервые в 7 правиле Трулльского Собора: «Поелику мы уведали, что в некоторых Церквах диаконы имеют церковные должности, и посему некоторые из них, попустив себе дерзость и своеволие, председят пресвитерам, того ради определяем: диакону, аще бы имел и достоинство, то есть, какую-либо церковную должность, не занимати места выше пресвитера; разве когда, представляя лице своего Патриарха или митрополита, прибудет во иный град для некоего дела».

В IX веке сложилось своеобразное учение о пентархии, о том, что в Церкви может быть лишь пять Патриархов, подобно тому как есть только 5 чувств, и вся Вселенная должна быть поделена между ними. Теорию «пентархии» отстаивал Антиохийский Патриарх Петр; его рассуждение на этот предмет было внесено в «Синопсис» Стефана Ефесского, а оттуда, через Аристина, — в «Кормчую» св. Саввы и, следовательно, — в нашу печатную «Кормчую» (гл. 40). Сторонником этого курьезного учения был и знаменитый Вальсамон.

Теория «пентархии», лишенная и канонических, и исторических оснований, давала впоследствии грекам-филетистам мнимые доводы в отстаивании церковной гегемонии над негреческими Православными Церквами. Тенденция, выразившаяся в этой теории, существует и ныне. Данное обстоятельство может послужить причиной осложнений во взаимоотношениях Восточных Патриархатов и поместных Церквей, получивших автокефалию во второе тысячелетие от Рождества Христова.

Между тем уже III Вселенский Собор, подтвердив в своем 8 правиле автокефалию Кипрской Церкви, которую оспаривала Антиохия, не оставил никаких разумных церковных оснований для развития учения об исключительных преимуществах пяти первых Престолов христианского мира. Поучительно положение, которым оканчивается это правило: «То же да соблюдается и в иных областях, и повсюду в епархиях; дабы никто из боголюбезнейших епископов не простирал власти на иную епархию, которая прежде и сначала не была под рукою его, или его предшественников; но аще кто простер, и насильственно какую епархию себе подчинил, да отдаст оную: да не преступаются правила Отец; да не вкрадывается, под видом священнодействия, надменность власти мирския; и да не утратим по малу, неприметно, тоя свободы, которую даровал нам Кровию Своею Господь наш Иисус Христос, освободитель всех человеков».

Помимо древней Кипрской Церкви, искони автокефальной, и учрежденной при императоре св. Юстиниане автокефальной архиепископии Новой Юстинианы, с конца I тысячелетия по Р.Х. образуются новые автокефальные Церкви. Главы их со временем удостаиваются Патриаршего сана.

Образование новых поместных Церквей было связано со славянской колонизацией Балкан и обращением славянских народов в христианство. Так, при царе Болгарском Симеоне, преемнике Крестителя болгар св. царя Бориса, Болгарская Церковь обрела фактическую независимость от Вселенского Патриархата, а в 927 г. Константинопольская Церковь признала ее автокефальный статус и патриаршее достоинство ее Предстоятеля Дамиана. Правда, после разгрома Болгарии императором Василием Болгаробойцем Болгарская Церковь утратила Патриаршее возглавление. Новым ее главой стал тогда архиепископ Охридский, который мыслился как правопреемник древних архиепископов Новой Юстинианы. Патриаршество восстановлено было в Болгарии вместе с ее национально-государственным возрождением в XIII веке, когда Константинопольский Патриарх вместе с другими Восточными Патриархами даровал архиепископу Тырновскому Патриарший титул. Вторично болгарская церковная автокефалия была утрачена после гибели Болгарского государства под натиском османских турок. До середины XVIII века просуществовала автокефальная Охридская архиепископия, однако клир этой южнославянской Церкви был эллинизирован. Новое восстановление церковной независимости болгарского народа произошло уже в XIX веке, в 1872 г., вначале, правда, самочинно и с нарушением канонов, что повлекло за собой прекращение евхаристического общения новообразованного Болгарского экзархата с другими Православными Церквами. Лишь в 1945 г. болгарская схизма была преодолена, а с 1953 г. Болгарская Церковь, как и в средневековье, возглавляется Патриархом.

Подобно Болгарской, и Сербская Церковь в своей истории пережила несколько трагических разрывов. Самостоятельная архиепископия была учреждена в Сербии в начале XIII столетия, при сыне великого жупана Неманя Стефане Первовенчанном. Автокефальным архиепископом стал младший сын Неманя — афонский инок св. Савва. В 1346 г., при короле Стефане Душане, собором сербских епископов архиепископ Печский Иоанникий был возведен в сан Патриарха. За этим последовала анафема со стороны ревниво охранявшей свои преимущества Константинопольской Патриархии. Анафема была снята в 1374 г., в самый канун османского порабощения Сербии. В 1766 г. Османской Портой упраздняется Печская Патриархия, а все сербские епархии передаются в подчинение Патриарху Константинопольскому. И только в 1879 г., после восстановления Сербской государственности, Сербская Церковь возвратила себе автокефальный статус. В 1710 г. Печская Патриархия даровала автокефалию митрополиту Карловацкому, главе Православной Церкви на территории католической Хорватии, входившей в состав Австрийского государства. После венгерского восстания 1848 г. митрополиты Сремских Карловцев стали носить титул Патриархов. А в 1920 г., вслед за государственным объединением сербов, хорватов, словенцев и македонцев в единое государство, в единый Сербский Патриархат объединены были и ранее самостоятельные Церкви народов Югославии.

Русская Православная Церковь — дочь Константинопольского Патриархата — стала автокефальной в 1448 г.

Румынская Церковь обрела автокефальный статус в 1865 г. после обретения румынским народом государственной независимости. В 1925 г. Предстоятель Румынской Церкви Мирон был возведен в сан Патриарха.

История Грузинской Церкви решительно отличается от истории Балканских Церквей, в которой много параллельных линий. Грузинское христианство значительно древнее славянского. Уже в IV веке, благодаря апостольскому подвигу св. Нины, грузинский народ был просвещен учением Христа. Под влиянием св. равноапостольной Нины новую веру принял Грузинский царь Мириан. В отличие от славянских Церквей, матерью Грузинской Церкви была не Константинопольская, а Антиохийская Церковь. В 467 г. Предстоятель Иверской Церкви, кафедра которого находилась в Мцхете, получил от Антиохийского престола титул католикоса. Этим титулом именовались Первоиерархи Церквей, территориально находившихся за восточными границами Византийской империи. Первое упоминание сана католикоса восходит к 410 г. Католикосом был тогда епископ Селевкии Вавилонской, возглавлявший Церковь в Персидской державе и находившийся в юрисдикции Архиепископа Антиохийского (позднее и теперь именующегося Патриархом Востока), однако с очень широкой автономией, поскольку из-за почти постоянных военных действий на византийско-персидской границе связи католикосата с Антиохийской кафедрой были затруднены. Католикосами именуются также Патриархи Армянской церкви, отделившейся от Вселенского Православия после Халкидонского Собора. Католикосы Грузинской Церкви с середины VIII века стали фактически самостоятельными Первоиерархами, хотя автокефалия Грузинской Церкви не была признана ни в Антиохии, ни в Константинополе. В XIV столетии в Западной Грузии был образован новый католикосат с резиденцией вначале в Бичвинте (Пицунда), а потом в Кутаиси. Последний Абхазско-Имеретинский католикос Максим в конце XVIII века удалился на покой в Россию, в Киев. После страшного разгрома Грузии персидскими полчищами в 1795 г., когда численность населения в прошлом, во время царицы св. Тамары, великого государства сократилась до нескольких десятков тысяч, грузинский народ увидел свое спасение в подданстве России. В 1801 г. Грузия была присоединена к Российской Империи. Вскоре после этого, в 1811 г., упраздняется и грузинская церковная автокефалия. Вместо ушедшего на покой католикоса Антония V Святейший Синод назначил в Грузию экзарха. В 1917 г. Грузинская Церковь восстановила свой автокефальный статус, который, однако, не был признан ни Поместным Собором 1917–1918 гг., ни новоизбранным Патриархом св. Тихоном. Предстоятель Грузинской Церкви получил титул Католикоса-Патриарха. Каноническое общение между Русской и Грузинской Церквами было восстановлено в 1943 г.