В своем территориальном размежевании поместные Церкви сообразуются с политико-административным делением, с государственными и административными границами. Помимо очевидных удобств, этот принцип находит косвенное обоснование в самих канонах. Так, 38-е правило Трулльского Собора гласит: «Аще царскою властию вновь устроен или впредь устроен, будет град, то гражданским и земским распределениям да следует и распределение церковных дел».

Территориальное начало в разграничении церковной юрисдикции допускает и исключения, которые по сути своей в известном смысле аналогичны понятию экстерриториальности в международном праве. Так, в древности главы одних поместных Церквей для поддержания постоянного общения с другими Церквами направляли к их митрополитам, экзархам или Патриархам своих представителей — апокрисиариев. Монастыри, в которых пребывали апокрисиарии, находились в канонической власти той Церкви, которая их направила. Эти монастыри назывались метохами, или подворьями. В эпоху турецкого ига Восточные Патриархаты учреждали свои подворья при других Церквах, особенно много — в России, для сбора милостыни.

Другим отступлением от территориального начала в разграничении юрисдикции является право Патриаршей ставропигии. Слово «ставропигия» происходит от греческих слов «σταυρος» (крест) и «πηγο» (водружать). Водружение креста епископом при основании церкви или монастыря является символом их канонической зависимости от него. Права патриаршей ставропигии заключается в том, что Патриарх может водрузить крест и при устроении монастыря или церкви вне пределов своей епархии, включив их тем самым в свою непосредственную юрисдикцию. В России в синодальную эпоху правом ставропигии пользовался Святейший Синод.

В византийскую эпоху Константинопольские Патриархи подчиняли своей юрисдикции целые епископии, находящиеся в пределах митрополичьих областей. Такие епископии именовались автокефальными архиепископиями; под автокефальностью подразумевалась их независимость от местного митрополита.

Уникальным событием в истории Церкви было переселение в VII веке, во время нашествия арабов, Кипрской Церкви на территорию Константинопольского Патриархата в Геллеспонт. Кипрская Церковь и в Геллеспонте сохранила свою автокефалию. По этому поводу Трулльский Собор издал особое 39 правило: «Понеже брат и сослужитель наш Иоанн, предстоятель острова Кипра, купно с своим народом, по причине варварских нашествий, и дабы освободитися от языческаго рабства, и верно покорствовати скипетру христианнейшия державы, из упомянутого острова преселился в Геллеспонтскую область, промышлением человеколюбиваго Бога, и тщанием христолюбиваго и благочестиваго царя нашего; то мы постановляем, да будут сохранены неизменными преимущества, данные престолу выше наименованнаго мужа от богоносных отец, во Ефесе некогда собравшихся, да имеет новый Иустинианополь права Константинополя, и учреждаемый в оном боголюбезнейший епископ да начальствует над всеми епископами Геллеспонтския области, и да будет постановляем от своих епископов, по древнему обычаю».

Наиболее серьезным отступлением от территориального начала в разграничении церковной юрисдикции является диаспора. В странах, где православные христиане живут не компактной массой, а рассеяны между инославными или иноверцами, на одной территории могут существовать приходы и даже епархии разных Церквей. Как известно, в XX веке, когда православная диаспора в Америке и Западной Европе многократно возросла как вследствие переселения православных, так и в результате присоединения к Православию инославных христиан, в этих странах возник ряд исторически обусловленных проблем в размежевании церковной юрисдикции. Константинопольский Патриарх выдвинул учение об особых правах Вселенского Престола и в связи с этим о подчинении ему всей диаспоры Западной Европы и Америки. Такие претензии, как совершенно новые, прежде неизвестные Церкви, отвергаются большинством поместных Церквей. Издревле в жизни Церкви соблюдалась следующая норма: Церковь, обратившая в христианство нехристианский народ или возвратившая в Православие еретическую или раскольничью общину на территории, не входящей в состав ни одной поместной Церкви, становится для новооснованной Церкви Церковью-матерью, кириархальной Церковью. Именно поэтому, а вовсе не в силу 28 правила Халкидонского Собора, Русская Церковь в течение столетий находилась в канонической зависимости от Константинопольского престола.

В 131 (117) правиле Карфагенского Собора сказано: «За несколько лет пред сим, в сей Церкви, полным собором определено, чтобы Церкви, состоящия в каком-либо пределе, прежде издания законов о донатистах, соделавшыяся кафолическими, принадлежали к тем престолам, коих епископами убеждены были приобщитися к кафолическому единению».

Территория православной диаспоры поэтому может находиться в юрисдикции разных поместных Церквей, как это ныне и имеет место в Западной Европе и в Америке. Подобная ситуация носит временный характер. Устроение и развитие нормальной церковной жизни в названных странах должно в конце концов привести к образованию новых автономных или автокефальных Церквей, но пока этого нет, вопрос о размежевании юрисдикции остается сложным, вызывает разногласия и споры. При разрешении подобных споров между автокефальными, независимыми друг от друга Церквами, следует учитывать ряд обстоятельств: в 132 (118) правиле Карфагенского Собора названы два из них — территориальная близость и воля самого церковного народа: «О том, како епископы кафолические, и обратившиеся от страны Донатовой, разделят между собою епархии. …Аще же случится быти единому месту; то да предоставится тому, к которому в большей близости окажется. Аще же будет равно близко к обоим престолам; то да поступит к тому, котораго народ изберет».

Что касается территориальной близости, то, как следует из 24 (17) правила Карфагенского Собора, Нумидийский примас потерял юрисдикцию над Церковью Мавритании Ситифенской «по ея отдаленности». В «Пидалионе» в толковании на это правило говорится о его вселенском значении. При территориальном размежевании диаспоры определенное значение имеет и этнический принцип, но значение его ограничено рамками именно диаспоры. Поэтому Константинопольский Собор 1872 г. справедливо осудил этнофилетизм как посягательство на канонический церковный строй.

Вселенская Церковь состоит из автокефальных поместных Церквей. Значение термина «автокефалия» менялось. Как мы уже знаем, «автокефальными» в византийскую эпоху назывались архиепископии, не зависимые от местного митрополита и непосредственно подчиненные Патриаршей юрисдикции. В греческой канонической и церковно-исторической литературе до сих пор различают статус четырех древних Патриархатов, с одной стороны, и новых автокефальных Церквей, с другой, которые, хотя и признаются вполне самостоятельными, но, тем не менее, не поставлены в один ряд с древними Восточными Патриархатами. Вопрос о праве на автокефалию и в наше время продолжает оставаться острым и сложным. Вокруг него возникали в прошлом и имеют место до сих пор споры, которые часто приобретают болезненный характер, ведут к нестроениям и даже разделениям, вплоть до разрыва канонического общения.

Для выяснения канонически бесспорных критериев автокефалии прежде всего необходимо осветить вопрос о праве учреждать самостоятельную Церковь или даровать автокефалию. Существует юридический принцип: никто не может дать другому больше прав, чем имеет сам. Это каноническая аксиома. Поэтому основать новую автокефальную Церковь может либо епископат Вселенской Церкви, либо епископат Церкви автокефальной. Власть епископата преемственна от апостольской.

В прошлом порой высказывались ошибочные суждения о том, что автокефальными могут быть лишь Церкви, основанные самими апостолами. Папа Лев Великий на этом основании оспаривал автокефалию Константинопольской Церкви. Даже Антиохийский Патриархат отказывал в автокефалии Грузинской Церкви, опираясь на тот исторически сомнительный факт, что никто из апостолов не был в Грузии. Между тем, с одной стороны, многие из Церквей несомненно апостольского происхождения автокефалии никогда не имели (например. Коринфская, Фессалоникийская), а с другой — существуют Церкви, самостоятельность которых общепризнана, хотя они и не могут похвалиться апостольским происхождением. Автокефалию Церкви приобретали и утрачивали в процессе истории. И преемствовавший апостольскому сонму, именно сонму, а не отдельным апостолам, вселенский епископат имеет бесспорное право суверенно решать вопросы об учреждении и упразднении автокефалии, о границах между поместными Церквами. На Вселенских Соборах — чрезвычайных органах епископской власти — действительно решались вопросы об учреждении поместных Церквей, их рангах, о границах между ними, об упразднении автокефалии некоторых из Церквей: так, Халкидонский Собор подтвердил автокефалию Константинопольской Церкви и подчинил ей Асийский, Понтийский и Фракийский диоцезы.